Начавшееся 7 сентября мобилизационное развертывание Красной Армии привело к тому, что Витебская, Минская и Бобруйская АГ БОВО были переименованы соответственно в управления 3-й, 11-й и 4-й армий. Кроме того, была создана Конно-механизированная группа с использованием личного состава управления КалВО, а на базе управления МВО было сформировано управление 10-й армии. В КОВО процедура переименования армейских групп заняла больше времени. Так, Житомирская АГ была 16 сентября переименована в Шепетовскую, с 18 сентября — в Северную и с 28 сентября — в 5-ю армию. Винницкая АГ с 16 сентября стала Волочиской, с 24 сентября — Восточной, а с 28 сентября — 6-й армией. Кавалерийская АГ с 16 сентября стала называться Каменец-Подольской, с 20 сентября — Южной, а с 24 сентября — 12-й армией, которая, в свою очередь, была с 28 сентября вновь разделена на 12-ю армию и Кавалерийскую АГ. Одесская АГ была переименована в 13-ю армию7. Выделенные 11 сентября для проведения Польской кампании полевые управления БОВО и КОВО, фактически являвшиеся управлениями фронтов, были 26 сентября приказом наркома обороны № 0053 переименованы в управления Белорусского и Украинского фронтов. Вместе с тем для управления войсками на территориях обоих округов были сформированы управления БВО и КВО, которые подчинялись Военным советам соответствующих фронтов8.
Тем временем 23 августа нарком обороны направил в Политбюро ЦКВКП(б) и СНК СССР докладную записку № 80888/сс, в которой предлагал создать в составе 2-й ОКА на базе управления 45-го стрелкового корпуса управление Северной АГ с подчинением ей войск на Камчатке, Сахалине и нижнем Амуре, а в оперативном отношении и Северной Тихоокеанской флотилии. Согласно постановлению Комитета Обороны при СНК СССР № 329сс от 9 сентября эти предложения следовало реализовать к 1 октября. Правда, в связи с событиями на западной границе соответствующий приказ наркома обороны № 0154 был издан только 4 октября и предусматривал завершение переформирования к 20 октября9. В ЛВО 14 сентября Новгородская АГ была переименована в 8-ю армию, на базе управления КалВО было развернуто управление 7-й армии, а в Мурманской области на базе переброшенного туда управления 33-го стрелкового корпуса приказом наркома № 0052 от 16 сентября создавалась Мурманская АГ10.
Завершение Польской кампании и расширение территории СССР привело к реорганизации военно-территориальных структур в БССР и УССР. Согласно приказу наркома обороны № 0057 от 11 октября Белорусскому фронту были подчинены войска, расположенные на территории БССР, а Смоленская область передавалась в состав КалВО. В составе войск фронта сохранялись управления 3-й,
11-й, 10-й и 4-й армий. В состав Украинского фронта включались Киевская, Винницкая, Житомирская, Каменец-Подольская области и территория Западной Украины. В составе войск фронта сохранялись управления 5-й, 6-й, 12-й армий и Кавалерийской АГ. Находившиеся ранее в границах КОВО Одесская, Николаевская, Кировоградская, Черниговская области и Молдавская АССР из его состава исключались. На территории Одесской, Николаевской, Кировоградской, Днепропетровской, Запорожской областей, Молдавской и Крымской АССР формировался Одесский военный округ (ОдВО). Изменялись границы КалВО, который передавал МВО Ярославскую, а получал Смоленскую область. В свою очередь, МВО передавал Тамбовскую область в состав ОрВО, а в состав ХВО включались Черниговская, Харьковская, Полтавская, Сумская, Ворошиловград-ская, Сталинская области и исключались Днепропетровская, Запорожская области и Крымская АССР. Одновременно отменялось усиление управлений БВО и КВО11.
23 октября нарком обороны издал приказ № 0160 об использовании управления КВО для формирования управления ОдВО, командующим войсками которого был назначен бывший командующий войсками КалВО комкор И.В. Болдин. Управление 13-й армии следовало передислоцировать в Станислав и переименовать в управление 12-й армии, а личный состав находившегося там управления 12-й армии после сдачи дел следовало вернуть по месту прежней службы в управление ХВО12. 14 ноября приказом наркома обороны № 0177 управления Белорусского и Украинского фронтов были переименованы соответственно в управления БОВО и КОВО13. Тем временем основное внимание советского командования было привлечено к развитию ситуации вокруг Финляндии, на границу с которой 26 октября было переброшено управление 8-й армии, 15 ноября — управление 7-й армии, а 29 ноября нарком обороны отдал приказ № 0190 о переименовании Мурманской АГ в 14-ю армию и о формировании управления 9-й армии на Кемском направлении14.
В ходе советско-финляндской войны командованию Красной Армии пришлось совершенствовать структуру управления войсками. Поскольку фронтовое управление для руководства операциями в Финляндии не создавалось, общее руководство было первоначально возложено на командующего войсками ЛВО командарма 2 ранга К-А. Мерецкова. Однако медленное продвижение советских войск в начале операции привело к тому, что 9 декабря была образована Ставка Главного Командования, которая взяла на себя непосредственное руководство войсками на ТВД. Согласно директиве ГВС № 0691/оп от 25 декабря часть войск 7-й армии, действовавшей на Карельском перешейке, была выделена в новую 13-ю армию, а директивой наркома обороны № 0977/оп от 7 января 1940 г. для руководства их действиями на базе управления ЛВО было создано управление Северо-Западного фронта (командующий — командарм 1 ранга С.К- Тимошенко). Для руководства тылом и снабжением армий, действовавших севернее Ладожского озера, приказом Главного Командования № 0897 от 3 января в Вологде было сформировано Управление заместителя командующего войсками ЛВО по материальному снабжению и эвакуации (начальник — комкор М.В. Захаров). Приказом ГВС № 01663 от 11 февраля из части войск 8-й армии была создана 15-я армия15.
После завершения советско-финляндской войны нарком обороны 23 марта направил в ЦК ВКП(б) и СНК СССР докладную записку № 16293/сс, в которой предлагалось расформировать управления Северо-Западного фронта, 7-й и 13-й армий. На территориях Мур-майской, Ленинградской областей и Карельской АССР следовало вновь создать Л ВО, а на ранее входивших в состав округа территориях Архангельской, Вологодской областей и Коми АССР — Северный военный округ, управление которого сформировать на базе управления 15-й армии и Управления замкомвойсками ЛВО по материальному снабжению и эвакуации. Войска 15-й армии предлагалось передать 8-й армии, которую вместе с 9-й армией подчинить Военному совету ЛВО. По окончании эвакуации управление 8-й армии следовало перебросить в Новгород, управление 9-й армии расформировать, а управление 14-й армии оставить в Мурманске16. 25 марта эти предложения были утверждены Политбюро ЦК ВКП(б), правда, вновь создаваемый округ было решено назвать Архангельским (АрхВО)17. 26 марта это решение было оформлено постановлением СНК СССР № 406-154сс, на основании которого нарком обороны в тот же день издал соответствующий приказ № 001318. В итоге управление Северо-Западного фронта было расформировано 31 марта, 7-й армии — 27 марта, 9-й армии — 9 апреля, 13-й армии — 10 апреля, а 15-й армии — 29 марта19.
Новые организационные изменения в структуре управления войсками произошли в июне 1940 г. 13 июня нарком обороны направил в ЦК ВКП(б) и СНК СССР докладную записку № 384/сс с предложением создать на базе управления Читинской фронтовой группы управление Дальневосточного фронта в составе 1 -й, 2-й Краснознаменных (КА) и 15-й армий, а в ЗабВО сформировать управление 16-й армии и переименовать управление 1-й АГ вуправление 17-й армии. Управление 15-й армии формировалось на базе управлений 20-го стрелкового корпуса, а управление 16-й армии — на базе управления 32-го стрелкового корпуса. Управление Северной АГ следовало переформировать вуправление Особого стрелкового корпуса20. Получив согласие правительства, нарком обороны 21 июня издал приказ № 0029 об осуществлении этих мероприятий21.
