В тот год, когда Лукреция снова вышла замуж, старшего сына папы Хуана, герцога Гандии, обнаружили утром в Тибре, на его трупе остались следы девяти ударов кинжала. У Хуана было много врагов, поскольку отец подарил ему немалую долю папской собственности. Убийцу так и не нашли. Тайна оставалась неразгаданной, люди шептались, и все больше подозрений падало на Чезаре. Они основывались на желании последнего сделаться фаворитом отца, ходили слухи и об инцесте брата и сестры. В булькающей похлебке римских слухов от семьи Борджиа могли ждать чего угодно (хотя историки впоследствии признали Чезаре невиновным в убийстве брата).
Александр VI был оглушен горем, а возможно, и напуган смертью сына, его охватили угрызения совести, и он погрузился в неожиданный, редкий для него самоанализ. «Самая большая опасность для любого папы, — сказал он кардиналам, — в том, что, окруженный льстецами, он никогда не слышит правды о собственной персоне и заканчивает тем, что не хочет ее слышать». Это было неслыханное высказывание для автократа. Испытывая моральный кризис, папа признал, что удар, от которого он пострадал, был карой Господней за его грехи и теперь он намерен изменить свою жизнь и провести реформу церкви. «Мы начнем с того, что реформируем себя, а потом охватим реформой всю церковь — сверху и до самого низа, пока работа не будет завершена». Он тотчас назначил комиссию из нескольких самых уважаемых кардиналов и поручил им написать программу, но, дальше сокращения множественных бенефиций дело не пошло. Предложенные меры требовали от кардиналов урезания их доходов, уменьшения численности придворных — не более восьмидесяти (из которых, по меньшей мере, двенадцать должны быть священниками) и сокращения конного эскорта до тридцати всадников. За столом они должны были довольствоваться одним вареным и одним жареным мясным блюдом, свободное время следовало проводить за чтением Священного писания, а от музыкантов и актеров надлежало отказаться. Кардиналам не дозволялось принимать участие в турнирах и карнавалах, посещать светские спектакли и нанимать мальчиков-пажей. Вероятно, предложение о том, что в течение десяти дней после публикации буллы о реформе надо будет отказаться от всех любовниц, заставило святейшего отца иначе взглянуть на программу комиссии. А рекомендации о созыве собора для осуществления реформ оказалось достаточно, чтобы вернуть папу в прежнее состояние ума. Предполагаемая булла — «In apostolicae sedis specula» — так и не была издана, и вопрос о реформе отпал.
В 1499 году, уже при новом короле Людовике XII, вернулись французы и заявили о претензиях на Милан по праву герцогов Орлеанских. За этим стоял еще один священник, архиепископ Руанский, старший советник короля. Он и сам хотел стать папой и верил, что, дав французам контроль над Миланом, повысит свои ставки на понтификат. Роль Александра VI в новом вторжении была чрезвычайно циничной. Людовик XII хотел аннулировать свой брак с печальной хромоногой женой Жанной, сестрой Карла VIII, жениться на Анне Бретонской, вдове Карла VIII, и присоединить ее герцогство к французской короне.
Оливье Майар, францисканский духовник покойного короля, осудил намерение Людовика аннулировать брак, да и французскому народу, симпатизировавшему королеве, эта идея очень не нравилась, но Александр VI всегда с равнодушием относился к общественному мнению. Он увидел способ пополнить золотом свои сундуки и продвинуть забросившего церковную карьеру Чезаре, женив его на дочери Альфонсо Неаполитанского. Беспрецедентный отказ Чезаре от красной кардинальской шапки заставил одного венецианского летописца вздохнуть: «В Божьей церкви все теперь вверх дном». За тридцать тысяч дукатов и поддержку Чезаре папа аннулировал брак короля, разрешил ему жениться на Анне Бретонской и пожаловал красную шапку архиепископу Руана, который отныне стал кардиналом д’Амбуазом.
И в самом этом втором скандальном аннулировании брака, и в том, что за ним последовало, безрассудство проявило себя в полной мере. Чезаре, во всем своем герцогском великолепии, отправился во Францию, где обсудил с королем миланскую кампанию, основанную на поддержке со стороны папы. Александр VI вступил в партнерские отношения с Францией ради порочного сына, который, как он уверял, был ему дороже всех на свете, и этот шаг прогневал его оппонентов — семейства Сфорца, Колонна, правителей Неаполя и, конечно же, Испании. Португальские послы, выступая от лица Испании, нанесли папе визит и раскритиковали его за непотизм, симонию и профранцузскую политику. Они утверждали, что папа подвергает опасности не только Италию, но и весь христианский мир. Разумеется, они не забыли пригрозить и созывом собора в том случае, если папа продолжит держаться прежнего курса. Папа оставил все, как есть. Тогда к нему пожаловали испанские послы, якобы озаботившиеся положением церкви, но двигавшие ими мотивы — помешать Франции — были такими же политическими, как и у Александра. На совещаниях бушевали страсти, вновь звучали угрозы созыва собора и реформы. Разгневанный посол заявил Александру VI прямо в лицо, что его избрание незаконно, и он не может быть папой. В ответ Александр пригрозил бросить посла в Тибр и в оскорбительных выражениях высказался об испанском короле и королеве, обвинив их во вмешательстве в чужие дела.
Брак не состоялся: принцессу не устраивал Чезаре. Альянс с Францией готов был распасться, папа оказался в одиночестве. Александр VI чувствовал, что жизнь его в опасности, и аудиенции давал в присутствии вооруженной охраны. В Риме ходили слухи о том, что ведущие державы откажут Святейшему престолу в поддержке, и даже о возможном расколе. Французский король, однако, устроил Чезаре другой брак — с сестрой короля Наваррского, что обрадовало Александра VI, и в ответ тот поддержал притязания Людовика на Милан и вместе с Францией вступил в альянс с Венецией, всегда готовой противодействовать Милану. И снова французская армия, усиленная швейцарскими наемниками, перешла через Альпы. Милан сдался противнику, и Александр VI открыто выразил восторг, не обращая внимания на негодование Европы. В разгар войны в Рим прибыли пилигримы — праздновать юбилейный 1500-й год, но обнаружили там беспорядки, грабежи, бесчинства и убийства.
Уйдя с головой в военную карьеру, Чезаре старался взять под контроль территории Папской области, заявившие о своей автономии. Некоторые современники думали, что целью его было обретение домена или даже королевства в центральной Италии. На его кампанию уходили огромные средства из папских доходов, однажды в течение двух месяцев он истратил 132 тысячи дукатов — примерно половину среднего папского дохода, в другой раз, за восемь месяцев, ему понадобилось 182 тысячи дукатов. В Риме он вел себя как верховный владыка, как тиран, его окружали шпионы и доносчики. Чезаре отличался в воинских искусствах, одним ударом он валил быка. Он любил искусство, покровительствовал поэтам и художникам, но мог, не раздумывая, отрезать язык или руку человеку, если до него доходили слухи, что бедняга повторил о нем шутку. Один венецианец распространил клеветнический памфлет о папе и его сыне, за это его убили, а тело бросили в Тибр. «Каждую ночь, — сообщил венецианский посол, — находят четыре-пять трупов — епископов, прелатов и прочих, так что весь Рим дрожит от страха. Все боятся, что герцог их убьет». Мрачный и мстительный, герцог расправлялся со своими оппонентами самым надежным способом — сеял между ними вражду. То ли для самозащиты, то ли из желания скрыть прыщи, уродовавшие его лицо, из дома он никогда не выходил без маски.
В 1501 году на второго мужа Лукреции Альфонсо напало пять человек, но он уцелел, хотя и был сильно изранен. Лукреция преданно его выхаживала, но Альфонсо убедили, что заказчиком нападения был Чезаре и будто бы он не успокоится и отравит его. В страхе Альфонсо перестал допускать к себе врачей, но тем не менее шел на поправку. Однажды он увидел из окна ненавистного шурина — тот шел по саду. Схватив лук и стрелу, Альфонсо выстрелил в Чезаре, но не попал. Через несколько минут он был забит до смерти телохранителем герцога. Александр VI, должно быть, был напуган тигром, которого сам же и взрастил, а потому ничего не предпринял.