Так, 7 декабря 1896 года, обращаясь к своему деду Кристиану IX с просьбой «отпустить» российского посла в Дании графа Муравьева в Петербург в связи с назначением его на должность министра иностранных дел, Николай II обронил: «Но я говорил с Мама́, и она не видит препятствий к этому». О влиянии «женской политики» в Петербурге (подразумевалось влияние Марии Федоровны) писал в феврале 1898 года французский посол в Копенгагене Поль Камбон в связи с выдвижением афинским правительством в 1897 году на пост генерал-губернатора Крита принца Георга (сына греческого короля Георга, брата Марии Федоровны). В первые годы царствования на Николая II оказывала влияние не только его мать, но и великие князья, и царский наставник К. П. Победоносцев. После смерти Александра III на имя Марии Федоровны продолжали регулярно поступать записки и отчеты губернаторов о состоянии дел в губерниях, о студенческих волнениях в высших учебных заведениях России в 1899–1901 годах. Все они хранятся в российских архивах.

В 1895 году в присутствии вдовствующей императрицы Марии Федоровны, императора Николая II и других членов императорской семьи в Петербурге состоялось торжественное открытие Русского музея императора Александра III, делу создания которого император и императрица отдали много лет. В Именном Высочайшем Указе императора Николая II от 13 октября 1895 года говорилось: «Незабвенный Родитель Наш, в мудрой заботливости о развитии и процветании отечественного искусства, предуказал необходимость образования в С.-Петербурге обширного музея, в коем были бы сосредоточены выдающиеся произведения русской живописи и ваяния. Таковому высокополезному намерению почившего Монарха не суждено было, однако, осуществиться при Его жизни. Ныне, отвечая душевной потребности неотложно исполнить означенную волю покойного Государя, признали Мы за благо учредить особое установление под названием „Русский Музей Императора Александра III“ с возложением заведования оным на одного из Членов Императорского Дома по Нашему избранию, с присвоением Ему звания Управляющего упомянутым Музеем…»

В 1896 году известный русский ювелир Карл Фаберже в память почившего императора Александра III создал прекрасное художественное творение — пасхальное яйцо под названием «Роза». Внутри яйца, покрытого синей эмалью и украшенного сапфирами и алмазами, находился «сюрприз» — шесть миниатюрных портретов Александра III. Это творение Фаберже предназначалось императрице Марии Федоровне.

Императрица-мать, находившаяся в пасхальные дни 1896 года на юге Франции у сына Георгия, получила этот подарок от Николая II. Восхищенная увиденным, она писала сыну:

Это великолепное творение Фаберже, а также и многие другие произведения искусства, принадлежавшие царской семье, бесследно исчезли из России в годы революции и Гражданской войны.

В 1898 году в Москве на Волхонке состоялась закладка Музея изящных искусств, который также получил имя императора Александра III. Душою создания музея был профессор Московского университета И. В. Цветаев. По его предложению музей и получил имя императора Александра III. И. В. Цветаев высоко ценил покойного и называл его «державным покровителем искусств и наук в нашем отечестве». «Русский народ, — писал он в одной из своих записок, посвященных памяти Александра III, — высоко и искренно чтит в нашем почившем Государе также и ту сторону Его нравственного характера, которую он вместе с церковью называл „благочестием“».

Мысль об учреждении «эстетического музея» при Московском университете принадлежала З. А. Волконской (1792–1862), урожденной Белосельско-Белозерской. Она много сделала, чтобы свою идею о создании музея провести в жизнь. Первой дарительницей, внесшей значительный денежный вклад в воплощение этой идеи — 150 тысяч рублей, — была московская купчиха Алексеева. Марина Цветаева, дочь профессора И. Цветаева, известная русская поэтесса, в книге «Отец и его музей» вспоминала: «Звонили колокола по скончавшемуся императору Александру III, и в это время отходила одна московская старушка. Слушая колокола, сказала: „Хочу, чтобы оставшееся после меня состояние пошло на богоугодное заведение памяти почившего Государя“…»

В эти годы в России существовало как бы два двора: двор вдовствующей императрицы Марии Федоровны и меньший — Александры Федоровны. Мария Федоровна неохотно уступала свое место молодой императрице. «В сущности, — вспоминала фрейлина императорского двора Анна Вырубова — она (Мария Федоровна. — Ю. К.) так никогда и не сошла со сцены, продолжая занимать первое место во всех торжественных случаях». На официальных приемах Николай II вел под руку свою мать, Александра Федоровна шла сзади с одним из великих князей, чаще всего с Михаилом Александровичем.

Великая княжна Ольга Александровна, которая в эти годы повсюду сопровождала мать, рассказывала, что в свободное от дел время Мария Федоровна любила появляться в общественных местах: в театре, на выставках, на прогулках. Каждое утро ей приносили вычурно украшенный лист с перечислением всех увеселений и приемов, проходивших в Петербурге.

Когда в царской ложе появлялась вдовствующая императрица и великая княжна Ольга Александровна, «все господа, сидевшие в театре, вставали со своих мест и почтительно кланялись августейшим зрительницам».

По воскресеньям, особенно в солнечные дни, когда весь свет Петербурга выезжал на набережную, «чтобы пощеголять великолепными лошадьми и роскошными санями», императрица Мария Федоровна не упускала случая появиться на своих вороных. Она любила лошадей, санные выезды еще со времен Александра III. Как вспоминала Ольга Александровна, «пара вороных из царских конюшен покрывалась синей сеткой, чтобы снег и лед, вылетавшие из-под их копыт, не попадали в лицо».

Известный русский художник Сверчков написал картину, на которой изобразил императрицу, едущей на прекрасной тройке в один из зимних солнечных дней. Картина хранится в московском Минералогическом музее имени А. Е. Ферсмана. Она демонстрировалась на выставке, посвященной императрице Марии Федоровне, в Музее современной истории в Москве в дни перезахоронения ее праха в октябре 2006 года.

Генерал-лейтенант В. И. Гурко в своих воспоминаниях отмечал: «Императрица Мария Федоровна обладала чарующей приветливостью и умением сказать каждому ласковое слово… Во время приемов она знала, о чем говорить с представлявшимися ей; знала, что интересует каждого ее собеседника, положение и родство которого ей были неизменно известны. В результате получалось впечатление, что Императрица сама интересуется лицом, ей представлявшимся, или хотя бы его близкими».

В первые годы после свадьбы Николая и Алисы Мария Федоровна и ее невестка пытались поддерживать теплые дружеские отношения. 28 сентября 1895 года Мария Федоровна писала сыну: «Скоро будет год, что твоя душка приехала к нам в Крым! Но какие ужасно тяжелые воспоминания. Как бедный Папа́ радовался ее видеть и как ты плакал. Я вижу это все так ясно, и слезы текут».

Императрицы обменивались вежливыми письмами, в которых рассказывали друг другу о семейных событиях.