Иосиф мог думать, что мнение о неприличии казнить еретиков разделяется многими, и вот он решился, вместе с требованием казни, доказывать примерами из Священного Писания законность самой казни.

Самому великому князю он успел только указать на одно выражение апостола Павла. В Послании к Митрофану, духовнику государеву, он представил ряд примеров из церковной истории о том, как благочестивые цари еретикам отсекали головы. Когда же и это Послание не оказало желанного действия, Иосиф приискал из библейской истории и из жизни апостолов примеры того, как надо поступать с еретиками.

Эти новые примеры предложил Иосиф в Послании к великому князю Василию Ивановичу, который издавна прилежал к церковным делам и уже был в то время великим князем и наследником престарелого Ивана.

На это Послание сохранился ответ заволжских старцев, автором которого мог быть Вассиан Патрикеев. Рассмотрим оба памятника вместе.

Иосиф пишет: «грешника или еретика руками убити или молитвою едино есть». Старцы отвечают: «кающихся еретиков церковь Божия приемлет простертыми дланьми. Грешных ради Сын Божий прииде бо и спасти погибших». Иосиф продолжает: «Моисей скрижали разбил»; старцы возражают на это: «Моисей скрижали руками разбил, то тако есть; но егда Бог хотя погубити Израиля, поклоншась тельцу, тогда Моисей стал впреки Господеви: аще сих погубиши, то мене прежде сих погуби, и Бог не погуби Израиля Моисее ради». На другие примеры строгости, приводимые Иосифом из ветхозаветной истории, старцы отвечают: «аще жь ветхий закон тогда бысть, нам же в новей благодати яви Владыко христолюбный союз, еже не осудити брату брата: не судите и не осуждени будете». Пример жены, прощенной Спасителем: «тако кийждо приимет от Бога по делом в день судный. Аще ты повелевавши, о Иосифе! брату брата согрешивша убити, то скорее и суботство будет и вся Ветхого Закона, их же Бог ненавидит». Иосиф приводит в пример апостола Петра, разбившего молитвой Симона волхва, и Льва, епископа Катанскаго, сжегшего своей епитрахилью Лиодора, на что старцы ему возражали: «А Петр апостол Симона волхва разби, понеж прозвася Сыном Божиим прелукавый злодей, при Нероне царе, и тогда достойный суд прият от Бога за превеликую лесть и злобу. И ты, господине Иосифе, сотвори молитву, да иже недостойных еретик или грешников пожрет их земля» и далее: «А ты, господине Иосифе, почто не испытавши своее святости, не связал архимандрита Касьяна своею мантиею, донеле жь бы он сгорел, а ты бы в пламени его держал, а мы б тебя, яко единого от трех отроков — из пламени изшел, да прияли. Поразумей, господине, яко много разни промеж Моисее и Илии, и Петра и Павла апостолов, да и тебя от них».

После того Иосиф написал сочинение на ересь: «Новгородских еретиков, глаголющих, яко не подобает осужати ни еретика, ниже отступника. Зде же имать сказание от божественных писаний, яко подобает еретика и отступника не токмо осужати, но и проклинати, царем же и князем и судьям подобает сих и в заточение посылати и казням лютым предавати». Это сочинение впоследствии вошло в «Просветитель» как Тринадцатое его слово.

Из одного оглавления Слова видно, что Иосиф приписывает самим еретикам происхождение мнения о пощаде еретиков. Они после всех своих злых поступков, пишет Иосиф, убоявшись православных, стали распространять мнения о том, что не подобает осуждать еретика, и мнение свое подтверждали текстом евангельским: «не осуждайте, да не осуждени будете» и словами святого Иоанна Златоуста о том, что еретиков нельзя убивать.

На свидетельство евангельского текста Иосиф не отвечает прямо, а предлагает тому, кто бы хотел уразуметь это слово Спасителя, обратиться к Тридцать девятому слову «добрейшого и высочайшего препод. отца нашего Никона», который «в своей велицей книге собрал о том свидетельства из писати разных св. отцов». Учение же Иоанна Златоуста Иосиф разбирает в подробности и выводит из него заключение в свою пользу. Вот вкратце то, что он выводит из учения Златоуста: если еретик и неверный никому не приносит вреда, изучая себе втихомолку повести из какого-нибудь травника, то пастыри и учители должны с ним поступать со смирением и кротостию. Если же еретики захотят погубить стадо Христово и начнут распространять свое учение, то не только следует ненавидеть их, но осуждать, проклинать и наносить им раны: рука, наносящая язву еретику, тем самым освящается.

Воспользовавшись наперед теми местами из Златоуста, где этот пастырь воинствующей церкви выказывает ревность о Боге, советуя вооружаться на хулителей имени Христова, Иосиф наконец разбирает и то место, на которое ссылались его противники.

Златоуст сказал: «недостоит нам убивати еретикы». Иосиф объясняет это место таким образом: главная мысль заключается в слове нам, т. е. епископам, священникам и инокам не должно этого делать самим. Если бы Златоуст говорил тут же о царях и судиях земских, то он не сказал бы «нам».

Затем Иосиф переходит к изложению обязанностей царей, князей и судей земских, которым святые апостолы и преподобные отцы повелели карать злодеев. Те, которые учили не щадить еретиков, говорили против вмешательства духовных лиц в гражданский суд. Иосиф ополчается против такого мнения и примерами св. мужей доказывает, что духовным лицам следует осуждать еретиков и по осуждении отдавать их на казнь гражданской власти. И если духовные не должны убивать еретиков руками, то вместо того могут убивать их одним словом своим, подобно тому, как апостол Петр словом поразил Ананию, как Лев епископ Катанский сказал слово — и сгорел огнем Лиодор.

Это последнее положение Иосифа вызвало насмешку Вассиана в полемическом Послании к Иосифу: «а ты бы архимандрита Кассьяна своею мантиею связал и держал бы его в пламени, а мы бы тебя приняли вышедшего из пламени, как одного из трех отроков». Но доводы Иосифа и приведенные им примеры благочестивых царей греческих подействовали на того, кто по матери был прямой потомок последних царей Византии — Василий Иванович понял Иосифа и вместе с тем и те царские обязанности, о которых ему писал Иосиф. Последний же знал, какую силу имел великий князь Василий у отца, уже ослабевшего телом и духом.

Состоялся наконец Собор, созванный в Москве в декабре 1504 года. На соборе присутствовали Симон митрополит и епископы под председательством самого Василия Ивановича.

Но на Соборе не было того, кто первый открыл ересь и по чьему настоятельному требованию был созван первый собор на еретиков при митрополите Зосиме, в 1490 году. Геннадий в то время был лишен своего престола и как бы в заключении пребывал в Чудове, где был когда-то архимандритом. В Петрово говенье в июле того же самого года Геннадий был во второй раз вызван в Москву и там лишен архиепископства за то, что будто бы нарушил постановление прошлогоднего собора (где, однако, он сам был деятельным лицом), будто бы взял мзду, по совету любимца своего дьяка Гостенкова. По крайней мере, летописец так объясняет причину сведения Геннадия. (Архиепископ Филарет видит в этом обвинении дело врагов Геннадия.)

Обыскали еретиков, осудили знатных и москвичей, и новгородцев, переселившихся в Москву еще во время митрополита Геронтия. Но какую же было изобрести казнь на хулителей имени Божьего? Надо было изобрести примерную и ужасную кару. В памяти многих была казнь Матиаса ляха, толмача латинского и князя Лукомского, сожженных в 1493 году на Москве-реке, в клетке, за посягательство на жизнь самодержца. Свершить такую же казнь с врагами Божьими казалось всего приличнее. Дьяка Волка Курицына, Ивана Максимова и какого-то Митю Пустоселова сожгли в клетках. Некраса Рукавова, по отрезании языка, отослали в Новгород и там сожгли вместе с архимандритом Касьяном, братом Касьяна Ивашкою Самочерным, и многими другими.

Остальных еретиков, по всей вероятности таких, которых нельзя было обвинить в иконоборстве и хулении святыни, разослали по монастырям. В числе последних был и еретик Семен Кленов, которого вместе с его еретическими книгами послали в монастырь Иосифа.