Разгромив новгородское ополчение и уничтожив новгородское боярство, которое было главной военной силой республики, великий князь вдруг понял, что западные рубежи его нового государства оказались незащищенными. Нужно было что-то срочно создавать взамен. Тут-то и родилась идея отобрать земли у новгородских монастырей и поместить на них детей боярских из московских и низовых земель в обмен на их военную службу. Так зародилось помещичье служилое дворянство, которое на несколько веков станет не только основой русского войска, но и главной опорой российского трона. И теперь великий князь хотел бы продолжить удачный опыт, но уже в масштабах всей страны.

Были у великого князя и личные причины для недовольства. Его все больше раздражало независимое поведение церковных иерархов. Митрополит Филипп едва не сорвал церемонию бракосочетания великого князя и греческой принцессы Зои Палеолог. Принцесса была униаткой, и Ватикан рассчитывал заполучить в ее лице своего «агента влияния» в деле подчинения Русской православной церкви папе римскому. На всем пути принцессу сопровождал облаченный в красную мантию и красные перчатки папский легат Антоний Бонумбре, перед которым несли литой серебряный «крыж», то есть латинский четырехконечный крест. Но когда поезд невесты приблизился к Москве, митрополит Филипп предупредил великого князя, что если легат Антоний с «крыжом» войдет в одни ворота, то он тут же покинет столицу через другие. Неизвестно, чем бы все кончилось, если бы не вмешалась сама невеста. Она приказала легату убрать католический крест, а затем по-тихому спровадила Антония назад в Рим. К великому разочарованию Ватикана, Зоя Палеолог сразу отказалась от униатства и перешла в православие. Она даже согласилась на перемену своего имени на Софию, поскольку имя Зоя была сочтено униатским. Скандальная ситуация разрешилась, однако между великим князем и митрополитом пробежала черная кошка.

Непросто складывались отношения Ивана III и с преемником Филиппа митрополитом Геронтием. Женившись на византийской принцессе, государь решил следовать традиции византийских василевсов, которые фактически возглавляли греческую православную церковь. На этом основании он все более бесцеремонно вмешивался в чисто церковные дела. Это явно не нравилось митрополиту, который хоть и поддерживал государя во всем, что касалось объединения русских земель, но при этом твердо соблюдал евангельский принцип: «Богу — богово, кесарю — кесарево».

Первая открытая ссора между Иваном Васильевичем и Геронтием разыгралась во время освящения Успенского собора, построенного Аристотелем Фиораванти. Когда крестный ход во главе с митрополитом стал обходить беломраморный красавец-собор, великий князь вдруг остановил процессию и приказал идти в обратную сторону — по солнцу. Возник богословский спор, причем на стороне великого князя выступил чудовский архимандрит Геннадий Гонзов. Оскорбленный Геронтий съехал со своего подворья, демонстративно оставив свой посох в Успенском соборе и пригрозив сложением сана. Великому князю пришлось униженно просить митрополита вернуться.

Все вместе это означало, что Русская православная церковь из главного союзника московского государя постепенно превратилась в его главного соперника. И теперь великий князь искал в своем окружении людей, на которых он мог опереться в этом нарастающем противостоянии. Благосклонно внимая «мудрованиям» еретиков, великий князь, надо полагать, мотал себе на ус, соображая, как приспособить их к своему государеву делу.

У Ивана Васильевича за многие годы выработалась своя тактика. Он никогда не лез на рожон, умел терпеливо ждать, когда в стане противника наметится трещина, будь это внутренняя распря или внешний конфликт. Узнав об этом через своих информаторов, он тотчас проникал в образовавшуюся брешь. Внешне это выглядело так, как будто все происходило само собой, и загранице оставалось только оторопело наблюдать за тем, как Московское государство растет как на дрожжах. Так было с Новгородом, с Тверью, с Казанским ханством, а впоследствии и с русско-литовскими землями.

Ту же тактику великий князь избрал и по отношению к Русской православной церкви, приступив к ее настойчивой и целенаправленной осаде. Любое свое предприятие Иван III начинал с того, что сейчас принято называть «пиар-акцией», то есть с пропагандистской атаки. Именно такую атаку и должны были начать «жидовствующие», используя все слабости и недостатки церковного организма. Но в этом продуманном плане возникло неожиданное препятствие.

Митрополит Геронтий не забыл измены Геннадия Гонзова во время освящения Успенского собора. Придравшись к тому, что тот разрешил братии Чудова монастыря принять пищу до вкушения Богоявленской воды, он велел заковать Гонзова и посадить в ледник, и выпустил его только по личной просьбе великого князя. Освободив сидельца, который уже готовился предстать ко Господу, великий князь стал ждать подходящего случая, чтобы в пику митрополиту Геронтию возвысить Геннадия Гонзова. Вскоре такая возможность ему представилась.

Новгородская кафедра вдовствовала уже несколько лет. После того как архиепископа Феофила упрятали в монастырь, Иван Васильевич мог сразу поставить на его место своего человека. Но великий князь славился своей медлительной постепенностью. Он не стал отменять сложившуюся столетиями традицию выборов новгородского владыки и предпочел разыграть выборный фарс, причем все три кандидата были москвичами, отобранными лично великим князем. Выиграл в этой «беспроигрышной лотерее» инок Троицкого монастыря Сергий, однако его жребий оказался несчастливым.

В Новгород Сергий приехал в сопровождении, а точнее сказать, под надзором приставленных к нему боярина, казначея и дьяка, зорко следивших за соблюдением Сергием «московского курса». Новоиспеченный владыка умудрился в короткое время настроить против себя всю новгородскую паству. Обозрев раки с мощами новгородских святых, он обозвал их «смердовичами» и всячески демонстрировал презрительное высокомерие в отношении новгородских церковных обычаев. Затем Сергий торжественно освободил великого князя от принесенной им клятвы не отбирать имущество у граждан и не выводить людей из Новгорода. Этим шагом владыка вызвал к себе всеобщую ненависть не только мирян, но и всего новгородского духовенства. Враждебная атмосфера, окружавшая Сергия, вскоре достигла такой концентрации, что это сказалась на его психическом состоянии. Разум его помутился. Полураздетый, в поношенном подряснике, архиепископ целыми днями сидел рядом с нищими на паперти у ворот Софийского собора, тупо уставившись в одну точку. Приходя в себя, Сергий слал в Москву слезные прошения об отставке, ссылаясь на то, что новгородцы чародейством отняли у него рассудок. Получив, наконец, разрешение вернуться, Сергий тотчас выздоровел и еще многие годы жил в своем монастыре, с безопасного расстояния посылая проклятия ненавистным новгородцам.

Снова встал вопрос о новгородском владыке, и теперь, отбросив игры в демократию, московский государь самолично поставил на новгородскую кафедру того самого Геннадия Гонзова, который поддержал его в достопамятном споре с митрополитом Геронтием. В формуле присяги, произнесенной Геннадием, впервые появилось выражение: «по велению господина нашего великого князя всея Руси».

Иван Васильевич надеялся, что Геннадий Гонзов станет противовесом строптивому Геронтию, а в перспективе — его преемником. Таким образом, новый архиепископ сразу попал в двусмысленное положение. Он ехал как ставленник Москвы во враждебный город, но при этом был неугоден московскому митрополиту, то есть своему непосредственному начальнику. К тому же Гонзов был первым архиепископом, назначенным светской властью, и как ходили слухи, назначенным «по мзде». Называлась даже уплаченная им великому князю сумма — 2 тысячи рублей.