Во время церемонии наречения произошел характерный эпизод. Иван Васильевич всенародно взял нового митрополита за руку и передал его епископам, как бы говоря, что это он дает церкви первосвятителя. Затем он громогласно повелел Симону «принять жезл пастырства и взойти на седалище старейшинства». Это был новый обряд, сигнализировавший о том, что отныне поставление митрополита, а с ним и всех прочих иерархов является прерогативой государя.

Владыка Геннадий не обольщался результатами своей театрализованной расправы над еретиками. Он понимал, что таким способом ересь не искоренить. Мало посадить еретика на лошадь задом наперед и сжечь на его голове берестяной колпак. Надо победить врага на его поле, на поле книжной учености, ибо посеянные еретиками семена безверия уже дали всходы в умах прихожан.

Геннадий принял вызов. Идейная борьба с еретичеством, которую возглавил в это время новгородский архиепископ, развернулась сразу по нескольким направлениям. Прежде всего требовалось поднять уровень образованности рядового духовенства, которому не хватало не только богословских знаний, но и элементарной грамотности. До присоединения к Москве Великий Новгород считался самым образованным городом на Руси. Большинство новгородцев, включая женщин, знали грамоте и обменивались письмами на бересте. Еще при Ярославе Мудром здесь была открыта первая школа для детей духовенства. Настоящими рассадниками учености были новгородские монастыри. Однако война с Москвой, массовая депортация самой развитой части населения пагубно отразились на уровне образования населения вообще и духовенства в частности.

Выход был найден в открытии духовного училища, которое впоследствии превратилось в знаменитую новгородскую семинарию, одну из лучших в России. Отныне приходы стали получать хорошо подготовленных клириков, что благотворно сказалось и на самой пастве. Такой священник не только нес слово Божье, но и обучал детей грамоте.

Одновременно архиепископ Геннадий приступил к созданию первой славянской Библии. До той поры полного перевода Ветхого Завета на Руси не существовало, ибо увлечение ветхозаветными текстами считалось уклонением в иудаизм. Пользуясь тем, что не все книги Ветхого Завета были переведены на церковнославянский язык, еретики, владеющие латынью, греческим или еврейским языками, тенденциозно толковали священные тексты. Переводом Библии Геннадий рассчитывал выбить из рук «жидовствующих» их главное оружие. Для этого он собрал при Софийском соборе группу ученых переводчиков, которые должны были не только подготовить полную славянскую Библию, но и вооружить православную церковь аргументами против ереси.

Советская историческая наука обычно изображала борьбу еретиков и церковных ортодоксов как противостояние просвещенных вольнодумцев и полуграмотных церковных мракобесов, стремившихся отделиться «железным занавесом» от Европы. На самом деле в кружке Геннадия состояли люди выдающихся способностей, получившие блестящее образование и обладающие европейским опытом. Выражаясь современным языком, московские вольнодумцы и члены Геннадиева кружка представляли собой две противоборствующие команды примерно одного интеллектуального класса. Но если еретики в своих религиозных исканиях подвергали сомнению и критическому переосмыслению традиционные устои христианства, то противники ереси убежденно их защищали.

В ученой дружине Геннадия Гонзова выделялись два новгородца — Герасим Поповка и его младший брат Дмитрий Герасимов. Владычный архидиакон Герасим Поповка был выдающимся книжником своего времени. Он ведал фондами Софийской библиотеки — самого богатого книгохранилища того времени — и был не чужд литературной деятельности. Именно на него владыка Геннадий возложил общее руководство переводом Библии.

Но самой яркой звездой Геннадиева кружка был Дмитрий Герасимов по прозвищу Малой. Истинный новгородец не только по рождению, но и по своему живому, непоседливому характеру, он стал первым русским, получившим образование в европейском университете. Еще в юном возрасте Митя Малой перевел на русский античную грамматику. В дальнейшем Герасимов развился в личность поистине возрожденческого масштаба. Полиглот, путешественник, талантливый литератор, крупный дипломат, он, как и Федор Курицын, стал посредником между европейской культурой эпохи Возрождения и Московским государством. Но при всей широте своих взглядов Герасимов сохранил верность православию и не усомнился в своей религии. Впоследствии он возглавлял русское посольство в Ватикане, вел переговоры с римским папой и был ближайшим сотрудником знаменитого Максима Грека, а затем помогал архиепископу Макарию в работе над составлением Великих Миней Четьих. Герасимов первым предсказал Северный морской путь в Китай и составил одну из первых карт России. С его слов на Западе были составлены самые известные описания Московии. Известный ученый Паоло Джовио писал о нем, что русский посол имеет спокойный и восприимчивый ум, а также отличается веселым и остроумным характером.

Близким другом Герасимова был переводчик Власий Игнатов, будущий посольский дьяк и путешественник. Часто наведывался в Софию просвещенный игумен Соловецкого монастыря Досифей, еще один выдающийся книжник своего времени. С его помощью Геннадий стремился заполучить все книги, которые были у «жидовствующих», в том числе и те, которые считались еретическими.

Не менее половины Геннадиева кружка составляли иностранцы. Даже всего навидавшиеся новгородцы с любопытством взирали на шествующего каждое утро к Софийскому собору доминиканского монаха, одетого в белую пелерину с капюшоном и черный плащ. Звали монаха Вениамином, он был хорватом по рождению и считался одним из лучших знатоков Библии. Его приглашение объяснялось тем, что при переводе наряду с кирилло-мефодиевскими, немецкими и еврейскими текстами использовалась Вульгата, то есть латинская Библия, которую и привез с собой доминиканец. Но появление Вениамина в Новгороде имело и другое объяснение. Орден доминиканцев носил неофициальное название Псы Господни, на его гербе изображен пес, несущий в зубах горящий факел, что означало двойную миссию Ордена — охранять церковь от ересей и просвещать мир проповедью истины. Появление в русском городе монаха-доминиканца отражало наметившееся сближение между православной и католической церквями. Ватикан накопил богатый арсенал борьбы против различных еретических сект, близких «жидовствующим». К тому же в Европе уже слышны были отдаленные раскаты грома грядущей Реформации, и католическая церковь искала союзников в грядущей борьбе.

Весной 1494 года в Новгород из Любека приехал первопечатник Бартоломей Готан. Он привез свою типографию, а также немецкие первопечатные книги (Библию и Псалтирь), с которых Геннадиевы писцы и толмачи делали переводы. Первые впечатления печатника от России были самыми радужными. Еще бы, перед ним открывалось широкое поле деятельности, ему покровительствуют сам государь и могущественный новгородский архиепископ! При дворе Геннадия он обнаружил кружок просвещенных людей, готовых трудиться на ниве просвещения. Немец с воодушевлением берется за дело. Он занимается переводами и готовится открыть первую на русской земле типографию.

Профессора медицины и астрологии Николая Бюлова из Любека архиепископ Геннадий пригласил для составления новой Пасхалии. В Новгороде Бюлов прожил несколько лет. Он здесь быстро освоился, научился не только свободно говорить, но и писать по-русски. Впоследствии Бюлов станет придворным врачом великого князя Василия III и останется в России навсегда. Будучи астрологом, Бюлов был, тем не менее, правоверным католиком и даже принял духовный сан. Он ратовал за тесный союз католической и православной церквей, и предсказывал неисчислимые беды, которые принесут Европе религиозные войны. В противовес «жидовствующим», опиравшимся на каббалу и иудейскую астрологию, Бюлов разрабатывал собственное астрологическое учение, не противоречившее христианству, а также занимался вычислением «подвижных» праздников.