12 декабря 1484 года Геннадий был хиротонисан во епископа Новгородского и Псковского с возведением в сан архиепископа. Приехав в Новгород, Гонзов обнаружил, что некогда богатейшая епархия находится в жутком состоянии. Многолетнее безвластие, огромные конфискации земель и казны, насильственные выселения самых состоятельных прихожан лишили Софийский дом львиной доли доходов. Среди духовенства царило уныние. Лишенная пастыря паства пребывала в состоянии разброда и шатания.
Однако плачевное состояние епархии не смутило нового владыку. Геннадий Гонзов обладал сильным характером и цепким практическим умом. Он происходил из боярской семьи, но светской жизни предпочел иноческую. Еще отроком он оказался на знаменитом острове Валаам, где его духовным наставником стал один из основателей Соловецкого монастыря старец Савватий. Суровая жизнь на Валааме под водительством строгого учителя закалила Геннадия, а затем, уже сделавшись игуменом почти придворного Чудова монастыря, он научился политичному общению с властями.
С первых же дней новый владыка начал твердой рукой наводить порядок в епархии, опираясь на поддержку великого князя в лице его новгородских наместников. Но в отличие от своего предшественника Геннадий действовал с осторожной твердостью, учитывая, по возможности, местные традиции и стараясь не оскорблять чувства новгородцев. Введя в богослужение молитвы за великого князя, он соблюдал древние новгородские обычаи и по примеру республиканских владык взял на себя постройку третьей части возобновляемой городской стены.
Помимо прочих неурядиц, Геннадий обнаружил в своей епархии различные толки. Верующие спорили, следует ли на всенощной петь: «Аллилуйя, аллилуйя, аллилуйя, слава тебе Боже!» или «Аллилуйя, аллилуйя, слава тебе Боже!» Принимавшие первый способ «трегубили» аллилуйю, а принимавшие второй — «сугубили». Сугубившие опирались на то, будто аллилуйя в переводе значит «Слава тебе Боже», хотя на самом деле аллилуйя означает: хвалите Господа! Они укоряли своих противников в том, что те, произнося аллилуйю вместо трех раз четыре раза, четверят Троицу и, таким образом, впадают в ересь. Ожесточение между партиями дошло до того, что трегубившие, составлявшие большинство, запрещали на рынке продавать съестные припасы сугубившим. Книжники или так называемые «философы», державшиеся трегубия, обвиняли своих противников в том, что свое сугубие они позаимствовали у латинян-католиков. Чтобы положить конец этому спору, Геннадий поручил переводчику Дмитрию Герасимову, ездившему за границу, исследовать: действительно ли в западной церкви двоят аллилуйю? Герасимов привез ответ, что по воззрению западной церкви все равно, что двоить, что троить аллилуйю.
(Вопрос об аллилуйе так и «завис», перейдя в грядущие столетия, чтобы, соединившись с другими разногласиями такого же формального толка, взорваться церковным расколом, которому будет суждено стать величайшей трагедией в истории Русской православной церкви. — В.С.)
Много хлопот доставил Геннадию Псков. Воспользовавшись длительным безвластием в новгородской епархии, псковичи снова попытались от нее отложиться. Они наотрез отказались пускать в свои храмы новгородских «переписчиков», посланных Геннадием, и не приняли владычного наместника. Подобные попытки Псков предпринимал в прошлом уже не раз. Еще при покойном владыке Ионе возник острый конфликт вокруг вдовых попов, которых псковичи обвинили в сожительстве с наложницами, из-за чего, по мнению прихожан, их молитвы не доходили до Господа. Тем не менее архиепископ Иона оставил вдовых попов на их приходах за дополнительную мзду дому Святой Софии, чем вызвал бурю возмущения псковичей. Зная об агрессивных намерениях Ивана Васильевича в отношении Новгорода, псковские власти решили тогда заручиться его поддержкой, чтобы заполучить собственного владыку. Однако они горько ошиблись в своих расчетах, Иван Васильевич целиком поддержал Иону, а псковичам, словно в издевку, вместо владыки прислал в подарок… верблюда. Этим шагом дальновидный Иван Васильевич нейтрализовал новгородского владыку, и вполне вероятно, что преемник Ионы Феофил вспомнил об этом эпизоде, когда перед битвой на Шелони приказывал своему полку не вступать в сражение с московскими войсками, а биться только с псковичами. После покорения Великого Новгорода, в котором псковичи воевали на стороне великого князя Московского против своего «старшего брата», псковские власти посчитали, что в благодарность за это великий князь теперь-то уж точно поддержит их в конфликте с новым архиепископом. Однако их ожидало новое разочарование. Иван Васильевич всецело поддержал Гонзова, и не только потому, что тот был его назначенцем, но и по принципиальным соображениям, ибо он являлся противником всякого сепаратизма, равно светского и церковного.
Приструнив псковичей, Геннадий впредь постарался не выпускать из поля зрения ненадежный город. Он помнил, что именно здесь зародилась ересь стригольников. Истовые в вере, псковичи были нетерпимы к мздоимству и прочим грехам духовенства, и теперь владыка опасался, что стригольническая ересь может сюда вернуться. Но оказалась, что другая ересь, куда более опасная, свила гнездо буквально под самым его носом. Наткнулся на нее архиепископ Геннадий, можно сказать, случайно.
…С отъездом из Новгорода ересиарха Захарии Скары, а затем и первых «пришельцев врат» Алексея и Дениса, ересь в Новгороде не то чтобы заглохла, а как-то выродилась. Лишившись своих наиболее образованных членов, кружок вольнодумцев постепенно превратился в тайное сборище хулителей традиционного православия и церковных порядков. Дело усугубилось русским пьянством.
На очередной еретической сходке священнослужители Григорий, Герасим, Гридя, Наум и Самсон сильно напились и перессорились друг с другом. Скандал получился шумным, о нем прознал владыка Геннадий и потребовал виновных к ответу. Испугавшись доноса своих собутыльников, один из еретиков, поп Наум, сам поспешил выложить владыке все, что знал о ереси. Он передал также богослужебные тетради, по которым молились еретики, и среди прочих так называемую «Псалтырь жидовствующих». Этот сборник иудейских молитв, с изъятыми пророчествами о Христе, был русским переводом Махазора. (Махазор — годичный цикл молитв, песнопений и правил литургии на основные иудейские праздники: Рош ха-Шана, Иом-Киппур, Песах, Суккот и др. — В.С.)
По доносу Наума еретики глумились над иконами, кололи их на растопку для печей, «спускали на святые образа дурную воду», то есть мочились на них, привязывали кресты на шею воронам и т. д. В своем иконоборческом вандализме еретики вели себя подобно язычникам, которые избивали палками «провинившихся» божков.
Потрясенный архиепископ Геннадий написал о случившемся митрополиту Геронтию и великому князю. Первым отреагировал государь. Он приказал Геннадию «беречься, чтобы то лихо по всей земле не распростерлось», и поручил ему вместе с великокняжеским наместником начать расследование. Были арестованы названные Наумом поп Гридя, его сын Самсон, поп Герасим и дьяк Борисоглебский. После допроса подозреваемых отпустили на поруки до конца розыска. В ту же ночь все четверо бежали в Москву под защиту Алексея и Дениса.
Бывшие новгородские священники к этому времени сделались в Москве важными особами. Оба были вхожи ко двору великого князя и часто общались с ним самим и его ближайшим окружением. Приняв прибежавших из Новгорода сообщников, Алексей и Денис обвинили Геннадия в усердии не по разуму и попытались замять дело о ереси. Митрополит Геронтий, ненавидевший Гонзова, готов был их поддержать.
Однако Геннадий не успокоился. Не получив под держки митрополита, он разослал тревожные Послания другим епископам: сарскому, суздальскому и пермскому. Писал, что «в Новгороде открылись еретики, которые держат ереси маркианскую (отвергающую Троицу), мессалианскую (отвергающую церковную обрядность) и саддукейскую (отвергающую будущую жизнь. — В.С.) и всячески скрываются, называя себя православными христианами». В подробностях описав еретические надругательства над иконами, Геннадий просил епископов ходатайствовать перед государем и митрополитом, чтобы «делу исправление чинити», ибо «та прелесть здесь распростерлась не токмо во граде, но и по селам. А все от попов, которые еретиками становились в попы: да того ради и в попы ставят, чтобы в свою ересь привести».
