Созданная Революцией система юстиции оказалась несовершенной. Главное несовершенство коренилось в, казалось, наиболее прогрессивном принципе выборности судей. Неуверенные в своем статусе и зависящие от местных избирателей судьи не выносили суровых приговоров. Либерализм коллегиальной юстиции также оказался лживым и превратился в полную безответственность. Не случайно действенным орудием оказалась только чрезвычайная юстиция в виде Ревтрибунала, созданного в год революционно-радикальной диктатуры.

После принятия Конституции 1795 г. судебные учреждения были несколько изменены. С отменой окружного (уездного) административного деления ликвидировались уездные трибуналы и трибуналы исправительной полиции. В основные, департаментские трибуналы стали избирать по 20 судей, которые делились на секции. Вводилось право подавать жалобу на приговоры и решения в трибунал соседнего департамента (!), а не в вышестоящий суд — это была несомненная крупная ошибка судебной реорганизации, снизившая доверие к суду и его правовое качество. Исчезла коммунальная полиция в уголовных делах, и мировой судья стал разбирать и уголовные, и гражданские дела малой значимости (по которым наказания не превышали небольших штрафов или 3 дней тюрьмы). Наконец, Кассационный трибунал стал высшим судебным органом, разделившись на секции (уголовных дел, пересмотра гражданских приговоров, собственных судебных расследований). Выборность судей также изменилась. Уголовный кодекс 1795 г. ввел в судопроизводство начало строгой законности и формальности действий.

Окончательное становление новой юстиции пришлось на эпоху Консульства и Империи и было взаимосвязано с общей политикой Наполеона в направлении жесткой централизации и упорядочения всех сфер государственной деятельности.

Новая организация юстиции основывалась на Конституции 1799 г., которой судьи ставились в зависимость от власти Первого консула, и законе 18 марта 1801 г. Возвращалась строго иерархическая организация юстиции — низшие суды и высшие, апелляционные. Ограничивалась независимость судей: вместо выборности вводилось их назначение верховной властью, вводилась дисциплинарная ответственность судей. По Конституции 1799 г. (ст. 41) судей всех судов, кроме особых, коммерческих и кассационных, назначал Первый консул. Согласно постановлению Сената (1803) устанавливалось подчинение всех судов канцлеру (носившему титул Великого Судьи и являвшемуся одновременно председателем Кассационного суда); его административному контролю подлежали также адвокаты и прокуроры. Для всех работников юстиции вводилось обязательное требование о профессиональном образовании в государственных школах права (1804 г.); для низших служащих — возрастные и служебные ограничения. Судьи считались несменяемыми: они назначались на должность пожизненно и могли быть только продвинуты на более вышестоящую.

Гражданская и уголовная юстиция были разделены по особым институтам, соприкасаясь только в самом низу иерархии — на уровне общин. Судопроизводство в них также подчинялось разным правилам.

Низшую инстанцию юстиции представлял единоличный мировой судья. Его назначал на 10 лет глава государства (Первый консул, император с 1804 г.). Его юрисдикции подлежали незначительные гражданские дела (с ценой иска до 500 франков, кроме дел о недвижимости и т. п.), а также первичные полицейские и следственные действия. Более значительные дела подлежали рассмотрению в окружных трибуналах (заменивших собой уездные и департаментские суды, существовавшие по Конституции 1795 г.). Трибунал составляли от 3 до 10 судей, а также специальные служители и секретари. При нем был и общественный обвинитель (прокурор). Компетенция окружного трибунала была смешанной. Он разбирал как гражданские дела (основную массу дел и апелляции на решения мировых судей), так и уголовные (приговоры по малозначительным делам, апелляции на решения мировых).

Далее система гражданских и уголовных судов разделялась. Для гражданской юрисдикции существовали апелляционные суды (палаты) в составе от 12 до 31 судьи (всего таких судов в стране было 27, с 1810 г. — 34), которые занимались только пересмотром решений низших инстанций. Для уголовной — департаментские трибуналы (палаты) в составе председателя и двух судей (выбиравшихся из судей апелляционных судов), которые рассматривали основную массу Уголовных дел с участием присяжных заседателей. С 1810 г., согласно Кодексу уголовного процесса 1808 г., палаты заменялись судами ассизов.

Единым высшим органом для уголовной и гражданской юстиции был Кассационный суд (из нескольких секций, с 1826 г. — камер). Этот суд не принимал решений по существу дела, а только кассировал (отменял)их в случае нарушения порядка рассмотрения или законодательства и отсылал на повторное рассмотрение в низший суд.

Существовали и суды исключительной юрисдикции. Важнейшим из таких был Верховный императорский суд, где разбирались преступления должностных лиц, знати, должностные преступления префектов, а также обвинения в заговорах и государственной измене. В 1801 г. был создан особый полевой суд, где главным образом рассматривались дела военных и некоторые сомнительные дела. Состав суда определялся главой государства из профессиональных судей, а также офицеров и граждан. В 1830 г. суды эти были ликвидированы.

Особую систему представляли военные суды — сухопутной армии и флотские. Судопроизводство по гражданским делам было урегулировано Кодексом гражданской процедуры (1806 г.). Согласно нему суд должен был проводиться на основе состязательности сторон, гласно и открыто. Разбор уголовных дел регламентировался Кодексом уголовного процесса (1808 г.). Одним из самых важных установлений уголовного судопроизводства было узаконение суда присяжных при разборе дел в департаментских трибуналах. В состав присяжных (список которых составлялся префектом департамента) включались лица старше 30 лет и соответствующие политическому статусу, установленному избирательными законами. Для каждого процесса председатель суда определял из списка 36 присяжных, из которых после отвода сторонами оставалось 12 для слушания дела. Присяжные определяли виновность обвиняемого и соответственность доказательств. Приговор на основе их вердикта выносил коронный суд. Создание суда присяжных было главной гарантией общественного содержания судопроизводства и гарантией гражданских прав, хотя, конечно, изначально обладало всеми особенностями квази-юридической оценки содеянного, и особенно личности обвиняемого.

Одной из самых важных исторических особенностей судебно-правовой системы новой Франции стало раннее возникновение в ней отдельной административной юстиции — со своей юрисдикцией и процедурой.

Возможность проконтролировать в судебном порядке и тем более обжаловать решения органов исполнительной власти (не верховной), чиновников и должностных лиц, уже с XVIII в. рассматривалась в правовой и политической мысли как одна из гарантий должной правовой и подзаконной деятельности институтов управления. В особенности такая возможность была важна для гарантии гражданских прав. Реализовать эти задачи можно было разными способами: наделить органы обычной юстиции правами судебного контроля управленческих решений (так получилось в Великобритании), сформировать особые административные институты надзора (прокуратура, государственный контроль и т. п.). Во Франции сложилась совершенно самостоятельная система органов административной юстиции, автономных и обособленных от обычной юстиции.

Законом 1790 г. судам общей юстиции запрещалось вмешиваться в деятельность органов управления. Это достаточно быстро создало основу для практически бесконтрольной администрации — как на центральном, так, особенно, на местном уровнях. Для предотвращения этого в качестве первой инстанции административной юстиции в 1800 г. были созданы советы префектур. Они состояли из 3–5 назначавшихся главой государства членов. В советах можно было обжаловать решения о национализации имуществ. Здесь разбирались жалобы частных лиц по налогообложению, споры государственной администрации и предприятий общественных работ. Высшей инстанцией административной юстиции (и самой главной) стал Государственный совет. Он был создан Конституцией 1799 г. в качестве чисто политического органа. Законом 11 июня 1806 г. его состав и статус были преобразованы. В Совете была сформирована Комиссия спорных дел из 6 расследователей-судей и 6 аудиторов, которым поручалось разбирать споры частных лиц с центральными органами административного аппарата. Первоначально Совет только представлял результаты своих расследований на утверждение властных органов. Но с 1872 г. Государственному совету было предоставлено полное право юрисдикции, т. е. право самостоятельно выносить решения по делам. С 1807 г. административный процесс мог вестись только с помощью адвокатов.