14 июня Александр выехал из Вильно и направился в Свенцяны, Барклай рассылал приказы командирам корпусов и дивизий, более всего заботясь о том, чтобы ни одна часть не была окружена и отрезана неприятелем. Узнав о движении крупных сил Наполеона к Вильно, он неспешно выехал в карете из города и направился в Свенцяны в главную квартиру.

Через пять месяцев после этих событий Александр в письме к Барклаю от 24 ноября 1812 года так оценит все происходившее: «Несколько дней после моего приезда в Вильну я отдал вам приказание отправить назад все лишние тяжести, в особенности тех полков, которые были расквартированы в Литве, а между тем их отослали назад только после Неменчика, Свенцян, Вилькомира и Шавель, и нам пришлось совершать отступление с этим ужасающим обозом. Сколько раз я напоминал вам о постройке необходимых мостов; множество инженеров путей сообщений было прикомандировано к армии, а между тем большинство мостов оказалось в негодном состоянии. Решив отходить назад, необходимо было организовать госпитали соответственным образом; между тем, прибыв в Вильну, я нашел там госпиталь с несколькими тысячами больных, эвакуации которых я не переставал требовать в течение нескольких дней. Вот, генерал, говоря откровенно, те ошибки, в которых я могу вас упрекнуть. Они сводятся к тому, что вы не были достаточно уверены в том, что отдать приказание и добиться его выполнения — это вещи совершенно различные, а чтобы пособить этому, есть только одно средство: деятельный надзор и проверка, которую беспрестанно производили бы люди, вполне вам известные».

Барклай ни на минуту не забывал об армии Багратиона. За несколько часов до переправы французов у Ковно он уведомил Багратиона, что ожидает форсирование Немана неприятелем.

Он писал также, что казачьему корпусу генерала Платова приказано нанести удар французам во фланг и тыл в районе Гродно. Он приказывал Багратиону обеспечить силами его армии тыл корпуса Платова. Он сообщал также, что 1-я армия будет отступать к Свенцянам, а 2-й армии следует отходить на Борисов.

19 июня 1-я армия подошла к Свенцянам. Она отступала в полном порядке, умело ведя арьергардные бои, задерживая противника на переправах, нанося ему внезапные удары. Арьергард 1-го корпуса — семь полков под командованием генерал-майора Якова Петровича Кульнева — в первые же дни взял около тысячи пленных, а в бою 16 июня у Вилькомира Кульнев весь день сдерживал натиск целого корпуса маршала Удино. Участник марш-маневра Барклая, один из офицеров его армии — будущий декабрист Федор Николаевич Глинка писал в своем дневнике, что главнокомандующий «не дал отрезать у себя ни малейшего отряда, не потерял почти ни одного орудия, ни одного обоза, этот благоразумный вождь, конечно, увенчает предначатия свои желанным успехом».

Дело осложнялось тем, что в распоряжения Барклая постоянно вмешивался царь. Он отдавал множество приказов через голову главнокомандующего, и эти приказы противоречили указаниям Михаила Богдановича. Александр требовал ускорить движение к дрисскому лагерю, не посвящая никого в смысл этого маневра.

25 июня Барклай написал царю: «Я не понимаю, что мы будем делать с целой нашей армией в дрисском укрепленном лагере. После столь торопливого отступления мы потеряли неприятеля совершенно из виду, и будучи заключены в этом лагере, будем принуждены ожидать его со всех сторон». Царь не ответил и на это письмо, дав тем самым понять, что приказ идти к Дриссе обсуждению не подлежит. 26 июня 1-я армия прибыла в Дриссу, а через три дня здесь состоялся военный совет, обсуждавший вопрос о дальнейших действиях. В присутствии царя Барклай высказался за то, чтобы до соединения с армией Багратиона никаких активных действий не предпринимать.

Поскольку пробиться к лагерю Багратиону не удалось, решено было уходить дальше, так как одной из главных тактических задач первого месяца войны оставалось соединение двух армий. И тем не менее кратковременное пребывание в Дриссе было ознаменовано двумя важными событиями. Во-первых, в Дриссе армию ожидало первое пополнение — 20 эскадронов кавалерии и 19 батальонов пехоты; и во-вторых, здесь было положено начало новому, весьма важному и полезному делу — при штабе 1-й армии начала работать походная типография. Ее создатели — патриотически настроенные профессора Дерптского университета А. С. Кайсаров и Ф. Э. Рамбах — еще накануне войны предложили Барклаю наладить в его армии публикацию «Ведомостей» на русском и немецком языках, а позже и на французском, чтобы вести антинаполеоновскую пропаганду в войсках противника.

Здесь печатались приказы и обращения Барклая к войскам и населению, воззвания к солдатам противника, информационные бюллетени и листовки.

При походной типографии возник кружок военных литераторов, участники которого — А. И. Михайловский-Данилевский, братья М. А. и П. А. Габбе, братья А. А. и М. А. Щербинины, Д. И. Ахшарумов и другие — стали первыми историками Отечественной войны 1812 года.

В их кругу часто велись разговоры о «войне Отечественной, о славе имени и оружия Русского, о духе народа, о мужестве войск, о том, долго ль существует слава дел, не запечатленная на скрижалях истории».

2 июля армия оставила Дриссу и двинулась на восток. Анализируя положение, создавшееся в начале июля на театре военных действий, царь писал председателю Комитета министров фельдмаршалу Н. И. Салтыкову: «Решиться на генеральное сражение столь же щекотливо, как и от онаго отказаться. В том и другом случае можно легко открыть дорогу на Петербург, но, потеряв сражение, трудно будет исправиться для продолжения кампании… Единственно продолжением войны можно уповать с помощью Божиею перебороть его».

Здесь Александр оставил армию и уехал в Москву.

Царь, покидая армию и препоручая ее Барклаю, исходил, в частности, и из того, что если Наполеон побьет Барклая, то это будет воспринято гораздо спокойнее, чем если то же самое произойдет с армией, когда во главе ее будет он сам. Прощаясь с Барклаем, царь сказал: «Поручаю вам мою армию. Не забывайте, что у меня нет другой, и пусть эта мысль никогда вас не покидает». Барклай всегда помнил напутствие царя. По сути дела, оно стало основой его тактики на ближайшее время — спасая армию, спасти тем самым и Россию.

Уезжая из Полоцка, царь не облек Барклая полномочиями главнокомандующего, которому подчинялись бы и другие армии. Двусмысленность положения Барклая усиливалась еще и тем, что уже на третий день войны, когда Александр приехал в Свенцяны, он попросил находившегося там и состоявшего в его свите Аракчеева «вновь вступить в управление военными делами». Как и всегда, нечеткая и маловразумительная формулировка — «вступить в управление военными делами» при действующем и не смещенном с поста военном министре — породила дополнительные трения между Барклаем и Аракчеевым, ревновавшим Михаила Богдановича к царю и не любившим его. Аракчеев считал, что с 15 июня 1812 года именно он руководил всеми военными делами. «С оного числа, — писал он, — вся французская война шла через мои руки: все тайные повеления, донесения и собственноручные повеления государя императора».

На эти отношения накладывалось еще и то, что и Барклай, и Багратион, и Тормасов были равны в чине, с той только разницей, что чин генерала от инфантерии Тормасов получил на восемь лет раньше главнокомандующих 1-й и 2-й Западными армиями, что по правилам чинопроизводства признавалось весьма важным в определении старшинства.

Между тем соединение 1-й и 2-й армий становилось все затруднительнее: между ними вклинивались главные силы Наполеона, и русским ничего не оставалось, кроме отступления. 13 июля в тяжелый бой с французами вступил корпус Остермана-Толстого, а на следующие сутки его поддержала дивизия Коновницына. 2-я армия, находившаяся в это время более чем в ста верстах к югу от 1-й, попыталась прорваться на север, чтобы соединиться с нею, но эта героическая попытка не удалась. Барклай, также решивший пробиваться навстречу Багратиону, узнав о неудаче прорыва, изменил планы и приказал отходить дальше.