Жене Дохтуров писал об этом славном дне: «Целой день я был в сем деле, устал как собака, но, слава Богу, совершенно здоров и невредим. Наши дрались славно, много у нас ранено и убито, но у нашего злодея несравненно более. (…) Я все сделал, что мог; пока не прислали подкрепления, с одним моим корпусом мне было весьма трудно…»

Кутузов высоко оценивал сражение при Малоярославце: «Сей день есть один из знаменитейших в сию кровопролитную войну, ибо потерянное сражение при Малоярославце повлекло бы за собою пагубнейшее следствие и открыло бы путь неприятелю через хлебороднейшие наши провинции», — писал он императору. Высоко оценили его и французы. По словам французского историка Сегюра, бой при Малоярославце положил конец «завоеванию вселенной».

За действия при Малоярославце Дохтуров был пожалован «кавалером ордена святого Георгия большого креста 2-го класса». Среди других за это сражение получили награды командующий 7-й дивизией генерал-лейтенант П. М. Капцевич и полковник Н. В. Вуич. Награждены были многие ножей, а Софийский пехотный полк 7-й дивизии получил право именоваться гренадерским.

Преследование Наполеона на пути от Малоярославца до Смоленска осуществлял авангард Милорадовича и Платова. Основные же силы русской армии в составе двух колонн, одной из которых командовал Дохтуров, двигались параллельно Смоленской дороге.

Наполеон прибыл в Смоленск 27 октября, но город был уже разграблен его же войсками. Провианта едва хватило накормить гвардию. Пробыв в Смоленске четыре дня, Наполеон начал дальнейшее отступление. При Красном состоялось трехдневное сражение (4–6 ноября), в котором участвовал и 6-й корпус Дохтурова. Французы потерпели полное поражение. В этом бою более 6 тысяч французов было убито и 26 тысяч взято в плен. После Малоярославца у Наполеона было еще более 90 тысяч солдат и офицеров. В арьергардных боях на пути от Малоярославца к Смоленску французы потеряли около 30 тысяч человек. От Красного после трехдневного сражения Наполеон увел менее 30 тысяч. Это было уже не отступление, а бегство. На следующий день после битвы при Красном Дохтуров с удовольствием писал жене: «Мы преследуем неприятеля, который бежит как заяц. (…) Великий Наполеон бежит, как никто еще не бежал. (…) Мы надеемся, что скоро он будет совершенно истреблен». До совершенного истребления и впрямь оставалось немного времени. Уже в конце ноября Кутузов писал Александру I из Вильны: «Война закончилась за полным истреблением неприятеля».

В конце декабря 1812 года корпус Дохтурова вышел из Вильны на Меречь. 1 января 1813 года Дохтуров провел свой корпус по замерзшему Неману. От Меречи Дохтуров вместе с Милорадовичем двинулся в направлении Варшавы, где стояли саксонский, польский и австрийский корпуса. Командующий австрийским корпусом Шварценберг выразил готовность Австрии вступить в перемирие с русской армией. Затем он отвел свои войска в Галицию без единого выстрела. В одном из писем Дохтуров сообщал об этом: «Австрийцы отступают очень дружелюбно, без малейшего выстрела и очищают завтра Варшаву, а наши войска тотчас в нее вступят». Ренье и Понятовский также оставили Варшаву, в которую Дохтуров и Милорадович вступили 26 января.

Под общее начало Дохтурова были отданы все войска, находившиеся в Варшавском герцогстве. Конечно, ему приходилось заниматься не только армией, но и делами гражданского населения. Осталось немало свидетельств того, что Дохтуров был неизменно доброжелателен к просителям, беднякам и вдовам и не отказывал даже в денежной помощи, хотя сам не был богат.

Известие о смерти Кутузова потрясло Дохтурова, Он немедленно выехал в Бунцлау. Для Дохтурова Кутузов был не просто великий полководец, но и учитель, соратник, боевой товарищ. После смерти Багратиона это была для Дохтурова самая большая личная потеря. Он скорбел о полководце как человек и как сын России, понимавший великое значение Кутузова для спасения Отечества.

По возвращении в Варшаву Дохтуров продолжал формирование Польской армии, возглавлять которую вскоре император поручил Беннигсену.

Этим назначением Александр I еще раз выказал свое пренебрежение к талантливым русским полководцам. Ни поражение русских при Фридланде, ни самовольное передвижение Беннигсеном 3-го корпуса Тучкова при Бородине, лишившее Кутузова возможности нанести удар с левого фланга, ни предательски бездарная позиция, выбранная Беннигсеном для сражения под Москвой, — ничто в глазах императора не поколебало отношения к Беннигсену.

О назначении Беннигсена командующим Дохтуров узнал еще до окончания формирования Польской армии и был доволен этим назначением, о чем он писал жене в письме от 1 июня 1813 года: «Я чрезмерно рад, что я имею начальником сего достойного и почтенного человека и что освободился от Барклая…» Такое отношение Дохтурова вполне понятно. Дохтуров помнил поведение Беннигсена на совете в Филях, когда Беннигсен с жаром отстаивал необходимость обороны Москвы, а Барклай, напротив, был первым, кто предложил ее сдать. Но если сам Дохтуров не мог допустить мысли об оставлении Москвы без сражения как патриот, то Беннигсена волновало, что скажут об этом в Европе и понравится ли это государю, о чем он и указал в записке, приложенной им к письму Александру I от 19 января 1813 года.

Дохтуров принял командование новым корпусом. С выпестованным им 6-м корпусом, полки которого он лично водил в бой еще при Кремсе и Аустерлице, пришлось расстаться навсегда. Дохтуров понимал, что со смертью Кутузова отношение ко многим выдающимся русским военачальникам изменилось. Русскую армию теперь возглавляли император и Барклай-де-Толли.

Положение Дохтурова было сложным. Что касается Барклая-де-Толли, то к его военным способностям Дохтуров относился, мягко говоря, скептически, считая его «не сродным к командованию никакой части, а уж и более армиею». И хотя Дохтуров прямо не говорил об этом, очевидно, такое отношение не могло укрыться от Барклая. Император же внешне выказывал Дохтурову свое полное расположение, вместе с тем, например, он не удовлетворил представление Кутузовым к награждению Дохтурова орденом святого Георгия второй степени за Бородино. Теперь же Александр I приблизил к себе Барклая, и Дохтурову, конечно, оставалось лишь следовать распоряжениям.

Новая антифранцузская коалиция готовилась к сражению под Лейпцигом. Корпус Дохтурова вел ожесточенный бой под Дрезденом, когда основные соединения русской армии двигались к Лейпцигу. Вскоре Дохтуров получил предписание идти на соединение со всей армией. В течение пяти дней под проливным дождем войска Дохтурова совершали марш к Лейпцигу, и к вечеру 5 октября корпус подошел к Фухсгейну под Лейпцигом. Здесь готовилась так называемая «битва народов».

Утром 6 октября корпус Дохтурова начал наступление на южную окраину города. Особенно ожесточенная схватка была с кавалерией Нансути и бригадой старой гвардии, брошенной Неем против дивизий Дохтурова. Однако французская конница была разбита, а гвардия отступила. К вечеру 3-й корпус достиг предместья Лейпцига. Утром следующего дня войска союзников с разных направлений начали штурм города и к полудню одновременно вошли в него.

В письме к жене Дохтуров сообщал, что жители Лейпцига приветствовали освободителей, выглядывали из окон, кричали «Ура!», бросали на улицу цветы. «К славе войска нашего, — отмечал Дохтуров, — ни один обыватель и ни один дом не были ограблены». Дохтуров был скуп на слова. О битве при Лейпциге он пишет: «Скажу о себе, друг мой, корпус мой дрался славно и везде опрокидывал неприятеля, и дело было у меня весьма жаркое». За этими строками стоят талант полководца, железная воля военачальника, громадная работа по организации боя.

Отступление французов из Лейпцига было столь беспорядочно, что Дохтуров сравнивал его с бегством Наполеона после поражения при Красном.

Некоторое время корпус Дохтурова вместе с другими соединениями преследовал французов, но затем ему было предписано взять Магдебург, в котором засел сильный французский гарнизон.