В русской армии остро встал вопрос о едином главнокомандующем. Барклай-де-Толли, хотя и был военным министром, но командовал лишь 1-й Западной армией. Возникшие разногласия с Багратионом обострили в армии общее недовольство действиями Барклая. Большинство патриотически настроенных русских генералов хотели видеть главнокомандующим русского по происхождению, который воевал бы не только как профессионал, но и как патриот. Еще свежи были в памяти и бездарный план Вейротера, следствием которого была аустерлицкая катастрофа, и бегство Буксгевдена, и поражение при Фридланде под командованием Беннигсена. Правда, сам Барклай-де-Толли не был наемником, он начал службу с нижних чинов, родился в России. Но тем не менее в окружении Барклая каким-то образом оказалось слишком много иностранцев, так что невольно возникала в армии мысль об измене. Возмущаясь действиями Барклая, Багратион писал царю, что «вся главная квартира немцами наполнена так, что русскому жить невозможно и толку никакого нет».

5 августа, в день, когда Дмитрий Сергеевич Дохтуров руководил обороной Смоленска, в Петербурге собрался Чрезвычайный комитет для обсуждения кандидатуры главнокомандующего.

Назначенный главнокомандующим Кутузов прибыл к войскам 21 августа, и сразу же отдал приказ сосредоточиться в районе села Бородино.

Согласно диспозиции 6-й пехотный корпус Дохтурова и 3-й резервный кавалерийский корпус Крейца составили центр русских войск. Причем одним из двух передовых отрядов центра командовал легендарный Н. В. Вуич, любимец Суворова, герой Измаила, Прейсиш-Эйлау и Фридланда, а впоследствии Бородина, Малоярославца и Лейпцига. Общее командование правым флангом и центром осуществлял Барклай-де-Толли, левый фланг был под командованием Багратиона.

Тяжелое ранение Багратиона и невозможность его дальнейшего участия в сражении было ощутимым уроном для армии. Временное командование левым крылом взял на себя Коновницын. Ему удалось организовать оборону и задержать наступление французов у Семеновского оврага. Однако для контратак сил было недостаточно, и Коновницын отвел войска за Семеновский овраг.

Кутузов посылает на левый фланг принца Вюртембергского, но тут же отправляет генералу от инфантерии Д. С. Дохтурову предписание: «Хотя и поехал принц Вюртембергский на левый фланг, несмотря на то имеете вы командовать все левым крылом нашей армии, и принц Вюртембергский подчинен вам. Рекомендую вам держаться до тех пор, пока от меня не воспоследует повеление к отступлению».

Первую атаку деревни Семеновской французы провели силами корпуса Нея и дивизии Фриана. Но русская артиллерия остановила французов. В это время прибыл Д. С. Дохтуров. В своих записках участник Бородинской битвы Федор Глинка писал: «Дохтуров, отражая мужественно опасности и ободряя примером своим воинов, говорил: „За нами Москва! Умирать всем, но ни шагу назад!“ Смерть, встречавшая его почти на каждом шаге, умножала рвение его. Под ним убили двух лошадей и одну ранили…»

Кутузов не ошибся, назначив Дохтурова командовать левым флангом, и как ни горячо тут было, французам не удалось прорвать его. В этом есть немалая заслуга Дмитрия Сергеевича Дохтурова, за долгие годы службы привыкшего быть на самых трудных участках. Надо сказать, что не прошла даром Дохтуровская школа и для его корпуса. При Бородине отличились многие офицеры и рядовые его дивизий. Особенно же прославился командир 24-й пехотной дивизии Петр Гаврилович Лихачев, оборонявший после И. Ф. Паскевича батарею Раевского. Дохтуров хорошо знал этого генерала еще по участию в сражениях при Роченсальме и Выборге. «Воспользовавшись тем, что 11-я и 23-я пехотные дивизии были заняты отражением кавалерийских атак, — пишет историк Отечественной войны 1812 года Л. Г. Бескровный, — французская пехота бросилась на батарею. Силы противника в четыре раза превышали силы 24-й пехотной дивизии, оборонявшей батарею. Русские геройски отражали все атаки, но их подавила численность атакующих. Когда уже почти все защитники батареи пали, командир дивизии старый генерал Лихачев, израненный, со шпагой в руках бросился на французов. Исколотого штыками Лихачева французы взяли в плен. Батарея была захвачена. Многие ее защитники погибли смертью героев. Остатки 24-й дивизии и другие пехотные части около, 16 часов отошли под защиту огня батареи, расположенной поодаль на высоте».

В рапорте, представленном Кутузову, Дохтуров писал: «Поставляю обязанностию сим донести, что, прибыв к оной (к армии Багратиона. — В. К.), нашел высоты и редуты, нашими войсками прежде занимаемые, взятые неприятелем, как равно и ров, от оного нас отделявший. Поставя себе важнейшим предметом удержаться в настоящем положении, я сделал нужные в сем случае распоряжения, приказав начальникам отрядов всеми мерами отражать стремление неприятеля и не уступать нисколько мест настоящих. Все исполнили сие с отличным благоразумием, и хотя неприятель, принявший намерение опрокинуть непременно наш левый фланг, делал всеми силами под ужасным огнем артиллерии нападение. Но покушения сии уничтожены совершенно мерами взятыми и беспримерною храбростью войск наших. Полки гвардейские — Литовской, Измайловской и Финляндской — во все время сражения оказали достойную русскую храбрость и были первыми, которые необыкновенным своим мужеством, удерживая стремление неприятеля, поражали оного повсюду штыками. Прочие полки гвардейские — Преображенской и Семеновской — также способствовали к отражению неприятеля неустрашимостью. Вообще все войски в сей день дрались с обычною им отчаянною храбростию, так что со вступления моего в командование до наступившей ночи, которая прекратила сражение, все пункты почти удержаны, кроме некоторых мест, которые уступлены по необходимости отвести войски от ужасного картечного огня, большой вред причинившего. Но отступление сие было весьма на малое расстояние с должным порядком и с учинением при сем случае урона неприятелю…»

Поздно вечером Дохтуров прибыл к Кутузову и сказал: «Я видел своими глазами отступление неприятеля и полагаю Бородинское сражение совершенно выигранным». Победа была несомненной, особенно в стратегическом отношении. Однако потери в армии были велики, и, желая сохранить армию, 27 августа Кутузов отдал приказ обвести войска на шесть верст назад, к Можайску. При отходе армии Дохтуров возглавлял колонну в составе 2-й армии, а также 4-го и 6-го корпусов 1-й армии.

Первого сентября в 5 часов вечера состоялся военный совет в Филях. К этому времени для русской армии создалась довольно неблагоприятная обстановка. Французы уже с 30 августа двинулись в направлении Рузы и дальше на Звенигород. Было получено известие о фланговом обходе Москвы корпусом Понятовского с юга, по Боровской дороге. Подкреплений, которые Кутузов рассчитывал получить от губернатора Москвы Ростопчина, не было. К тому же Барклай-де-Толли и Ермолов, осмотревшие избранную Беннигсеном позицию для сражения под Москвой, нашли ее совершенно непригодной.

На совете мнения разделились. Барклай-де-Толли предложил отступить через Москву на Владимирскую дорогу. За сдачу Москвы без сражения высказались Остерман, Раевский, а также полковник Толь. Беннигсен настаивал на сражении, считая избранную им позицию неприступной. Коновницый, Платов, Уваров и Ермолов высказались за сражение, но одновременно признавали позицию Беннигсена непригодной. Можно было атаковать французов на марше, однако в этом случае трудно было предвидеть исход событий. Дохтуров видел, что позиция, избранная Беннигсеном, весьма напоминает ту, что была при Фридланде, когда по вине Беннигсена была разбита русская армия. Но как патриот, для которого имя Москвы было свято, Дохтуров никак не мог помыслить, что столицу можно сдать без боя. Дохтуров высказался за сражение.

В воспоминаниях о военном совете в Филях Ермолов писал: «Генерал Дохтуров говорил, что хорошо было бы итти навстречу неприятелю, но что в Бородинском сражении мы потеряли многих честных начальников, а возлагая атаку на занимающих места их чиновников, мало известных, нельзя быть вполне уверенным в успехе».