При Александре VII изменилось управление курией. Папа порвал с методами произвола в управлении; сам он не очень-то вмешивался в государственные дела, а доверял их кардинальским конгрегациям. Папа Александр создал кардинальскую конгрегацию, охватывающую управление Церковным государством, из которой затем сформировался папский государственный секретариат. Таким образом, и церковное управление все больше подпадает под влияние папских придворных. Александр VII ввел институт папских прелатов. Этот сан получали не епископы, а главным образом куриальные священнослужители, имевшие заслуги перед папой. Курия стала замкнутой организацией римской аристократии. Александр VII выдвигал людей только из знатных аристократических семей. Власть была в руках древних римских родов (Савелли, Конти, Орсини, Колонна, Гаэтани), а также семей, выдвигавших кандидатов в папы. Таким образом, середина и вторая половина XVII века стала в Риме порой расцвета аристократии. Замкнутость имела также и национальный характер; Александр VII назначил 38 кардиналов, из которых 33 были итальянского происхождения. В аристократической атмосфере курии монашеские ордена начали считать лишними, а орден иезуитов просто стал неудобен. Это засилье в руководстве церковью аристократических посредственностей также сыграло свою роль в том, что в XVII–XVIII веках почти не было выдающихся пап.
В новой эре, начавшейся с Александра VII, земледелие в когда-то богатой Кампанье и в окрестностях Рима пришло в упадок. А формирование промышленности вследствие непродуктивного характера Церковного государства априори становилось невозможным. Государство здесь рассматривалось всеми, от самого мелкого чиновника вплоть до папы, в первую очередь как возможность обогащения. Снова распространились подкупы и взяточничество; злоупотребления имели место и в правосудии. По сути дела, начиная с этого времени, мы можем говорить об общем упадке Церковного государства, о его отсталости — в чем опять-таки проявился кризис института папства.
Юный Людовик XIV дал почувствовать свою власть и свое пренебрежение к папе Александру VII не только в заключении Пиренейского мира (1659), но и обеспечив себе право вмешиваться во внутренние дела Папской области даже в связи с незначительной дипломатической неурядицей. Александру VII оставалось успокаиваться лишь успехами в области религиозной морали. Шведская королева Кристина (1632–1654), отказавшись, как известно, от трона, перешла в Инсбруке в католическую веру и в 1655 году переселилась в Рим. Дочь победоносного протестантского лидера и полководца Тридцатилетней войны Густава Адольфа завоевала себе этим благосклонность и милость папы: она — единственная женщина в истории, которая была погребена в Ватиканской усыпальнице.
После смерти Александра VII великие державы стали активно пользоваться своим эксклюзивным правом. В соответствии с расстановкой сил новым папой стал кардинал Джулио Роспильози, пользовавшийся полным доверием у Людовика XIV. Профранцузский папа Климент IX (1667–1669), будучи старым и больным, считался поэтому «кратковременным» папой. Он был известен не только как драматург, но и как высший священнослужитель, который вел святой образ жизни. (Ежедневно он собственноручно кормил 13 бедняков.) Уход со сцены непотизма ознаменовался тем, что папа уже не безгранично благоприятствовал своим родственникам, а обеспечивал им лишь достойное благоденствие. Тем же, что Климент IX не распустил на все четыре стороны чиновников и непотов своего предшественника, чтобы освободить место для своих людей, он в значительной степени способствовал консолидации церковного управления.
После смерти Климента IX на продолжавшемся четыре месяца (из-за борьбы между происпанской и профранцузской партиями) конклаве папой был избран престарелый (80-летний) кардинал Альтиери, которого вновь рассматривали как «кратковременного». Климент X (1670–1676), вернувшись к практике непотизма, доверил управление своему племяннику. В его планы входило создание большой антитурецкой коалиции для освобождения Венгрии и Балкан. Поэтому он поддерживал крупными суммами польского короля Яна Собеского. Однозначно придерживавшийся происпанской ориентации папа всю свою энергию посвятил борьбе с галликанством. Враждовавший с испанцами Людовик XIV вмешивался и в сугубо церковные дела; он распускал монашеские ордена, экспроприировал церковное имущество.
В 1673 году Людовик XIV издал закон о праве королевского владения: в случае освобождения высокой церковной должности доходы от незанятого бенефиция поступают не к папе, а в государственную казну. Второй спорный вопрос возник вокруг права убежища, которым обладали посольства в Риме. Аккредитованные при папском дворе послы посольства могли предоставить обращающимся к ним убежище и пользовались этим правом столь широко, что это уже наносило ущерб папскому суверенитету. Однако помимо дипломатического протеста Климент X ничего предпринять не смог и вынужден был принять к сведению преимущественное право французов.
Самым значительным папой XVII века был, несомненно, Иннокентий XI (1676–1689), происходивший из состоятельной семьи торговцев и банкиров города Комо — Одескальчи. Новый папа до 25-летнего возраста был военным, затем стал в Риме священнослужителем, известным специалистом по церковному праву, а в 34 года — кардиналом. Он считался происпански и антифранцузски настроенным; поэтому на конклаве в 1669 году, после смерти Климента IX, Людовик XIV наложил вето на избрание его папой. Теперь же вето не прошло, и на голову кардинала Одескальчи надели папскую тиару. Иннокентию XI были свойственны глубокая религиозность и пуританство. Папские одежды он выбрал из гардероба своих предшественников, а каждую сутану носил до тех пор, пока от многих стирок она не расползалась. Его жилые апартаменты состояли всего из двух помещений: спальни и очень скромно обставленного кабинета. Иннокентий XI ликвидировал непотизм, и в результате своих финансовых распоряжений, сокращения учреждений он залатал прорехи в госбюджете, пополнил опустевшую папскую казну. Страдавший от ревматизма и болезни желудка папа и на троне Святого Петра оставался отшельником.
Главной своей целью Иннокентий XI после восстановления политического равновесия в Европе считал сплочение европейских держав для освободительной войны против турок. Эта целеустановка априори противопоставила его французским гегемонистским устремлениям. Папа Иннокентий решительно выступил против галликанства. Однако французская церковь и духовенство в этом споре заняли сторону своего короля, так как ожидали, что он защитит от папы их привилегии и автономию. В это время Франция и Людовик XIV находились в зените своего могущества, и это решающим образом влияло на жизнь Европы и церкви. Во Франции церковь и государство полностью переплелись, католическая церковь стала государственной церковью. Французские короли с 1516 года осуществляли назначение епископов, но средневековое галликанство при Людовиках обрело новое осмысление согласно запросам монаршьего абсолютизма.
Монарший абсолютизм готов был терпеть только идентифицирующийся с ним епископский корпус. Так, епископы стали придворными епископами и почти без исключения были выходцами из новой придворной аристократии. В 1682 году французское духовенство сформулировало четыре положения о галликанских свободах (постановления в духе «свободной галликанской церкви»):
1) власть папы как главы церкви распространяется только на духовных лиц; светская власть независима от пап;
2) верховная папская власть подчинена вселенскому собору;
3) папская юрисдикция должна осуществляться в согласии с местными традициями (в духе «свободной галликанской церкви»);
4) распоряжения папы даже в вопросах веры становятся обязательными только после утверждения их вселенским собором.
Иннокентий XI в рядовом папском послании отверг эти постановления галликанского духовенства. Папа не был склонен утверждать таких епископов, которые присягали галликанским постановлениям. Вследствие этой тяжбы 35 французских епископских кресел вскоре оказались пустующими! В конце 1680-х годов из-за отмены посольского права убежища прекратилась и дипломатическая связь между Римом и Парижем. Последствия великодержавных разногласий в области церковной политики были ошеломляющи. В интересах более полного осуществления государственного абсолютизма Людовик XIV в 1685 году объявил утратившим силу Нантский эдикт и при явном неодобрении папы лишил гугенотов прав, которыми они пользовались до сего времени. Были закрыты кальвинистские церкви, изгнаны проповедники. В результате последнего религиозного преследования около 200 000 гугенотов оставили свою родину и стали искать себе пристанище в протестантских государствах — в Пруссии, Голландии и Англии. Эмигранты в большинстве своем были прилежными гражданами, хорошими ремесленниками, торговцами, образованными интеллигентами. Изгнание из страны гугенотов способствовало закату государства «короля-солнца» и подъему протестантских держав, в первую очередь Пруссии.