Через некоторое время в конструкцию корабля ввели бак, что увеличило высоту тщательно разработанной декоративной кормовой надстройки. Из-за этого, а также из-за небольшой осадки, более поздние галеоны стали довольно неустойчивыми и громоздкими. В зависимости от водоизмещения галеоны строились с числом палуб от двух до семи. Борт судна от киля к грузовой ватерлинии имел большой развал, а к верхней палубе — завал. Тем самым увеличивалась грузоподъёмность, затруднялся переход с судна на судно во время абордажа, смягчалась сила удара волн о борт, поскольку волна отражалась вверх и корпус не испытывал её прямого удара, и, наконец, повышалась остойчивость, так как орудия перемещались ближе к диаметральной плоскости судна и тем самым уменьшался кренящий момент.
Среди недостатков галеона следует отметить низкую скорость, трудность управления и неспособность идти прямо против ветра или крутым бейдевиндом. Эти корабли были более медленны и неповоротливы, чем бригантины и шлюпы, используемые врагами Испании, но зато несли чрезвычайно мощное артиллерийское вооружение. Большие размеры галеона и наличие тяжёлых пушек делали довольно трудной прямую атаку на него. Мало кому из морских разбойников посчастливилось захватить подобный корабль.
На вооружении ранних галеонов имелось до 30 орудий калибра от 3-фунтовых (6 см) до 50-фунтовых (19 см) и значительное количество (до 100) переносных мушкетонов для стрельбы через бойницы с галереи кормовой надстройки и верхних этажей носовой надстройки. Именно на галеоне впервые орудия были установлены и над, и под главной палубой, что привело к появлению батарейных палуб: орудия стояли по бортам и стреляли через порты. На поздних галеонах количество артиллерии было увеличено до 50–80 орудий. Сконцентрированная бортовая батарея давала возможность направить мощный залп по неприятелю.
Испанцы использовали тяжеловооружённые галеоны для перевозки больших грузов на дальние расстояния. Каждый год один или два манильских галеона перевозили ценные товары с Филиппин в Акапулько. Ежегодно Казначейский флот вывозил перуанские и мексиканские ценности из Карибского моря в Испанию. Во главе конвоя шёл галеон-«капитано», который вёл всю группу, а замыкал строй кораблей, галеон-«альмиранте», защищавший конвой с тыла.
В Карибском море флот разделялся на несколько отдельных групп. Одни корабли шли в Портобельо и Картахену, чтобы принять на борт золото и серебро из Перу, Эквадора, Венесуэлы и Колумбии. Другие шли в Гавану за медью, третьи — за грузом индиго в Трухильо. Местом сбора всего флота служила Гавана. К июлю сюда со всех карибских портов стекались тяжелогружёные корабли. Здесь они вновь выстраивались в боевой порядок и, предводительствуемые галеоном-«капитано», брали курс на Испанию. По традиции, драгоценные металлы грузились только на большие и хорошо вооружённые галеоны; более мелкие торговые суда несли на борту грузы менее ценные.
В то лето 1622 года всё было так же, как и всегда. Испанский флот благополучно пересёк океан и разделился на несколько отрядов. Семь галеонов, охранявших конвой, включая «Санта-Маргариту», остались в Порто-Доминго (о. Гаити). Другой отряд, во главе с «Нуэстра Сеньора де Аточа», отправился к Панамскому перешейку и 24 мая бросил якорь в гавани Портобельо. Шестнадцать меньших судов разошлись на погрузку в различные карибские порты, а третий отряд галеонов двинулся к Картахене (Колумбия). Здесь корабли приняли на борт большой груз золота и серебра и 21 июля встретились со вторым отрядом в Портобельо. 27 июля галеоны подняли якоря и взяли курс на Кубу. К 22 августа вся флотилия собралась в Гаванском порту. Сюда же от берегов Мексики пришёл так называемый «флот Новой Испании», доставивший в Гавану груз мексиканского серебра.
Испанские адмиралы были встревожены: до Гаваны дошли слухи о том, что в водах Карибского моря появился большой голландский флот. Командующий «флотом Новой Испании» обратился к главному начальнику маркизу Кардерейте с просьбой разрешить ему немедленно идти в Испанию. Маркиз такое разрешение дал, но при условии, что бо́льшая часть слитков и монет останется в Гаване; их перегрузят на галеоны, и таким образом сокровища окажутся под более надёжной защитой.
«Флот Новой Испании» ушёл, а маркиз Кардерейта остался в Гаване, дожидаясь прихода последних судов. Вскоре вся флотилия была налицо, и утром 4 сентября 28 тяжелогружёных кораблей выстроились на гаванском рейде, готовясь отправиться в далёкое и опасное плавание. Маркиз Кардерейта поднял свой флаг на ведущем судне, галеоне-«капитано» «Нуэстра Сеньора Канделария». Основная часть мексиканского серебра и золота была погружена на галеоны «Санта-Маргарита» и «Нуэстра Сеньора де Аточа». Вооружённая 20 огромными бронзовыми пушками «Аточа» шла в качестве замыкающего — галеона-«альмиранте», следуя в хвосте медлительных торговых судов.
На следующий день, 5 сентября, погода заметно испортилась, небо затянули низкие тучи. К середине дня разыгрался настоящий шторм. По морю катились огромные валы. Марсовые сквозь пелену дождя с трудом могли разглядеть впереди идущие корабли. Волны бросали неповоротливые галеоны из стороны в сторону, как щепки. На глазах у всей команды и пассажиров «Аточи» идущий впереди «Нуэстра Сеньора де Консолясьон» неожиданно опрокинулся и исчез в морской пучине…
Ночью ветер переменил направление и отнёс испанский флот на север, к берегам Флориды. Перед рассветом «Канделария» и 20 других судов конвоя прошли мимо западного побережья островов Драй-Тортугас. Четыре корабля, оторвавшиеся от основной группы, включая «Аточу» и «Санта-Маргариту», буря забросила восточнее, к цепочке островов Флорида-Кис. Рассвет застал их у какого-то низкого кораллового атолла, заросшего мангровыми деревьями. Огромные волны 5-метровой высоты, как игрушку, перебросили «Санта-Маргариту» через коралловый риф. С борта «Маргариты» капитан дон Бернардино Луго с бессильным отчаянием наблюдал, как команда «Аточи» борется за спасение корабля. Моряки бросили якорь, надеясь зацепиться за риф, однако огромная волна неожиданно приподняла корабль и со всего маху бросила его прямо на риф. Раздался ужасающий треск, рухнула грот-мачта. В этот же момент другая волна легко сняла полуразбитый корабль с рифа и понесла его на глубину. Вода хлынула в огромные пробоины, и «Аточа» в мгновение ока пошла ко дну. С борта «Маргариты» было видно, как три испанских моряка и два чёрных раба, судорожно вцепившись в болтающийся на волнах обломок грот-мачты, пытаются вырваться из объятий смерти… Их подобрало только наутро следующего дня судно «Санта-Крус». Ураган, разметавший испанский флот, причинил немало бед: 8 из 28 кораблей трансатлантического конвоя пошли на дно, погибло 550 человек, потерян бесценный груз на сумму более двух миллионов песо. Для сравнения отметим, что за весь период 1503–1660 годов Испания вывезла из Америки драгоценных металлов на сумму 448 миллионов песо, то есть около 2,8 млн. песо в год. Таким образом, речь шла о потере почти всего годового дохода королевства!
Уцелевшие корабли поспешили вернуться в Гавану. Когда волнение на море утихло, маркиз Кардерейта отправил капитана Гаспара Варгаса с пятью кораблями на спасение «Аточи» и «Санта-Маргариты». «Аточа» была найдена быстро: галеон затонул на глубине 55 футов, и её бизань-мачта всё ещё торчала из воды. С затонувшего корабля испанцы сумели снять только две маленьких железных пушки, стоявшие на верхней палубе. Могучие бронзовые орудия остались на батарейной палубе. Орудийные порты были закрыты, а сами пушки прочно закреплены в предвидении шторма… От «Санта-Маргариты» вообще не осталось никаких следов. Впрочем, с этого корабля сумела спастись небольшая группа моряков — их Варгас подобрал на берегу залива Логгерхед. Здесь же стоял сильно потрёпанный штормом галеон «Нуэстра Сеньора де Росарио». Сняв с него груз, Варгас распорядился сжечь бесполезный корабль.
В начале октября Варгас вновь вернулся во Флоридский залив в надежде спасти сокровища «Аточи». Однако на этот раз испанцы даже не смогли отыскать место гибели корабля — по всей видимости, пронёсшийся незадолго до этого очередной ураган окончательно похоронил корабль на дне морском. Варгас и его люди тщетно обшаривали дно баграми…
