17 октября 1856 года дочь Анны Петровны Екатерина Ермолаевна, по мужу Шокальская, родила сына Юлия. Это был третий ребёнок Шокальских – предыдущие умирали вскоре после рождения. А. В. Марков–Виноградский стал его крёстным отцом.
Через девять лет после замужества Е. Е. Шокальская овдовела. Оставшись с ребёнком на руках без средств к существованию, она была вынуждена уехать из Петербурга в Тригорское, которым в это время владела её двоюродная тётка Мария Ивановна Осипова. Здесь Шокальские прожили почти безвыездно более трёх лет, пока Екатерине Ермо–лаевне не удалось выхлопотать пенсию за мужа. Немалое влияние на Юлия оказал сын великого поэта Григорий Александрович Пушкин, постоянно живший по соседству, в Михайловском. B 1906 году в статье, помещённой в сборнике «Пушкин и его современники», Ю. М. Шокальский писал: «Многим, очень многим я ему обязан в своём воспитании, в утверждении правил чести и нравственности. Он меня и физически укрепил на охоте, верховой езде, пешей ходьбе и сельской работе».
С 1867 года Екатерина Ермолаевна с сыном жили в Ковно, а осенью 1868 года переехали в Петербург. Чтобы иметь возможность дать сыну образование, она была вынуждена служить гувернанткой в богатых домах. Её усилия были вознаграждены: в 1874 году после окончания четырёх классов прогимназии Юлий поступил в Морское училище, которое окончил в 1877 году с Нахимовской премией. Затем была учёба на гидрографическом отделении Морской академии, а с 1880 года для 24–летнего офицера началась самостоятельная жизнь – служба в Главном гидрографическом управлении, затем в Главной физической обсерватории, где он заведовал секцией морской метеорологии.
Свою первую научную работу «О предсказаниях вероятной погоды и штормов» Шокальский напечатал в 1882 году в «Морском сборнике». Тогда же он был избран действительным членом Русского географического общества. С 1883 года Юлий Михайлович преподавал в Морском корпусе, одновременно занимая должности библиотекаря Морского министерства (1887—1907) и заведующего метеорологической частью Главного гидрографического управления (1907—1912).
Начиная с 1893 года Шокальский был одним из рьяных сторонников освоения Северного морского пути. При его активной помощи адмирал С. О. Макаров добился постройки ледокола «Ермак». Прекрасное владение английским и французским языками позволяло ему следить за состоянием зарубежной науки и общаться с иностранными учёными. С 1895 года он принимал участие во всех международных географических конгрессах, выступая на каждом с докладами. После смерти П. П. Семёнова–Тян–Шанского Юлий Михайлович был избран президентом Русского географического общества. Его труд «Исчисление площадей бассейнов административных подразделений Азиатской России» (1903) с картой бассейнов был удостоен первых премий Российской и Парижской академий наук. В 1905 году под редакцией Шокальского вышел Большой географический атлас. Законченная тогда же работа «Исчисление поверхности Азиатской России» в 1909 году также была удостоена премии Российской академии наук, а в 1911 году – Парижской академии наук. В 1917 году он выпустил своё выдающееся исследование «Океанография». Всего же к началу 1920–х годов Шокальским было написано более 400 научных работ, в основном по проблемам гидрологии и океанографии. На протяжении почти четырёх лет (1924—1927) организованная им черноморская экспедиция на специально оборудованном корабле занималась гидрологическим обследованием Чёрного моря.
Ю. М. Шокальский к концу жизни являлся почётным членом Академии наук СССР, заслуженным деятелем науки, доктором географических наук, доктором ряда зарубежных университетов, почётным председателем Русского географического общества, почётным членом многих академий мира, почти всех географических обществ и учреждений земного шара. Его именем назван пролив на юго–востоке Земли Александра I в Антарктике, открытой экспедицией Ф. Ф. Беллинсгаузена, а в Арктике – небольшой остров в проливе Карские Ворота, ледник в западной части северного острова Новая Земля, пролив между двумя островами в архипелаге Северная Земля, озеро на полуострове Канин, остров при входе в Обскую губу и тёплое течение, идущее вокруг архипелага Шпицберген в Баренцевом море.
С 1881 года Юлий Михайлович был женат на Л. И. Скворцовой, которая всю жизнь посвятила заботам о муже. Их дочь Зинаида Юльевна Шокальская много лет работала директором Центрального музея почвоведения имени В. В. Докучаева Академии наук СССР.
Екатерина Ермолаевна до конца дней своих жила в семье сына в квартире на Английском проспекте и умерла 6 февраля 1904 года. На этом доме теперь установлена мемориальная доска, посвященная академику Шокальскому. После смерти матери Юлий Михайлович обнаружил в кладовке её портрет работы неизвестного художника, изрядно помятый и поцарапанный. Один из лучших учеников Репина отреставрировал портрет, и он долго висел в кабинете Шокальского. Зинаида Юльевна хранила его до самой смерти (24 января 1961 года); сейчас портрет Е. Е. Шокальской–Керн находится в экспозиции Пушкинского музея–заповедника в Тригорском.
Академик Шокальский писал о матери музыковеду А. Н. Римскому–Корсакову: «Она скончалась в 86 лет и до последнего момента была ясна в мыслях и вспоминала Михаила Ивановича постоянно всегда с глубоким горестным чувством. Очевидно, она его любила до конца своей жизни». Год её смерти совпал со 100–летним юбилеем великого русского композитора. «Страдая какой–то манией истребления, – сообщил Юлий Михайлович в 1905 году Б. Л. Модзалевско–му, – она в конце жизни сожгла свою переписку с Глинкою».
Михаил Иванович Глинка умер 3 февраля 1857 года. Анна Петровна присутствовала на панихиде в Конюшенной церкви. «Его отпевали в той же самой церкви, – вспоминала она, – в которой отпевали Пушкина, и я на одном и том же месте плакала и молилась за упокой обоих!»
Анна Петровна вместе с мужем часто навещала свою старинную подругу, сестру Пушкина Ольгу Сергеевну. В письме сыну от 19 мая 1857 года О. С. Павлищева упоминает об одном таком визите: «Виноградский неизбежный читал свои поэтические произведения, которые совсем не дурны»[69].
Осенью 1857 года князь С. А. Долгоруков вышел в отставку и отправился со всей семьёй за границу. Домашнему учителю его детей Маркову–Виноградскому было предложено последовать с ними, но без жены и сына, на что он, разумеется, не согласился. Правда, Александр Васильевич в дневнике изобразил ситуацию несколько иначе – написал, что 30 сентября Долгоруковы просто «отказали ему в продолжении занятий, не вознаградив за трёхлетний труд ничем». Между тем Александрина Долгорукова пыталась пристроить его на государственную службу и рекомендовала его сначала М. Н. Мусину–Пушкину, затем князю П. А. Вяземскому и А. С. Норову; но ничего не удалось сделать, поскольку в послужном списке Александра Васильевича была запись о его судимости.
Оставшись, таким образом, снова без средств к существованию, в январе 1858 года супруг Анны Петровны вынужден был продать своё сосницкое имение. Некоторое время он перебивался частными уроками у своих родственников Львовых. Наконец 21 февраля 1858 года благодаря хлопотам правителя дел Министерства государственных имуществ Василия Матвеевича Лазаревского, с которым Маркова–Вино–градского свёл по дружбе харьковский помещик Розалион Сошальский, а также старому знакомству и отдалённому родству Анны Петровны с М. Н. Муравьёвым–Виленским Александр Васильевич получил место в Департаменте уделов с годовым жалованьем в 600 рублей.
Михаил Николаевич Муравьёв (1796—1866) 16–летним офицером сражался на Бородинском поле, где получил тяжелое ранение в ногу, участвовал в Заграничном походе русской армии. Он сыграл довольно заметную роль в декабристском движении: участвовал в Священной артели, в 1817 году вступил в Союз спасения, основателем которого был его брат Александр; затем стал членом Союза благоденствия и являлся одним из авторов его устава – «Зелёной книги». Но после московского съезда 1821 года он отошёл от организации. По меткому замечанию историка и литературоведа П. Е. Щёголева, Муравьев «притаился в своём имении в глуши Рославльского уезда Смоленской губернии»; тем не менее в январе 1826 года он был арестован.