В глазах католиков было уже возмутительным фактом одно то, что Гус разгуливает на свободе, открыто не обращая внимания на отлучение папы и защищая уже признанные заблуждения Уиклифа. Было весьма вероятно, что Гус выполнит свое намерение обратиться с проповедью к духовенству и безжалостно и красноречиво обрисовать пороки папского двора и всего духовенства, доказать на основании Св. Писания, что вся система совершенно не основана на законе Христа.
Самым верным средством было поступить с Гусом по существующим законам, как с еретиком и подсудимым. Стефан Палеч, Михаил Дейчброд и множество других чешских докторов и священников, задетых Гусом, уже собрали больше обвинений, чем было нужно для погибели человека. Инквизиционное судопроизводство прежде всего старалось помешать обвиняемому бежать. Кардиналы решили арестовать его. 28 ноября они устроили заседание во главе с папой и послали к Гусу вызов явиться для защиты своей веры. Гус, хотя и заявил, что этот вызов является нарушением охранной грамоты, но тотчас же согласился отправиться, заметив, однако, при этом, что явился в Констанц выступить публично перед собором, а не тайно перед кардиналами, и добавив, что его не имеют права заключить в тюрьму в силу охранной грамоты. Когда кардиналы сказали, что он обвиняется в распространении многих еретических учений, Гус ответил, что скорее умрет, чем даст уличить себя хотя бы в одной ереси: он явился в Констанц, готовый отречься, если будет признан виновным в заблуждении. На это кардиналы заметили: «Ты ловко ответил», и допрос окончился. Но Иоанн XXIII повелел Гуса и Яна Хлумского заключить под стражу. У кардиналов опять состоялось заседание, на котором действовали Стефан Палеч и Михаил Дейчброд. С арестованным Гусом вступил в беседу на сложные богословские темы магистр Дидако, знаменитый ломбардский богослов, подосланный кардиналами.
С наступлением ночи Яна Хлумского отпустили, но Гуса под стражей отвели по приказанию лозаннского епископа к старшему певчему собора, а через восемь дней перевели в доминиканский монастырь на берегу Рейна. Здесь его заперли в келью рядом с отхожим местом, где он опасно заболел. Но его смерть была нежелательна, и папа послал лечить его своих врачей.
После ареста Гуса Иоанн XXIII снял с себя всякую ответственность и свалил вину на кардиналов. Охранная грамота, выданная императором Гусу, была адресована ко всем князьям и подданным империи, как к духовным, так и к светским, и объявляла, что Гус находится под особым покровительством императора и государства. Грамота имела значение охранной на все время деятельности собора и на обратный путь в Чехию. Она была подписана 18 октября, когда Гус уже выехал из Праги, а получена Гусом уже по приезде в Констанц. 13 мая 1415 г. присутствовавшие на соборе чехи подали докладную записку о том, что поступок с Гусом является нарушением охранной грамоты. Кардиналы прибегли ко лжи: хотя всякий в Констанце знал во время ареста о существовании охранной грамоты, тем не менее они утверждали, что этот документ был вручен Гусу якобы только через две недели после его ареста, и, таким образом, поднятое против него дело нисколько не нарушало данных ему гарантий. Этот довод, ложность которого была засвидетельствована самим Сигизмундом на заседании 7 июня, был равносилен признанию, что гарантии были даны, но незаконно нарушены. Сигизмунд, узнав об аресте Гуса, немедленно приказал выпустить его на свободу, грозя в случае неповиновения выломать двери тюрьмы. Он заявил, что покинет Констанц и грозил лишить собор своего покровительства. Однако весь христианский мир возлагал на этот собор такие большие надежды, что Сигизмунд не мог решиться на подобный шаг. Но были правы его современники, считая его человеком, недостойным доверия. Во время долгих переговоров, возникших между Базельским собором и гуситами, в которых он принимал участие, Сигизмунд одинаково был готов обмануть обе стороны. Он всегда был готов на все, лишь бы на минуту выйти из затруднительного положения, и не задумывался нарушить слово, если это было ему выгодно. Тем более в таком случае. Если бы Сигизмунд твердо защищал Гуса, то императора отлучили бы от Церкви «за помеху действиям инквизиции»; если бы он привел в исполнение свою угрозу освободить Гуса силой, то подлежал бы пожизненному изгнанию и лишению всех своих владений. И поэтому уже 1 января 1415 г., когда собор официально обратился к Сигизмунду с просьбой не вмешиваться в рассмотрение дела Гуса, он издал указ, в котором признает за собором полную независимость в вопросах веры и заявляет, что собор имеет полное право преследовать всякого еретика. 8 апреля он отменил все грамоты об охранном листе. В феврале и мае Сигизмунд отверг решительное заступничество за Гуса чешских и моравских вельмож. Когда 7 июня Гус вторично был выслушан собором, то Сигизмунд советовал Гусу покориться, «так как ему нечего больше надеяться на какую-либо человеческую помощь». «Мы никогда не будем покровительствовать тебе в твоих заблуждениях и закоснелости, говорил Сигизмунд Гусу.- Поистине, мы скорее собственноручно приготовим тебе костер». На последнем заседании 6 июля Гус заявил следующее: «Я явился на собор вполне добровольно, присутствующий здесь император обещал мне, публично поклявшись честью, что я буду свободен от всякого насилия, дабы я мог засвидетельствовать мою невиновность и разъяснить мою веру всякому, кто подвергнет ее сомнению». Сигизмунд на заседании 7 июня обратился к Гусу: «Говорят, что мы не можем по закону оказывать покровительство еретику или человеку, подозреваемому в ереси». Принцип инквизиционной практики установил, что еретик лишается всех прав, что с человеком, обвиненным в ереси законным числом свидетелей, следует поступать как с еретиком, пока он не оправдается, что еретик не мог пользоваться охранным листом. Конечно, это было равносильно признанию Гуса уже заранее виновным; но это был обычный прием инквизиционного процесса. Все статуты и законы, мешавшие свободной деятельности инквизиции, признавались юридически не имеющими значения. Когда казнь Гуса вызвала по всей Чехии сильное негодование и были посланы по этому поводу довольно резкие письма на собор, то бывшие там церковники подтвердили декретом от 23 сентября 1415 г., что никакой охранный лист, кем бы он ни был выдан, не мог нанести ущерба католической вере или помешать надлежащему трибуналу разбирать, судить и присудить еретика или лицо, подозреваемое в ереси, если бы даже это лицо, полагаясь на охранный лист, явилось на место суда, куда оно не посмело бы явиться без этого.
Собор так полно принял это учение, что, когда в 1432 г. Эгерский конвент определил основные условия переговоров между гуситами и Базельским собором, он специально отметил, что ни один канон, ни один декреталий не может быть применен с целью нарушения или признания ничтожными охранных грамот, выданных чехам для явки на собор. июня 1415 г. собор осудил защищаемое Гусом причащение мирян хлебом и вином; объявил еретиками священников, которые будут делать это, и приказал предавать их в руки светской власти; приказал всем прелатам и инквизиторам преследовать как еретиков всех, кто будет отрицать действительность причастия мирян одним только хлебом. Кроме того, Гуса обвиняли еще и в других заблуждениях и преступлениях. Всего этого было более чем достаточно для возбуждения дела по обвинению в ереси. Уже 1 декабря 1414 г. были назначены комиссары для ведения допроса; в сущности, это были инквизиторы; собор представлял собой собрание сведущих лиц, которому, как известно, надлежало утвердить приговор. Обвинение заключало в себе нечто вроде требовательного акта против Гуса, который был вручен комиссарам прокураторами и фискалами собора и в котором говорилось о беспорядках в Праге, об отлучении Гуса от Церкви и о проповедовании им ереси Уиклифа. Гусу предъявили сорок два заблуждения, извлеченных из его сочинений Стефаном Палечем. На эти обвинения он ответил письменно, указав искажения, которые извратили смысл некоторых мест, так как одни положения приводились, а другие умалчивались. Так как ему было запрещено чтение книг и ему не дали даже те трактаты, откуда были извлечены обвинительные пункты, то его ответы показывают удивительную силу его памяти, а также быстроту и ясность мысли. Иногда комиссары сами приходили к нему в тюрьму для допроса. С комиссарами являлись и помогали им Михаил и Стефан. Обвиняемому читали каждый пункт обвинения и спрашивали, таково ли его верование; отвечая, он разъяснял, какой смысл он придавал мнению, которое ставили ему в вину. Затем его спрашивали, желает ли он защищать свое толкование; он отвечал отрицательно, говоря, что подчинится решению собора. Трудно было показать себя более послушным и правоверным, но ересь была преступлением. Раз преступление это было совершено, хотя бы и по незнанию, недостаточно было вернуться к учению Церкви; надо было, чтобы обвиняемый сознал свои заблуждения и отрекся от них; только после этого на него можно было смотреть как на кающегося и заменить ему смертную казнь пожизненной тюрьмой.
