Через несколько лет после этого увеличения могущества инквизиции в Саксонии Бонифаций издал новую буллу, приказывающую прелатам и светским князьям Германии оказывать помощь и покровительство монаху Эйларду Шеневельду и другим инквизиторам и предоставить свои тюрьмы в распоряжение инквизиторов. Эйлард энергично принялся за дело в странах, соседних с Балтийским морем. В 1402 г. он приказал муниципальным магистратам Любека арестовать дольчиниста; обвиняемый был неоднократно допрошен в присутствии многих духовных, монахов и мирян и сожжен. В 1403 г. инквизитор арестовал в Страсбурге священника, который был сожжен на костре как закоренелый еретик. В Ростоке Шеневельд осудил за ересь одну женщину, которая прогнала своего сына, цистерцианского монаха, убеждавшего ее отречься: она также погибла на костре.
В это время ересь подвергалась также преследованиям светских властей. В 1400 г. в Нидерландах городские власти Маастрихта прогнали флагеллантов. Сеньор Первейса заключил в тюрьмы целую толпу флагеллантов, а город Тонгр запер свои ворота перед этими фанатиками, и эта эпидемия безумия была прекращена.
Около 1400 г. после пятнадцатилетнего перерыва инквизитор-доминиканец поднял в Базеле против бегинов и бегинок борьбу, тянувшуюся десять лет. В 1401 г. епископ Гумберт и городской совет по настоянию Иоанна Пасториса уничтожили общества бегинов и бегинок, которым было предоставлено на выбор или отказаться от жизни в общинах и от своей одежды, или покинуть город. Городские власти Берна, а потом и Страсбурга последовали этому примеру. Одни из бегинов и бегинок приняли предложенные им условия, другие удалились в изгнание. Многие из них тайно поселились в Майнце, но были открыты, и архиепископ Иоанн II приказал преследовать их как еретиков. Дело поручили Генриху фон Штейну, который взялся за него энергично. Беглецы, большинство из которых были женщины, попали в тюрьму; была заключена в тюрьму даже одна монахиня, а мальчика родом из Ротенбурга приговорили носить кресты.
От преследования инквизиции около 1397 г. был вынужден бежать в Вену с двумя своими учениками знаменитый наставник Братьев Свободного Духа Николай Базельский. Там все три еретика были открыты и арестованы. Знаменитый Генрих из Гессена (Лангенштейн) взялся обратить их; но они снова впали в заблуждение и были преданы костру.
Немного позднее в Констанце погиб бегард Бургин, основатель чрезвычайно строгой секты. Арестованный отказался отречься от своего учения и был сожжен. Чтобы скрыть свою принадлежность к запрещенному обществу Братьев Свободного Духа, их последователи в Брюсселе основали секту Людей Ума.
В 1414 г. секта флагеллантов (или Братьев Креста, как они сами себя называли) продолжала еще существовать. Некто Конрад Шмидт придал ереси окончательную форму. Развитие этого верования, отличающегося презрением и ненавистью к духовенству, показывает, что население продолжало видеть в Церкви чужеземную и угнетающую силу, какою она была в XII в. В его глазах Рим не научился ничему и по-старому оставался неверен закону Христа. Конрад Шмидт проповедовал свое заблуждение в Тюрингии, где и были в 1414 г. открыты его последователи в Зангергаузене. Прибыл инквизитор Шеневельд. Князьям Тюрингии и Мейсена было приказано помогать инквизитору уничтожать ересь. Широко применяли пытки, удалось схватить сразу много жертв. Шеневельд сжег девяносто одного еретика в Зангергаузене, сорок четыре в соседнем городе Винкеле и очень много в разных деревнях. Но ересь была настолько сильна, что это не уничтожило ее: через два года, в 1416 г., были снова найдены еретики и снова был послан Эйлард, который допросил обвиняемых, наложил покаяние на отрекшихся и выдал упорствующих в руки светской власти. Шеневельд уехал до приведения казни в исполнение, а после его отъезда князья смешали покаявшихся с не покаявшимися и сразу в один день сожгли до трехсот человек. С этого времени секта флагеллантов потеряла всякое значение. Однако причины, породившие эту ересь, продолжали существовать; существовала тайно и сама ересь. В 1453 и 1454 гг. снова открыли в Тюрингии Братьев Креста, и инквизиция постаралась «образумить» их. Центрами секты были Ашерслебен, Зондерсгаузен и Зангергаузен; в последнем городе было сожжено в 1454 г. двадцать два человека, мужчин и женщин, как упорных еретиков. В 1481 г. было сожжено несколько человек в Ангальте, после чего деятельность секты постепенно прекратилась.
К началу XV в. папская инквизиция не имела во всех городах Германии организованные суды, но в местностях, зараженных или предрасположенных к заражению, Церковь принимала самые энергичные меры. В 1418 г. собор Зальцбургской провинции призвал епископов уничтожать ересь и применять каноны к светским властям, которые проявят в этом небрежность, и приказал также всем князьям и владетельным лицам хватать и заключать в тюрьму всякого, на кого прелаты или инквизиторы укажут им как на подозрительного. Таким образом, епископы в конце концов признали папскую инквизицию и стали оказывать ей помощь.
Несмотря на вмешательство Мартина V на Констанцском соборе, правоверных бегинов и бегинок продолжали притеснять. В 1431 г. на их защиту выступил Евгений IV. В булле, обращенной к немецким прелатам, он напоминает о благосклонном отношении к бегинам своих предшественников и о тех притеснениях, которым они, вопреки предписаниям Рима, подвергаются со стороны инквизиторов. Епископам поручалось заставить инквизицию уважать волю папы под угрозою духовных наказаний, не обращая внимание на привилегии и особую неприкосновенность врагов бегинов и бегинок; прелаты получили право отлучать от Церкви даже самих папских инквизиторов. Но если бегины пользовались покровительством папы, то Братьев Свободного Духа он продолжал деятельно преследовать. В Цюрихе были судимы и приговорены к ношению крестов наставник Братьев Бурхард и его ученики; снова после этого уличенные в ереси, они были сожжены. В Ури также сожгли еретиков – Братьев Свободного Духа. В Констанце принудили такого еретика отречься от ереси. В Ульме много еретиков были присуждены к публичному покаянию. В Вюртемберге был наказан крупный ересиарх, вину которого удалось установить с великим трудом.
Вюрцбургский собор в 1446 г. принял канон Майнцского собора 1310 г., предписывавший изгнание всех бродячих бегардов, которые проповедовали в глухих местах. В 1453г. Николай V официально присоединил бегардов, в качестве терциариев, к нищенствующим орденам. Некоторые из них повиновались. Но некоторые из Братьев Свободного Духа и правоверных бегардов обоего пола отказались подчиниться новому закону. Избранный в 1460 г. аббат в Гиршау изгнал всех бегинов из их дома в Альтбурге за их дурное поведение и поместил на их место доминиканских терциариев. За это бегарды составили против аббата заговор, первыми жертвами которого сами и пали. Бамбергский синод 1491 г. применил к бегардам постановление Клементин. Монах Иоганн из Моравии, умерший в Брюнне в 1492 г., прославился своей энергией в преследовании гуситов и бегардов. Но эти мятежные сектанты продолжали существовать; когда наступила Реформация, они много содействовали распространению учения Лютера.
Торжество гуситов в Чехии отразилось и в Германии; но здесь распространение ереси подверглось энергичному стеснению. В 1423 г. Сиенский собор строго приказал инквизиторам и епископским судьям каждое воскресенье торжественно предавать еретиков-гуситов проклятию во всех главных церквах; всем, кто будет помогать ловить еретиков, были обещаны индульгенции, как за поход в Святую Землю; то же было обещано и князьям, которые должны были арестовывать мятежников и изгонять их из своих владений. В 1420 и 1423 гг. в Ратисбоне, в 1424 г. в Вормсе и в 1426 г. в Шпейере были сожжены священники, принявшие учение Гуса. Даже после того как Базельский собор признал гуситов, в Германии их продолжали преследовать как еретиков. Около 1450 г. Иоганн Мюллер начал проповедовать учение Гуса во Франконии. Но он был вынужден бежать, а сто тридцать человек из его учеников были арестованы и препровождены в Вюрцбург, где они уступили перед убеждениями аббата Иоганна Грумбахского и кафедрального проповедника магистра Антония и отреклись от заблуждений. Более печальная участь постигла в Швабии вальденца Фридриха Рейзера. В Гейльсброне он примкнул к гуситам. В 1458 г. он был в Страсбурге открыт и арестован со своими сторонниками. Пытка вырвала у него все признания, которые от него потребовали; но он отрекся от своих слов. Ересиарх был сожжен одновременно со своей служанкой.
