После смерти в 1378 г. Григория XI и Карла IV инквизиция не могла действовать независимо от епископов. В 1381 г. не было инквизиторов в епархиях Ратисбона, Бамберга и Мейсена, архиепископ Пражский, в качестве папского легата, приказал епископам назначить их и грозил в случае неповиновения сам сделать назначение. Впрочем, инквизиция не совсем прекратила свою деятельность. Под 1392 г. хроника упоминает о папском инквизиторе, который в Вюрцбурге нашел среди крестьян и простого народа флагеллантов и бегардов. Они подчинились наложенной на них епитимьи – принять участие в крестовом походе, который проповедовался тогда против турок. Это первый случай применения этого наказания в течение почти целого столетия. Затем этот инквизитор в Эрфурте нашел много таких же еретиков; некоторые из них оказались упорными и были сожжены, на других была наложена епитимья, а остальные бежали. В следующем году папский инквизитор Альберт приказал сжечь в Кельне видного бегарда – бывшего бенедиктинского монаха.
Около этого времени после долгого перерыва снова вспомнили о вальденцах, которые дотоле не привлекали к себе внимания благодаря их внешнему сходству с католиками. Они производили многочисленные обращения крестьян и ремесленников и заполнили всю Германию своими последователями, к которым можно прибавить близко родственную секту винкелеров. Около 1390 г. они были открыты в Майнце, где жили тихо в течение ста лет. Архиепископ в 1392 г. дал полномочия епископского инквизитора епископу Туля, декану св. Стефана и священнику гамбургского собора. Папский инквизитор мог, если ему было угодно, присоединиться к ним. Назначенным инквизиторам было предоставлено право арестовывать еретиков, судить их, пытать и выдавать в руки светской власти. Им было приказано действовать согласно с методами инквизиции. Много вальденцев содержалось уже в епископской тюрьме; был предпринять энергичный розыск других еретиков. Благодаря широкому применению пытки удалось получить нужные признания и разоблачения. Упорствовавшие были выданы в руки светской власти, и в 1392 г. в Бингене состоялось аутодафе, на котором было сожжено тридцать шесть еретиков.
Открыли вальденцев в 1391 г. в Польше, Венгрии, Баварии, Швабии и Саксонии. В 1395 г. были заражены Нидерланды, Вестфалия, Пруссия и Польша, а Тюрингия, Мейссен, Богемия, Моравия, Австрия и Венгрия насчитывали еретиков тысячами. Между Штеттином и Кенигсбергом вальденцы долго жили спокойно. Но один из их министров, напуганный вновь начавшимися преследованиями, отрекся в 1391 г. от своей веры и выдал имена своих духовных детей. Церковь воспользовалась этой изменой. Целестинский провинциал был назначен папским инквизитором. В первые дни 1393 г. он прибыл в Штеттин, уполномоченный пражским архиепископом и епископами Лебуса и Камина, чтобы действовать от их имени. Он сделал общий вызов, а затем вызвал поименно подозреваемых еретиков. Некоторые из подозреваемых бежали. Но огромное большинство виновных смирилось. Согласно обычаю, инквизитор проявил снисхождение к тем, кто покаялся и добровольно отрекся. Все приносили присягу, что будут преследовать ересь и еретиков. Не было надобности прибегать к пытке; не оказалось ни одного мятежного и не пришлось зажигать костров. Обвиненные были приговорены к ношению крестов и к различным епитимьям. Если их родители умерли еретиками, то они должны были указать место их погребения для того, чтобы останки мертвых могли быть вырыты. С января 1393 г. по февраль 1394 г. инквизитор рассмотрел четыреста сорок три дела. Из Померании он переехал на юг, где также нашел много вальденцев, но они не изъявили покорности. Эти еретики были многочисленны в Австрии уже с середины XIII в., и инквизиция прилагала большие усилия к их уничтожению. В начале XIV в. преследование сделалось более жестоким, когда стали соперничать в защите веры папские и епископские инквизиторы. Но ересь продолжала распространяться; около 1315 г. вальденцев насчитывали в Австрии восемьдесят тысяч человек. Истребление их не было безопасным. Около 1318 г. был убит доминиканский инквизитор, а в 1338 г., когда было открыто много еретиков, то за них отомстили, убив многих духовных из белого и монашествующего духовенства. Это, однако, не остановило преследование. Действовали инквизиторы в Штирии и в Баварии между 1365 и 1380 гг.; труды их увенчались массой жертв и обращений. Целестинский монах из Померании в 1391 г. обратил в Эрфурте много видных вальденцев, вступивших в разные католические ордены. Этот целестинец из Померании, действуя на основании инквизиторского мандата, данного ему пассауским епископом, нашел в Штирии много вальденцев и в своем отчете, написанном в 1395 г., выражает несправедливое опасение, что еретики сделались всемогущими. Преследуемые вальденцы Вольферна сожгли в 1393 г. своего приходского священника в его доме со всей его семьей, а вальденцы Штейера в 1395 г. подожгли ригу своего священника за то, что он принял к себе в дом инквизиторов. Но эти акты мщения были жестоко наказаны. В 1397 г. в Штейере было заключено в тюрьму и осуждено более тысячи вальденцев, до ста из них были сожжены, а остальные подверглись различным наказаниям. Был осужден даже десятилетний ребенок на ношение крестов. В 1395 г. после двухлетней работы была сделана тысяча обращений от Тюрингии до Моравии, и инквизиторы в Австрии и Венгрии надеялись окончить скоро вторую тысячу. В 1401 г. инквизиторы энергично работали среди вальденцев Венгрии; в том же году целестинец с неменьшим рвением работал в Штирии, а затем в 1403 г. в Вене.
Около 1400 г. в Страсбурге было начато жестокое преследование еретиков-винкелеров; кроме Страсбурга их общины были в Майнце и Гагенау. В признаниях они называли своих единоверцев, живущих в Нордлингене, Ратасбоне, Аугсбурге, Тишенгене, Золотурне, Берне, Вейссенберге, Шпейере, Иольцгаузене, Верте, Фридберте и Вене. Хотя они и не были вальденцами, но имели так много общего с ними, что различие между этими двумя сектами заключается скорее в организации, чем в учении. В 1374 г. один из этих винкелеров перешел в католичество. Из боязни, чтобы он не выдал маленькой общины, его убили; наемные убийцы принесли покаяние и получили прощение. Несколько лет спустя инквизитор, которому грозила подобная же месть, покинул город. Преследование окончилось осуждением до тридцати семейств; многим еретикам удалось остаться незамеченными. Среди них был только один знатный, который отрекся и лет двадцать спустя занимал видную должность в городе. Хотя несколько еретиков были сожжены в Ратисбоне, еретики Страсбурга подкупили инквизитора, и он приговорил несколько виновных только к епитимье. Доминиканцы требовали, чтобы еретики были сожжены, но городские власти ходатайствовали пред епископским судьей, и самым суровым наказанием было изгнание, однако для получения признания применялась пытка. После этих событий о винкелерах и вальденцах в Страсбурге не было слышно ничего до сожжения в 1458 г. еретика. В Германии святой трибунал более обращал внимание на бегардов, чем на вальденцев. Епископы и многие инквизиторы соединились против бегардов, но подозреваемые имели покровителей среди прелатов. Около конца 1393 г. эти могущественные друзья просили для бегардов покровительства Бонифация IX. Бонифаций 7 января 1394 г. в бреве немецким прелатам приказывал расследовать, не виновны ли подозреваемые в заблуждениях, осужденных Климентом V и Иоанном XXII, и не принадлежат ли они к какому-нибудь не утвержденному монашескому ордену. Если ничего этого не окажется, то папа соглашался поддерживать их. Это бреве до 20 октября 1396 г. оставалось в силе. Инквизиция, однако, посвоему изложила дело Бонифацию: в течение ста лет ереси скрывались под маской бегардов и бегинок; почти каждый год в разных городах империи сжигали не раскаявшихся еретиков; но всякому мероприятию против бегардской ереси мешали папские статуты, направленные к ее защите. Бонифаций буллой от 31 января 1396 г. снова привел в действие декреты Урбана V, Григория XI и Карла IV и приказывал инквизиции энергично преследовать бегардов и лоллардов. Эта мера позволяла притеснять католические общества наравне с еретиками Братьями Свободного Духа. Некоторые епископы приказали священникам отлучать от Церкви и преследовать бегардов. Однако это усиление преследования вызвало новое вмешательство друзей жертв. Добились, что Бонифаций снова издал буллу, подтвердив указ об уничтожении еретиков; папа добавляет, что существуют благочестивые общины, известные под именем бегардов, лоллардов, и что члены этих общин должны просить милостыню и жить по принятому ими уставу. Он угрожает отлучением от Церкви всякому инквизитору, который будет притеснять их, если только эти бегарды и лолларды не будут признаны виновными духовными судьями епархии. Подобное решение было равносильно предоставлению дела на усмотрение местных властей. Святой трибунал добился от Бонифация IX подтверждения этих булл в 1395 г. В 1399 г. удалось увеличить до шести число инквизиторов для одной только доминиканской провинции Саксонии, которая охватывала огромные округи архиепископий Майнца, Кельна, Магдебурга и Бремена, к которым присоединялись еще Рюген и Камин. Камин принадлежал к Гнезненской провинции, а Рюген составлял часть епархии Роскильда, суффрагана Лундской митрополии в Швеции. Это единственный пример распространения инквизиционной юрисдикции на скандинавскую страну, если не считать бесплодной попытки ввести там инквизицию в 1421 г. вследствие волнений, вызванных гуситами.
