В апреле 1670 года ему удалось заключить договор с крымским ханом, который обязался прекратить набеги на русские земли, вернуть пленников, включая боярина В. Б. Шереметева. За это Русь уплатила дорогую цену, обязавшись выплатить хану «поминки», то есть дань, за три года и отказаться от помощи запорожским казакам в их борьбе против Крыма. В августе Ордин-Нащокин принял польского посланника, своего давнего знакомого Иеронима Комара, который просил о военной помощи против татар и казаков Дорошенко. На это ему был дан ответ, что «шатостных», то есть мятежных казаков «лучше привесть в послушанье милостью, а не жесточью». Ни о какой отправке калмыков на помощь Польше теперь, конечно, речь уже не шла. Однако казацкая верхушка затаила обиду на дипломата и по своей привычке пыталась извести его при помощи доносов. В марте 1671 года к царскому двору была доставлена очередная жалоба от левобережного гетмана Многогрешного, в которой утверждалось, что служивший Ордину-Нащокину шляхтич Иван Лубенко рассказал приехавшему в Москву казаку Андрееву о намерении своего господина ввести на Левобережной Украине униатство. Эта нелепая клевета возымела, однако, свое действие: к униатству на Руси относились резко враждебно, справедливо считая его коварной попыткой Римской церкви расколоть православие и подчинить его себе. Гетманский донос запустил цепочку событий, которые привели полуопального уже главу Посольского приказа к отставке.

Неродовитый «служилый выскочка» Ордин-Нащокин не сумел вписаться в столичную жизнь, оказался чужаком во властных коридорах. Уязвимости его положения добавляло и другое: долгие отлучки из Москвы на переговоры с представителями Крыма, украинскими гетманами или поляками. Подписание перемирия в Андрусове болезненно затрагивало судьбу как оказавшегося разделенным украинского народа, так и белорусов, оставшихся в орбите польского влияния. «Худоумные и непостоянные» гетманы то и дело воспламеняли национально-религиозные чувства и оскорбленное достоинство «бунтливых» казаков. Мятежные настроения на Украине не ослабевали, грозя новыми вторжениями казаков и союзных с ними татар в пределы Руси. С большим трудом с крымским ханом Адиль-Гиреем был найден компромисс в отношениях. В результате южные рубежи избавлялись от угрозы набегов татар и союзных с ними ногайцев, темрюков, черкесов. Однако более всего требовали к себе внимания проблемы, обусловленные внутренним политическим положением Польши и связанные с решением вопросов, оставшихся за чертой Андрусовского перемирия.

Своим появлением в верховной власти Ордин-Нащокин попытался привнести перемены в государственное управление, в порядок ведения дел. Однако это только ускоряло его падение. Бюрократия к тому времени отточила приемы, известные в чиновной практике и поныне. Чем больших высот он достигал в служении, тем ожесточеннее давали о себе знать оппоненты, особенно те из них, кого он вынужден был «ставить на место». Наведение порядка в государственном хозяйстве, к которому энергично приступил ближний боярин, далеко не всем было по душе, поскольку било по интересам царского окружения. Он осмелился выступить против укоренившейся нормы, согласно которой ход дел в государстве управлялся исключительно государевой волей. Нераспорядительность начальствующих людей, обусловленная ожиданием распоряжений из Москвы, сковывала инициативу, до предела замедляла решение насущных задач. Желание избежать ошибок и связанных с ними угроз карьере действовало на чиновников парализующе, побуждая умалчивать, а иной раз искажать правду о ходе событий. Выступая против этого, Ордин-Нащокин писал: «Там где глаз видит, ухо слышит, там и надо промысел держать неотложно, не дожидаясь царского указа». К этому примыкают его суждения об особом значении личности, наделенной управленческим талантом, предприимчивостью, распорядительностью. Эти его представления сводились в одно понятие «промысел». Обращаясь к шведскому опыту, он отмечает бережливо-внимательный подход тамошней власти к этой особой категории людей. «Дело в промысле. А не в том, что людей много; вот швед всех соседних государств безлюднее, а промыслом над всеми верх берет; у него никто не смеет отнять воли у промышленника; половину рати продать, а промышленника купить — и то будет выгоднее…»

Особенно опасными его противниками выступали близкие к царю придворные, такие, например, как влиятельный стольник Авраам Хитрово, настойчиво продвигавший интересы голландских купцов — из-за этого он и поссорился с Нащокиным, предпочитавшим англичан. Князь действовал из-за кулис, заслужив публичную репутацию «шептуна». Его услуги состояли в том, чтобы в ходе общения царя с боярами нашептывать ему советы из-за двери. Лоббируя интересы иностранцев, он получал от них немалые суммы, что было известно всем и не могло вызвать одобрения известного своей честностью Ордина-Нащокина. Он мог осуждать Хитрово и как человек строгих нравов: стольник был известен женолюбием и держал в своих палатах целый гарем любовниц. Подобных деятелей в царском окружении было немало, и теперь они объединились против ближнего боярина, выглядевшего на их фоне «белой вороной». Князь Иван Хованский постоянно демонстрировал свое превосходство перед ним, пытаясь унизить, а то и опорочить своего давнего врага. Происки его в иных случаях становились известны самодержцу, который, как уже говорилось, запрещал князю «теснить и бесчестить» Афанасия Лаврентьевича. Но постепенно желание защищать дипломата от нападок появлялось у царя все реже — сыпавшиеся с разных сторон наветы и обвинения делали свое дело.

Алексей Михайлович был из тех властителей, кто не мог долго уживаться, терпеть рядом с собой тех, кто превосходил его умом и талантом. Подданные, подобно протопопу Аввакуму, не могли долго сдерживать раздражение, находясь рядом с посредственностью, какой на самом деле был этот русский царь. Рано или поздно наступал такой момент, когда глушить в себе протест не хватало сил. Льстивым окружением царя это подавалось как строптивость, непочтительность. Мелочная опека, немотивированные указания, подверженность сторонним влияниям, слухам, религиозно-мистическим приметам и предзнаменованиям не могли не озадачивать даже самых преданных, расположенных к царю людей. Это особенно касалось тех, кого он приближал к себе, наделяя особым доверием, личным расположением. Однако тесное общение с царем постепенно приоткрывало многое такое, отчего в мыслящем человеке наступали разочарование, тоска, утомление от бессмыслицы и пустоты придворной жизни. Чувствовал это и правитель, для которого общение на равных, тем более на короткой ноге становилось в тягость.

Ордин-Нащокин был человеком иной закваски. При очевидной для всех высоте ума он не мог терпеть унижений, пренебрежительного отношения к себе со стороны «спесивой знати». При этом его, первого боярина, постоянно провоцировали. Делалось это так, чтобы задеть самолюбие, что не могло не вызывать чувства обиды, раздражения. Его положение становилось нестерпимым. К тому же взгляды на внешнюю политику, которых он стойко придерживался, не могли не иметь противников. Поведение польской стороны, подписавшей Андрусовский договор, не отличалось последовательностью. Предпринимались действия, идущие вразрез с прежними договоренностями. Историческое наследие, питавшее многолетнюю вражду Руси и Речи Посполитой, католичества и православия, по-прежнему стояло у порога. К тому времени у овдовевшего Алексея Михайловича возникли новые ориентиры. Он стал искать поддержки и опоры в других людях, которых счел более нужными, угодными себе. Складывалась атмосфера, не благоприятствующая ни Ордину-Нащокину, ни государственным целям, которые он перед собой ставил.

Выдающийся дипломат в своих мыслях и исканиях опередил время. Оно пришло спустя два десятилетия в облике молодого самодержца Петра I. Единомышленники, последователи, чья жизнь продлилась за пределы XVII века, донесли до Петра Алексеевича смысл и значение наследия выдающегося россиянина. Суть его концепции состояла в преодолении изоляции, в обосновании государственной политики открытости внешнему миру, в необходимости построения сильной самодостаточной экономики страны. Петру Великому было дано не только перенять, но и воплотить в жизнь идеи ближнего боярина.