В ответ на вторжение тюрков в Причерноморскую степь в 571 г. и захват в 576 г. Боспора администрация Юстина II (565–578) реорганизовала командование византийскими войсками в Крыму и усилила оборону Херсона. Город стал резиденцией дуки — командира всех византийских войск в Крыму. Такое предположение можно сделать основываясь на фрагменте надписи, найденной у южной оборонительной стены «Была построена стена (или башня) при (благочестивейших наших владыках Юстине) и Софии и при (деятельности) дука (Херсона) светлейшего Феагена» (Соломоник Э.И., 1986, с. 213, 214). Надпись фиксирует появление в городе дуки (Цукерман К., 1994/1995, с. 560). В приграничных регионах дука командовал местными войсками и возглавлял гражданскую администрацию (Jones A.H.M., 1973, p. 282, 283, 567). В Херсоне такое совмещение полномочий практиковалось уже со времени Зинона.

Согласно скудным сведениям письменных источников, в VII в. Херсон оставался главным византийским городом в Юго-Западном Крыму. В Херсоне найдена печать 550–650 гг. городского аркария — чиновника, собиравшего налоги, а также печати других чиновников местной византийской администрации (Соколова И.В., 1991, с. 202, 206–209, 213). На протяжении всего VII в. в Херсоне поддерживалось стабильное денежное обращение, имевшее общеимперские черты. В обращении преобладали медные монеты. При Ираклии (610–641) городской монетный двор возобновил чеканку фоллисов (Grierson Ph., 1968, Part 1, p. 38, 381; Соколова И.В., 1983, с. 26–28). Тогда же с целью унификации номинала имевших хождение разновременных монет IV–VI вв. произвели их массовую надчеканку, прировняв к номиналу в 5 нуммий (Анохин В.А., 1977, с. 108). В VII в. монетами, выпущенными в предшествующий период, херсонцы оплачивали товары из Юго-Западного Крыма, где они обнаружены, в основном, в захоронениях второй половины этого столетия (Веймарн Е.В., Айбабин А.И., 1993, с. 167; Айбабин А.И., 1993а, с. 123).

В VII в. завершилось формирование раннесредневекового архитектурного облика Херсона. На западном участке обороны была перестроена башня 1а (табл. 24). В результате увеличился вынос башни за линию стен и улучшилась защита последних (Антонова И.А., 1963, с. 63). В начале XII в. в связи с сооружением двух новых больших трехнефных базилик (Белов Г.Д., 1953, с. 26; Якобсон А.Л., 1959, с. 176) перепланировали кварталы XIX и XXV. Одна из них в 1932 г. раскопана в квартале XXV (табл. 25, 3). В ней сохранились мраморные базы колонн, а в боковых нефах и около солеи — мозаичные полы. Рядом зачищены известковые ямы и известеобжигательная печь, в которых готовили раствор для базилики. Ямы и печь впущены в слой, перекрывавший снесенные более ранние помещения и содержавший фрагменты амфор, краснолаковых сосудов и монету Константа II (641–668). По словам Г.Д. Белова, после завершения стройки ямы засыпали, а снивелированная площадь перед базиликой осталась свободной (Белов Г.Д., 1953, с. 26; 1941, с. 224–232; 1936, с. 20, 29–31; Белова-Кудь Л.Н., 1936, с. 148). Учитывая зафиксированную им стратиграфию в данном квартале, возведение базилики следует датировать не ранее периода правления Константа II.

Вторую одноапсидную базилику с нартексом и экзонартексом раскрыли в 1935 г. в квартале XIX и доследовали в 1950, 1956, 1957 гг. (табл. 26). Она стоит на руинах снесенной синагоги (табл. 9). Полы боковых нефов базилики вымощены мозаикой, среднего нефа — мраморными плитами, сделанными из стенок античных саркофагов. Ее украшали мраморные феодосианские и коринфские капители, скульптура «Добрый пастырь». В слое 3, в который впустили ее фундамент, найдены фрагменты амфор VI — начала VII в. и херсонские монеты Маврикия Тиберия (582–602) (Белов Г.Д., 1938, с. 72–78, рис. 44, 59, Белова-Кудь Л.Н., 1936, с. 148, № 50–51). По утверждению Г.Д. Белова, при строительстве базилики изменилась планировка соседних кварталов XV–XVIII. Участок перед базиликой оставили незастроенным. В кварталах не ранее середины VII в. возвели новые дома и засыпали цистерны (Белов Г.Д., 1953, с. 26). В квартале XV из засыпи цистерны извлекли монету Ираклия или Константа II (Белов Г.Д., Стржелецкий С.Ф., Якобсон А.Л., 1953, с. 212–115, рис. 61–63). Одновременно с базиликой построили дом в кварталах XV–XVI (Белов Г.Д., Стржелецкий С.Ф., 1953, с. 90) и дом с кладовой в подвале в квартале XVIII. На его полу нашли пряжку VII в. типа Сиракузы, фрагменты краснолаковой миски со штампованным крестом, амфоры VI — начала VII в. (Белов Г.Д., Якобсон А.Л., 1953, с. 121; Белова Л.Н., 1953, с. 269, № 109).

В северо-восточном районе целый квартал занимает комплекс, называемый Уваровской базиликой по имени открывшего ее в 1853 г. графа А.С. Уварова (табл. 8, 3). Трехнефное одноапсидное здание с нартексом и экзонартексом, и галереей вдоль южного нефа возвышалось над берегом моря. В атриуме перед экзонартексом находился шестигранный фиал. Улица перед базиликой была вымощена плитами (Якобсон А.Л., 1959, с. 152–160). Базилику возвели на рубеже VI–VII вв. Стена ее внутреннего нартекса поставлена на засыпанный колодец с монетой Маврикия, вероятно, чеканенной в 590-е годы (Косцюшко-Валюжинич К.К., 1902, с. 81; Соколова И.В., 1983, с. 23–26; Hahn W., 1978, p. 415, 471, 472). В.В. Латышев по содержащимся в тексте созданного в VII в. «Жития херсонесских святых» топографическим деталям отождествил Уваровскую базилику с храмом св. Петра (Латышев В.В., 1906, с. 51–56, 62–73).

На площади, замыкающей главную улицу, не ранее середины VII в. построили трехнефную Восточную базилику (рис. 3, 17; табл. 25, 4) (Якобсон А.Л., 1959, с. 165–168). Дата основана на рассмотренной выше керамике из заполнения предварительно засыпанного в квартале I колодца (Сазанов А.В., 1991, с. 61). В начале главной улицы в западном районе близ городских ворот вероятно тогда же соорудили четырехапсидный храм (рис. 3, 54; табл. 8, 2). О дате следует судить по наиболее поздним краснолаковым сосудам, извлеченным из засыпи под полом храма (Кутайсов В.А., 1982, с. 155–166, рис. 8 5, 6) мискам второй половины VI — второй половины VII в. (Fulford М.G., 1984, p. 67, 69, fig. 19, 50–10; Науеs J.W., 1992, p. 100, 101, fig. 40, 57), египетским мискам VII в. (Sodini J-Р., Villeneuve Е., 1992, p. 207, 208, fig. 10, 11). Остатки усадеб VII в. расчищены в Портовом районе. В кладовой одной из них в результате пожара возник слой керамики с монетой Константа II. В слое наиболее поздними являлись имитации амфор, подобные встреченным в Константинополе в слое второй половины VII в. (Романчук А.И., 1975, с. 3–12, рис. 3, а; 5, в; Науеs J.W., 1992, p. 66, 67, 100, 101, fig. 22, 8, 10, 11; 40, 57; 47, 171).

Во второй половине VI–VII вв. городские христианские некрополи располагались на западном берегу Карантинной бухты и за западной оборонительной стеной Довольно часто хоронили в семейных склепах, сооруженных в позднеримское время На некрополях раскопано более тридцати склепов и несколько могил, вырубленных в материковой скале в данный период В склепах лежанки отделялись от остальной части камеры низкими перегородками Иногда в центре камеры делали подпорный столб Покойников погребали в одежде с украшениями и, как правило, в деревянных гробах На гробы ставили керамические и стеклянные сосуды. В дромосе устанавливали надгробные кресты с христианскими, в основном греческими, именами (Якобсон А.Л., 1959, с. 249–260; Айбабин А.И., 1990, с. 69) В.В. Латышев отнес к VI–VII вв. надпись на надгробном кресте из склепа с захоронениями пресвитеров (Латышев В.В., 1896, с. 31, № 34). На закладной плите из склепа в западном рву упомянут гот. В нескольких склепах найдены деформированные черепа и скелет с южнокрымской пряжкой с орлиноголовым щитком (Якобсон А.Л., 1959, с. 256; Зубарь В.М., Рыжов С.Г., Шевченко А.В., 1988, с. 161, рис. 9, 9). Видимо, эти захоронения принадлежали выходцам из области Дори. Сосланный в Херсон в 655 г. римский папа Мартин I отличал ромеизированных граждан («живущие здесь») от «варваров» соседнего региона («те, кто обитает в этой области») (Бородин О.Р., 1991, с. 179, 186).