В центре крепостного двора на глубине от 0,4 до 1,4 метра был раскопан почти непотревоженный слой, в котором залегали, как сначала показалось, какие-то гнилушки. Тогда применили особый способ копки: срезали тонкий слой земли, и на свежей поверхности, как при проявлении фотонегатива, стали вырисовываться остатки деревянных жилых и хозяйственных построек. Так перед исследователями возник «отпечаток» Орешка XVI века.

С бревнами, найденными в новгородском слое, дерево городской застройки эпохи Московской Руси не сравнить. Оно сохранилось в виде коричневых волокон. Но по направлению этих волокон можно определить положение сгнившего бревна. Весь раскоп, если на него посмотреть сверху, представлял некую сеть коричневых канавок. Зачерчивая эти канавки на чертеже, мы получили отчетливый план домов и других построек. Удалось опознать окладные бревна нижних венцов и плахи настилов пола. В нескольких местах выявились избяные клети с развалом глинобитных печей в центре.

Зато металлических предметов, найденных в развалах домов, было намного больше, чем отыскалось в слоях новгородского времени. Среди полусгнивших бревен оказалось множество замков, ключей, ножей, топоров, инструментов, предметов промысла и сельского хозяйства, наконечников стрел и копий, бронзовых украшений.

Владелец одного из домов имел коня. Здесь под остатками печи были найдены два стремени. На остров привозили, видимо, не только рогатый скот, но и лошадей.

В результате раскопок образовалась целая коллекция редких и почти неизвестных науке вещей XVI века. Таковы, например, бритва, судя по клейму на лезвии, заморского происхождения; детский бронзовый кистень — обращению с ним, очевидно, учили с малых лет; топор — на его лезвии орнамент в виде треугольных впадин, так украшали боевое оружие.

Человек прикладывает ко рту нечто похожее на пряжку, только вместо язычка по центру видна стальная полоска. Модулируя ртом, как резонатором, и пощипывая полоску, он извлекает из предмета звуки. Таков найденный музыкальный карманный инструмент — варган, звучавший в Орешке четыре века назад. Подобная забава как этнографическая редкость встречается кое-где и в наши дни. Был найден также тяжелый кусок металла. Когда стали очищать его от земли, увидели на торце литые древнерусские «буквенные» цифры — IB, что означает цифру 12. Думали — гиря, принадлежность пушечного ствола, а оказалось, что это клейменая болванка литой товарной стали весом 5800 граммов. Такие заготовки выплавляли, например, в Устюжне-Железнопольской и вывозили во многие города для дальнейшей обработки. Эта находка является уникальной.

Из найденных в московском слое и склеенных черепков получился целый набор разнообразных кухонных горшков, кувшинов и мисок. Вместе с ними на музейные полки легли костяные гребешки, обкладки прикладов ружей, ядра, детали весов и многое другое.

В нескольких местах на глубине 0,7–0,9 метра вскрыта мостовая шириной 3,7 метра. Ее настил подновлялся несколько раз. Получился своеобразный «слоеный пирог» из нескольких рядов плах, внутри которого сохранились различные вещи, оброненные прохожими в XVI веке, а в самых верхних рядах — монеты XVII века.

Стало ясно, что мостовая использовалась не менее 150 лет и составляла часть улицы, ведущей от Воротной башни к цитадели. Трасса настилов совпала с магистралью, показанной на одном из планов Орешка второй половины XVII века, присланном из Королевского военного архива в Стокгольме. Таким образом, шведы, оккупировавшие Орешек в XVII веке, ходили по улицам, проложенным до них русскими. Сам по себе этот факт ничего необычного не представляет. Примечательно другое. Шведский чертеж воспроизводит улицы крепостного двора, не менявшиеся в течение XVI и XVII веков. Следовательно, едва ли не впервые можно представить себе всю планировку северорусской крепости.

Итак, возникшие в XVI веке улицы русского островного Орешка зафиксированы на шведских планах. Их планировка была очень рациональной. Тремя прямыми лучами расходились эти магистрали от Воротной башни. Одна вела к цитадели, другая — по длинной оси крепости — в район церкви, третья — к Наугольной башне. Улицы соединялись проулками. По ним можно было быстро и прямо пройти к площади в центре крепости и к лестницам, ведущим на стены. В целом планировка проходов была практичной, так как в случае тревоги и осады позволяла без задержки поднять стражу и переместить войска и технику в наиболее угрожаемое место.

«Гражданский» Орешек московской поры, так же как и новгородский, до археологических раскопок казался бесследно исчезнувшим. Теперь же некоторые черты его устройства распознаны, и их можно сопоставить со сведениями письменных источников.

Жизнь Орешка московской поры запечатлели Писцовые книги Водской пятины, как в XVI веке именовали одну из областей Новгородской земли. Эти древнейшие дошедшие до нас описательные документы целого края перечисляют дворы, церкви, лавки, амбары, учитывают пашню, поименно перечисляют всех владельцев городских домов. Старейшая из Писцовых книг создавалась около 1500 года на основе сведений 1480-х годов.

Согласно Писцовым книгам, в 1480-х годах город Орешек делился на несколько частей — крепость, Никольский остров (по имени находившегося там монастыря), Корельскую сторону на северном берегу Невы, Лопскую — на южном. На Корельской стороне отмечены 70 дворов, в крепости — 28, на Никольском острове — 5, на Лопской стороне — 99. Всего в Орешке насчитывалось 202 двора. Учитывая, что переписчики записывали только мужчину — хозяина дома и что в среднем на каждый дом приходилось не менее пяти человек (включая женщин и детей), общее число ореховцев составляло не менее 1000 человек.

По количеству дворов город превосходил Ладогу и Копорье, примерно равнялся Кореле и несколько уступал Яме.

Переписчик, для которого двор был единицей обложения, обязательно отмечал достаток горожан. Они делились на богатых — «лучших» и бедных — «молодых». Расселения по сословному признаку различных групп горожан, по-видимому, не существовало. Так, в крепости находился двор наместника, 7 дворов своеземцев — мелких землевладельцев, 5 дворов «молодых людей городчан», 2 двора поповских, 3 двора пищальников, 3 — воротников, 6 — пустых и 2 места пустых (очевидно, раньше были заселены). «Холопы великого князя» — воротники и пищальники — несли оборонную службу. Три двора пищальников указаны на Корельской стороне.

Большинство горожан занималось огородным земледелием и промыслами. Отдельно перечислены позёмщики (позём — арендная плата), занимавшиеся, например, рыболовством, охотой, торговлей.

Орешек около 1500 года предстает как город со значительным населением и как центр большой сельской округи. Ореховский уезд, существовавший, по-видимому, с XV века, соответствовал Шлиссельбургскому, Петербургскому и части Царскосельского уезда XIX века, вместе взятым. Он включал в себя 20 сел, 1274 деревни и 3030 дворов с преобладающим русским населением.

Кроме налоговых город нес и военные повинности. В одном документе 1545 года о сборе ратных людей и пороха по случаю Казанского похода сообщается, что ореховцы должны были выставить 29 всадников и 17 пищальников, из которых половину конных.