Эссекс, обращаясь к толпившимся на улице людям, призывал их присоединиться к нему, но ответом ему было гробовое молчание. Испарина выступила на его лбу, лицо исказилось от ужаса. Граф понял, что это конец.

Эссекс бросился к своему дворцу. Он обнаружил, что все четыре пленника освобождены, а здание окружено войсками, к которым вскоре присоединилась артиллерия. Лорд-адмирал Хоуард угрожал начать бомбардировку дворца в случае сопротивления Эссекса и его сторонников. К вечеру Эссекс сдался. Его заключили в Тауэр.

Ближайшие его сподвижники были немедленно казнены. Суд над Эссексом начался 19 февраля. Одним из главных обвинителей выступил Фрэнсис Бэкон.

Суд обвинил Эссекса в государственной измене и приговорил к повешению с последующим извлечением тела из петли и четвертованием. Казнь состоялась 25 февраля 1601 г. Принимая во внимание его ранг, первоначальный приговор был изменен, и Эссексу отрубили голову.

Теперь вторым после королевы лицом в Англии стал Сесл.

Что касается Рэли, то два года, последовавшие после казни Эссекса, он вел довольно деятельную жизнь, энергично занимаясь и государственными делами, и своими собственными, и наукой.

Королева все чаще болела, особенно в течение 1602 г. Смерть ее наступила в Ричмонде 24 марта 1603 г. 5 апреля, получив официальное извещение от Сесла о смерти Елизаветы, король Шотландии Яков VI, теперь уже английский король Яков I, направился в Лондон.

Известие о смерти королевы настигло Рэли в Западной Англии, и он немедленно возвратился в столицу. В отношении нового монарха он вел себя весьма лояльно, но завладеть его расположением не мог. Первый раз Рэли встретился с Яковом I в апреле, а затем в мае. Король был с ним очень холоден. Тайный совет сообщил Рэли, что он освобождается от должности капитана королевской гвардии. Затем Рэли узнал, что лишен предоставленных Елизаветой прав на монопольную торговлю вином. У него отобрали по приказу короля дворец в Лондоне.

В середине июля Рэли прибыл в Виндзор для участия в королевской охоте. На террасе дворца к нему подошел Сесл и сказал, чтобы Рэли пришел на заседание Тайного совета. На заседании его спросили, что ему известно о заговоре против Якова I и каково его участие в этом деле. Рэли ответил, что ничего не знает о заговоре. Несмотря на это, его сначала посадили под домашний арест, а затем отправили в Тауэр.

Заговор действительно был, и даже не один. Нет сомнений в том, что Рэли что-то слышал о них, поскольку в заговоры были втянуты люди, связанные с ним родственными или дружескими связями. Но сам Рэли никакого участия в них не принимал.

Как только обнаруживался какой-либо заговор против Якова, еще до начала следствия первым называлось имя Рэли как ведущего заговорщика. Считалось само собой разумеющимся, что столь сильный человек, как Рэли, многократно и очень серьезно обиженный королем, не мог не выступить против пего, хотя Рэли никогда не нарушал своей верности монарху.

В тюрьме Рэли находился в вполне приличных условиях: занимал две маленькие комнаты и имел в своем распоряжении двух слуг. Но настроение его было плохим. Рэли понимал, что его многочисленные враги воспользуются сложившейся ситуацией и доведут дело до конца. А концом этим будет мучительная и позорная смерть, ибо других наказаний для обвиняемых в государственной измене не существовало.

27 июля во время обеда Рэли пытался покончить с собой. Он схватил со стола нож, расстегнул ворот рубашки и ударил ножом в шею. Сесл, находившийся тогда в Тауэре, получил известие о самоубийстве Рэли и направился в его комнату. Он нашел Рэли в тяжелом состоянии, но рана была несмертельной.

Возможно, Рэли серьезно думал расстаться с жизнью и тем сохранить для семьи свое имущество, которое в случае его казни было бы конфисковано. Весьма вероятно также, что этим актом Рэли хотел привлечь к себе внимание общества. Но если это было так, то он ничего не добился. Сесл постарался, чтобы попытка самоубийства Рэли не получила огласки. Правда, слухи все-таки распространились. Например, венецианский посол Скарамелли сообщил об этом своему правительству. Но на последовавшем разбирательстве дела Рэли ни словом не упоминалось о попытке самоубийства.

Начало процесса все время откладывалось. Прошло лето, наступила осень. Наконец 17 ноября его доставили в суд. Рэли был обвинен в государственной измене, и эти обвинения суд признал доказанными. Приговор был максимально жестоким. «Поскольку вы признаны виновным в ужасной измене, — говорилось в приговоре, — вас доставят обратно в тюрьму, где вы будете находиться до дня казни. Оттуда вас повезут на повозке по улицам к месту казни, где повесят, но еще живым вынут из петли, обнажат тело, вырвут сердце, кишки и половые органы и  сожгут их на огне на ваших глазах. Затем вашу голову отделят от тела, которое расчленят на четыре части, чтобы доставить удовольствие королю. Да простит бог вашу душу».

Выслушав приговор, Рэли обратился к графу Девонширскому и другим лордам, судившим его, с просьбой ходатайствовать перед королем о более почетной казни. Те обещали, и Рэли был отправлен обратно в тюрьму. Но неожиданно король принял решение повременить с казнью Рэли. Вряд ли он внял просьбам некоторых высокопоставленных особ (за Рэли ходатайствовала, например, королева Анна) или поверил в невиновность Рэли (многие члены суда сомневались в правильности приговора; один из них, Фрэнсис Годи, сказал через два года на смертном одре, что «никогда еще английское правосудие не было так несправедливо, как в обвинении сэра Уолтера Рэли»). По всей вероятности, Яков решил помучить Рэли, поиграть с ним в «кошки-мышки».

Король не спешил выказать свою милость. Рэли сообщили об отсрочке казни 16 декабря 1603 г., когда переводили в другое помещение в Тауэре, где он пробыл 13 лет.

Рэли находился в Тауэре по-прежнему в приличных условиях, занимая две комнаты. С ним были его жена и двое слуг. Рэли свободно прогуливался в небольшом внутреннем садике. У него было помещение, где он производил разнообразные физические и химические опыты. Вообще неугомонный Рэли вел весьма активную жизнь. Он писал письма государственным деятелям Англии и других стран, встречался с многочисленными посетителями, разрабатывал всевозможные проекты, в том числе проект создания постоянных колоний в Северной Америке, выращивал различные целебные травы и приготовлял из них лекарства, исследовал металлы, пользуясь небольшой плавильней, искал способы получения пресной воды из соленой, сохранения мяса во время длительных морских путешествий, приготовлял свой собственный табак, различные настойки, причем одна из них, «Великая радость», получила широкую известность не только в Англии, но и за ее пределами.

Несмотря на заключение Рэли, английское общество продолжало интересоваться им. Он вызывал удивление своей необыкновенной стойкостью (граф Нортгемптон, посетивший Рэли в июле 1611 г., сказал, что не нашел в нем никаких перемен), о нем сплетничали, спорили, но — что было неприятно и просто очень опасно для него — продолжали называть в числе участников вновь открываемых заговоров, а это вело к новым разбирательствам.

В годы заключения Рэли встретил живое участие не только королевы Анны, но и ее сына, наследника английского престола принца Генриха, который проникся к нему глубоким уважением. Принцу было 13 лет, когда он впервые увидел Рэли в Тауэре в 1607 г. Рэли очень понравился молодой принц, и он старался развивать его ум, расширять знания, желая привить Генриху любовь к кораблестроению и мореплаванию. Рэли написал для него «Трактат о кораблях» и «Обзор королевского военно-морского флота и морской службы». Результатом было то, что принц пригласил лучшего судостроителя тех дней Петта для постройки корабля «Принц Ройял», спущенного на воду через два года.

Генрих обращался к Рэли за советами по самым важнейшим делам. Так, когда герцог Савойский предложил Якову I выдать дочь, принцессу Елизавету, замуж за его второго сына, а наследного принца женить на его старшей дочери, Генрих просил Рэли высказать свое мнение на этот счет.