Свои полководческие дарования, а также энергию и храбрость настоящего воина Меншиков проявил в битве при деревне Лесной (28 сентября 1708), в которой был наголову разбит шведский генерал Левенгаупт, шедший со своим корпусом на соединение с основными силами армии Карла XII.
В это время Петр получил известие об измене Мазепы и отправил Меншикова разобраться во всем на месте. Когда Меншиков раскрыл действительный заговор, он приступом овладел городом Батуриным (3 ноября), жестоко разорил его и перебил все население, включая стариков и младенцев. Он обратил в пепел прекрасный гетманский дворец, построенный в католическом стиле, 30 мельниц и многое другое. Он захватил имущество Мазепы, 40 пушек (кроме мортир). Нужно заметить, что Меншиков, подражая царю, не уступал ему также в жестокости. В Полоцке, когда там стояла русская армия, во время одной из очередных попоек Петр и его верный слуга развлекались тем, что в молебенный час вошли в храм Святой Софии и изрубили насмерть униатских священников, которые там находились. И подобные жестокости случались довольно часто в разных местах и в отношении к разным людям.
Занятый военными делами, Петр оставил Меншикова после подавления мятежа Мазепы и взятия Батурина без награды. Однако в начале 1709 г. (9 февраля) Петр стал крестным отцом новорожденного сына Меншикова Луки-Петра. Он пожаловал крестника поручиком Преображенского полка и дал в подарок 100 дворов. Но этот сын Меншикова умер еще в малолетстве (в 1712 г.).
Слава ожидала Меншикова и на Полтавском поле (27.06.1709). Вытеснив из траншейных укреплений отряд шведов, он обратил его в бегство. В этом сражении Меншиков также отвлек на себя внимание шведов, чем способствовал усилению гарнизона на 900 воинов. В день битвы Меншиков со своим отрядом остановил стремительное наступление шведов, пробивавшихся через русские редуты. Тем самым было дано время коннице благополучно отступить. Под самим Меншиковым были убиты две лошади, и ему чудом удалось избежать печальной участи остаться лежать на поле битвы еще до ее окончания. Вслед за тем Меншиков напал на генерала Росса, отрезанного от шведской армии, и рассеял его отряд. После этого он принудил к сдаче отряд генерала Ранцеля. Столкнувшись с 3-тысячным резервным корпусом неприятеля, Меншиков истребил его и возвратился к своему монарху с победой и пленными. «Россия обязана ему своим спасением», – сказал о Меншикове Вольтер.
Меншиков, под которым была убита третья лошадь, содействовал победе стремительной атакой во главе русской кавалерии на шведскую конницу. Он обратил неприятеля в бегство. Фельдмаршал Шереметев, командовавший пехотой, которая находилась в центре, тем временем опрокинул штыками пехоту. Шведы устремились к Решетиловке, преследуемые князем Голицыным и Боуром. 1 июля Меншиков атаковал неприятеля под Переволочной. С 10-тысячным отрядом он принудил 14-тысячное шведское войско сложить оружие. В числе пленных он доставил Петру генерал-аншефа и рижского генерал-губернатора графа Левенгаупта, генерал-майоров Крейца и Круза, генерал-адъютантов графов Дукласов и графа Бойда. Признательный монарх обнял Меншикова перед войсками, несколько раз поцеловал в голову, превознося его подвиги, а 7 июля Петр пожаловал ему чин генерал-фельдмаршала, второму после Шереметева. Царь не хотел без Меншикова торжественно въезжать в Москву.
15 декабря князь Ижорский прибыл в село Коломенское, где Петр I ожидал его. А 16-го жители древней столицы увидели своего возлюбленного монарха, рядом с которым по правую руку в мундире Преображенского полка и с обнаженной шпагой находился Меншиков.
В 1710 г. Меншиков участвовал в осаде Риги, за что получил от Фридриха IV датский орден Слона. В 1711 г. князь Ижорский предводительствовал российскими войсками в Курляндии, а в 1712 г. – в Померании, где, хоть и находился под началом короля Польского, но имел от Петра тайное распоряжение следить за поступками и действиями Августа, который навлек на себя подозрения русского царя. В 1713 г. Меншиков находился с войсками в Голштинии под командованием датского короля и участвовал во взятии крепости Тенингена (4 мая). Гарнизон, состоявший из 11 тысяч человек, сдался в плен, предоставив победителю 19 пушек, 128 штандартов и знамен, множество ружей и пистолетов. Фридрих IV подарил храброму полководцу свой портрет, осыпанный бриллиантами. После этого Меншиков, исполняя приказание Петра I, заключил две конвенции с Гамбургом и Любеком (5 и 15 июля). Города обязались заплатить российской казне в три срока за произведенную ими торговлю со шведами 233 333 талера. Взятие Штетина увенчало в том же году военные действия Меншикова, командовавшего российско-саксонскими войсками. Он отдал завоеванную им 22 сентября крепость, принадлежавшую ранее Голштинии, в секвестр королю Прусскому. За это Фридрих-Вильгельм обязался заплатить России в годовой срок 200 000 рейхсталлеров и пожаловал Меншикову орден Черного Орла.
На обратном пути в Россию Меншиков во главе 20-тысячной русской армии взыскал с города Данцига 300 000 гульденов и прибыл в Санкт-Петербург в феврале 1714 г.
С этого момента заканчивается деятельность Меншикова как полководца и начинается карьера государственного политика. Он сосредоточил свое внимание на вопросах внутреннего устройства государства. Благодаря близости к царю Меншиков имеет отношение едва ли не ко всем государственным нуждам. Дальнейшему возвышению Меншикова способствовало и то обстоятельство, что новым звеном во взаимоотношениях с Петром I стала Екатерина.
В те времена, когда Петр I только обдумывал планы против Швеции, в Ливонии чума губила народ. В одном из опустошенных приходов умерли священник и его домочадцы. Пастор Глюк, суперинтендант Мариенбурга, приехал навестить приход. Войдя в дом умершего пастора, он увидел маленькую девочку, которая бросилась к нему с криком «Папаша». Маленькая Марта понравилась Глюку, и он решил взять ее в свой дом.
Однако в семье Глюка девочку воспитывали не как собственного ребенка, а как служанку. Ее даже не научили читать и писать. Немудрено, что пастор и его жена были недовольны, когда между хорошенькой, статной, но неграмотной девушкой и их сыном возникли отношения. Чтобы положить этому конец, Глюк решил выдать Марту замуж. Вскоре подвернулся и удобный случай в лице шведского драгуна Йоганна, который сделал предложение Марте, и Глюк тут же дал свое согласие.
С приближением к Мариенбургу русской армии шведы отступили, а город добровольно сдался победителю. В числе встречающих армию-победительницу находился и пастор Глюк со своими домашними. Была с ними и Марта, муж которой ушел вместе со шведами. Она приглянулась русскому главнокомандующему фельдмаршалу Шереметеву и вскоре оказалась в Москве. У Шереметева Марту и увидел Меншиков. Он уговорил фельдмаршала уступить пленницу ему. Очень скоро Меншиков настолько попал под влияние Марты Скавронской, что уже спустя несколько дней нельзя было сказать, кто в доме Меншикова действительно слуга – властный ли любимец царя или жена шведского драгуна Йоганна.
Но у Меншикова красивая ливонская пленница оставалась недолго. Именно в доме Меншикова Марту весной 1704 г. приметил царь Петр I, незадолго перед тем разошедшийся с Анной Монс. Царь стал чаще бывать у Меншикова, а вскоре – спустя три дня – он сказал своему фавориту, что неплохо было бы приодеть Марту и дать ей все необходимое. Князю Ижорскому не надо было повторять дважды; он, прекрасно зная характер своего повелителя, понял, что это значит. Он приказал Марте собрать все пожитки, взять девушек для услужения и отправил в дом, в котором жил Петр. Такова была довольно пошлая, малообещающая завязка романа, получившего громадное значение для последующей истории России. Дочь простого лифляндского обывателя Самуила Скавронского оказалась таким же баловнем судьбы, как и бывший пироженщик. Живая и веселая, с большим природным тактом, она сумела так сильно привязать к себе Петра, что в 1711 г., отправляясь в Прутский поход, он решил тайно повенчаться с ней. В следующем году Екатерина Алексеевна, урожденная Марта Скавронская, была официально объявлена женой русского царя.