При чтении трудов Менно обращает на себя внимание тот Факт, что он всегда говорит о конкретной, видимой общности людей, спасенных и призванных Христом. Крещенцы не занимаются отвлеченным философствованием о незримой церкви, их интересует восстановление новозаветной общины. В этой общине нет места закостенелым грешникам, пьяницам, скрягам и ростовщикам. Иначе она не была бы братством богобоязненных. Это не означает, конечно, что крещенцы восхваляют свои собственные хорошие дела. Гелиус Фабер обвинял их в этом и нашел многих последователей. Менно же убедительно подчеркивает, что у крещенцев другой образ мысли. Свою праведность они ищут исключительно в распятом Христе; в этом можно убедиться по их книгам. Как истинным детям небесного Отца, им противен грех, и своей жизнью они хотят быть угодными Богу и находиться под его руководством.

Из всего этого видно, что Менно не низводит общину до уровня экклезиократии, в которой вся общественная жизнь определяется и направляется авторитетом церкви. Государство и церковь для Менно две самостоятельные, не зависимые друг от друга величины; такими они и должны остаться. Большая заслуга Менно состоит в том, что он энергично и упорно отстаивал этот принцип, намного опередив в этом вопросе своих современников. Как справедливо отметил Вердой: "Уже повсюду признано, что Менно правильно понимал инобытие общины Христовой, и что это теологически здоровая и в высшей степени библейская мысль. Кесарь и Христос — два разных властелина; точно так же и царства этого мира не являются частью Царства Небесного. Это Менно видел так ясно, как немногие из его современников. Честь тому, кто чести достоин!"

Менно Симонс и другие крещенцы постоянно искали ответа на вопрос: каким образом можно сохранить общину непорочной? Как исключить отрицательное влияние нежелательных элементов на библейский характер общины? Ответ был смелым и однозначным: с помощью отлучения; закоренелых грешников, спорщиков и лжепророков нужно исключать из обшины!

Менно часто задумывался над вопросом отлучения, особенно в последние годы жизни. Он учил, что отлучение является повелением Божьим и известно уже в Ветхом Завете. Иисус Христос в Евангелии от Матфея 18,15–17 сам утвердил отлучение. Апостолы, опираясь на его слова, поименяли его на практике. Только так можно было сберечь общину. Ответственность за соблюдение дисциплины несла вся община, а не только пресвитерский совет. "Воспитание должно быть не привилегией церковной иерархии, а делом всей общины", — констатирует Петере.

Первая книга, в которой говорится об отлучении, вышла в свет в 1541 году. В ней содержался призыв сторониться или исключать ложных братьев и сестер. Это была одна из лучших книг Менно, мягкая по тону и евангельская по содержанию. В соответствии с I Кор. 5 с отлученным нельзя поддерживать никакой связи. Если же он раскаивается в своем грехе, то его с любовью вновь принимают в общину. Спустя девять лет, в 1550 году, Менно выпустил "Ясное наставление и письменное указание об экскоммуникации". В нем он отстаивает свою точку зрения, что отлучать следует только в том случае, если грешник несмотря на трехкратное увещевание все-таки не раскаивается и продолжает грешить.

В 1554 году, во время пребывания Менно в Висмаре у Балтийского МОРЯ, состоялась встреча руководителей крещенцев, на которой Менно председательствовал. Здесь были приняты некоторые решения относительно отлучения и сторонения, имевшие важное значение для общины. Подчеркивалось, что, вступившие в брак вне общины, исключаются из нее. Торговые отношения с отлученными допускались только в исключительных случаях. Для вступившего в брак с инакомыслящим или неверующим, существовала возможность быть вновь принятым в общину; при условии, что супружеские отношения с отлученными прерывались, и этот разрыв был не вопреки совести. Если в смешаном браке неверующая сторона нарушала супружескую верность, то брак считался расторгнутым; супружеские отношения могли быть восстановлены только в том случае, если виновный каялся в своем проступке и обещал исправиться.

Если же неверующая сторона хочет расторгнуть брак из-за веры партнера, то верующий супруг должен сохранить верность и не может вступить в новый брак.

Верующие дети верующих родителей не могут вступать в брак без согласия родителей. Если же они уже самостоятельны и почитают родителей, то последние не должны мешать им. В случае, если родители не дают своего согласия, этот вопрос обсуждается общиной.

Из этих решений видно, как велико было влияние общины на супружескую и семейную жизнь ее членов. Одни пресвитеры стремились педантично придерживаться этих правил. Другие, и в их числе Менно, не были склонны со всей строгостью решать такие вопросы. "Висмарские решения" представляли собой компромисс — обе стороны пошли на уступки. Однако позднее дело дошло до открытого конфликта. Трудности начались, когда в 1555 г. Гиллис Фон Аахен попытался ввести в общинах сторонение между верующим и неверующим супругами. Фон Аахен — "бледный мужчина с острой бородкой" — был в 1542 г. рукоположен Менно на пресвитерское служение. Он был воинственен по натуре, склонен к Фанатизму и очень активен; часто бывал в разъездах, проповедуя и проводя крещение в Голландии, Фландрии и окрестностях Аахена. Однажды Гиллис сам нарушил супружескую верность, однако в 1554 г. на собрании старейшин в районе Мекленбурга признал свой грех и был прощен. Через год после этого он попытался ввести сторонение между супругами в ватерландских общинах. Те были категорически против этого и обратились к Менно, после вмешательства которого споры улеглись и мир был восстановлен. Однако в том же году возникли новые разногласия, на этот раз в Франекере. Причиной послужил Фанатизм Ленарта Боувенса, который готов был отлучать из общины без всякого предупреждения. Боувенс родился в Зоммелсдайке на острове ОверФлакке и до перехода к крещенцам был членом общества "Редерикерс", которое в театральных представлениях резко критиковало религиозные заблуждения римской католической церкви. После того, как Ленарт примкнул к крещенцам и в течение ряда лет служил братству, он в 1551 г. был призван на пресвитерское служение. Вначале предполагали, что Менно сам рукоположил его в Эмдене. Однако Менно пишет жене Боувенса, что братья избрали ее мужа без его ведома. И Менно не был на них за это в обиде, напротив, он считал "что милосердный Бог осветил нашего дорогого брата Святым Духом, одарил знаниями, языками и мудростью". Ленарт ревностно взялся за дело. Из Фалдерна близ Эмдена он предпринимает ряд евангелистских поездок по восточной и западной Фрисландии, в Гронинген, на Ваттенские острова в Голландии, добираясь до самой Фландрии. За свою тридцатилетнюю деятельность он крестил более десяти тысяч человек. По словам Ван дер Зайппа он был "прирожденным оратором, человеком принципиальным и обладал большим авторитетом".

Когда Ленарт Боувенс потребовал более строгого обращения с отлученными, братья во Франекере не соглашались с этим. Они пожаловались Менно, который ответил им 13 ноября 1555 года: "Пишу вам с большой горечью и печалью в году 1555-ом. Мне вручено было письмо, подписанное пятью братьями доброго имени. Из оного заключаю, что из-за отлучения среди некоторых из вас царят распри и раздоры". Менно считает, что меры воздействия можно применять только после трехкратного предупреждения. Он призывает остерегаться введения новшеств, не основанных на Священном Писании. Нельзя быть жестоким, но и попустительствовать тоже нельзя. "Слово Господа да будет путеводителем нашим, а мы будем кроткими, осторожными и скромными". Он заканчивает письмо следующими словами: "Прошу вас, благочестивые, Бога ради стремитесь к миру. И если вы друг друга обидели словом, то очистьте сердца ваши и примиритесь между собой во Христе. Не забывайте, что вы народ Божий: к миру призванный, под крестом находящийся, от сего мира отреченный, всеми ненавидимый. Будьте со мной едины во Христе, вы, в одном Духе крещенные. Возводите, но не разрушайте! Поучайте друг друга с любовью. Не доводите дело до раскола, дабы среди всех детей Божьих царил Божественный мир, ныне и вовеки. Миротворный Дух Христа да сохранит всех вас здоровыми в учении, пламенными в любви, непредосудительными в жизни. Дабы Его община росла и Его имя прославлялось, В году 1555-ом. Хромой, ваш брат и слуга".