Заключение "Фундамента" представляет собой пространное и настоятельное обращение к правящим кругам, к ученому миру, к простому народу и к невесте Христа, к общине Его. Правителей Менно увещевает поступать по Слову Божьему и не преследовать искренних христиан с такой жестокостью. Ученых он призывает углубиться в изучение Священного Писания. Народ он предостерегает от слепых вождей, несущих ложную религию, и приводит им в пример свои собственные грехи: пьянство, несправедливость, расточительство. Невесту же Христа он ободряет быть стойкой. Ей пора готовиться к встрече со своим царственным Женихом. "Облекитесь в белые шелковые одежды праведности. Украсьте шею золотым ожерельем правды. Подпояшьтесь прекрасным поясом братской любви. Оденьте обручальный перстень истинной веры". Здесь речь Менно теряет присущий ей характер наставления и становится почти поэтической, воспевая в прекрасных образах чарующий облик невесты Христа — Его общину.

Трогательно и его обращение к правителям. "Любезные, высокочтимые господа, позвольте вашим покорнейшим слугам всем сердцем преклоняться перед Господом, проповедовать Слово Божье и вести праведную жизнь. Мы просим об этом ради Христа. О Господь, Отец всемилостивый, открой же глаза всем невидящим, дабы узрели они Твой путь. Слово, правду, и волю и поступали по ним". Вскоре выяснилось, что о "хороших" временах пока что не может быть и речи. Власти и дальше намерены огнем и мечом бороться против крещенцев. С нарастающей энергией они будут пытаться уничтожить анабаптизм. Однако последующие годы покажут, что никакое зверское насилие не в состоянии искоренить динамичную общину верующих. Кровь мучеников снова даст всходы.

1539 г. был весьма значительным в жизни Менно по ряду причин. В этом году он начал писать свой "Фундамент", который впоследствии так много значил для всего братства. В этом же году он начал скитальческую жизнь, полную невзгод, которая кончилась для него только в 1554 году, лишь за несколько лет до его смерти. Как мы уже знаем, в январе. 1539 г. Менно пришлось покинуть город Гронинген. Он уходит во Фрисландию и на несколько дней находит приют в Кимсверде у Тярта Рейнертса. Потом мы на долгое время теряем Менно из виду. Из правительственного документа, датированного 19 марта 1541 г. следует, что Менно один-два раза в год появляется во Фрисландии и склоняет многих на свою сторону. В этом же документе его характеризуют как "одного из важнейших руководителей проклятой секты анабаптистов". По предложению советников императора Карла V в Леувардене, наместница решила помиловать нескольких пойманных крещенцев с условием, конечно, что они откажутся от своей веры и постараются выдать Менно в руки властей! В ноябре 1542 года перед магистратом предстал Секе Гайес; на допросе он признался, что недавно слушал проповедь Менно Симонса на поляне в районе Цветте, недалеко от Леувардена. Сам же Менно был неуловим; по-видимому никто из его единомышленников не желал играть роль Иуды. В 1541-42 гг. Менно находится почти беспрерывно в Амстердаме. Десять лет тому назад Трайпмакер основал здесь общину крещенцев. Она быстро разрослась до нескольких тысяч человек. К сожалению небольшая группа фанатиков, руководимая Яном ван Гелем, в ночь с 10 на II мая 1535 г. напала на здание амстердамской городской ратуши. Из-за предательства одного мальчика операция не удалась, и повстанцам пришлось сдать оружие. В этом сражении Ян ван Гель был убит. Его сообщники вскоре предстали перед судом и были приговорены к смерти. После ужасных пыток был казнен Яков ван Кампен, руководитель общины в Амстердаме, хотя он ничего общего с повстанцами не имел. Напротив, он изо всех сил противился их безумным планам, но к сожалению безуспешно. В итоге вся эта авантюра была потоплена в крови.

Годы, проведенные Менно в Амстердаме, Кюлер называет "самыми беспокойными в его жизни". В 1544 г. были казнены двое крещенных им мужчин: Ян Клаас из Алкмара и 87-летний Лукас Ламберте. Ян Клаас напечатал в Антверпене шестьсот экземпляров сочинений Менно, двести из них он распространил в северной Голландии, остальные отправил во Фрисландию. 6 августа 1552 г. в Амстердаме заживо сжигают шесть человек. Одного из них, Клааса Гербрандса, обвиняют в том, что он слушал проповеди Менно "более десяти лет назад". Гербрандс еще не принял крещения; однако перед судом он заявил, что сожалеет об этом! Где он слушал проповеди Менно, в Амстердаме или же у себя на родине в Вормере, точно не установлено; да это и не так уж важно.

Из двух писем Менно, адресованных амстердамской общине, видно, что он был хорошо осведомлен о положении дел в этой общине. В первом письме, датированном 24 ноября 1546 года, Менно пишет, что братьям и сестрам не к лицу посещать богослужения католической церкви (очевидно кое-кто таким путем хотел избежать преследований). Этим двурушникам удалось совратить целый ряд крещенцев. "Смотрите, мы свободны и делаем что хотим", — убеждали они боязливых, Менно напоминает им, что они принадлежат Христу и Ему одному должны быть послушны. Во втором письме, написанном 14 ноября 1558 года, Менно увещевает братьев и сестер не бояться чумы, свирепствующей в Амстердаме. Именно в это тяжелое время нужно посещать и утешать друг друга. Смерть не страшна, это лишь переход к лучшей жизни! О Менно ходило множество слухов и легенд. Летописец Питер Ян Твиск, очень ценивший Менно, упоминает, примерно сто лет спустя о следующем происшествии. Однажды в общине нашелся один неискренний брат, который пообещал за плату выдать Менно, указав место собрания. Когда же Менно хотели там схватить, ему, по Божьей милости, удалось скрыться. Так вот этот предатель, продолжает Твиск, плыл как-то на лодке с одним офицером. Совершенно неожиданно они повстречали Менно, также плывущего в лодке. Предатель потерял дар речи, и лишь когда Менно вдали от них сошел на берег, воскликнул: "Эх, улетела пташка!" Этот Иуда в конце концов сам поплатился жизнью. Еще одна запись Твиска. Однажды случилось так, что Менно в селе Энигенбург в северной Голландии зашел к священнику в католическую церковь. Он завел с ним разговор по латыни о различных суевериях в католической церкви и говорил так свободно, толково и красноречиво, с таким знанием предмета, что священник под впечатлением этого разговора отказался от своего сана и впоследствии сам обстоятельно рассказывал о своей беседе с Менно. Очень распространена и легенда о Менно на дорожном экипаже. Однажды Менно опять был в пути, скрываясь от преследователей. Неожиданно появились сыщики и остановили экипаж: "Нет ли здесь случайно Менно?" — спросили они беглеца, сидевшего на облучке рядом с извозчиком. Менно обернулся к пассажирам: "Тут спрашивают, нет ли среди вас Менно Симонса". Пассажиры со всей решительностью дали отрицательный ответ. Тогда он обернулся к сыщикам: "Друзья отвечают — нет!" Так Менно и на этот раз остался непойманным. Конечно, сегодня мало кто верит этой легенде, однако она чересчур известна, чтобы не быть упомянутой.

По распоряжению Карла V советниками Фрисландии в декабре 1542 г. выпускается плакат против Менно Симонса, "бывшего пастора в Витмарзуме в нашей провинции Фрисландия, замешанного в секте перекрещенцев и других лжеучениях". На этом плакате было написано: по полученным сообщениям Менно тайно вернулся на родину и сейчас скрывается там. Своим лжеучением и своими проповедями ему и здесь удалось ввести в заблуждение прихожан, он написал несколько книг и распространяет их. Так дальше продолжаться не может, поэтому император настаивает, чтобы магистрат города Леувардена предостерег каждого от Менно. Запрещается пускать его на квартиру, снабжать продовольствием или оказывать какую-либо помощь. Запрещается вступать с ним в разговор или брать от него книги. Виновные в нарушении запретов будут казнены как еретики. Каждому разрешается задержать Менно и доставить его в Леуварден. Предлагаемое вознаграждение — 100 гульденов. Если Менно будет выдан властям одним из его единомышленников, то выдавший его будет помилован и прощен, если предатель покается и вернется в католическую церковь. "Преступникам и убийцам обещали прощение, свободу, милость императора и сверх того сто гульденов, если они сумеют предать меня и выдадут палачу". Конечно, лютеранским проповедникам в протестантских областях Германии гораздо легче: в то время, как они потчуют на перинах и подушках, "мы вынуждены скрываться в убежищах. В то время, как они бахвалятся на всех свадьбах и празднествах с фанфарами и барабанами, нам приходится вздрагивать при лае собак из-за страха перед арестом". Дальше оставаться в Нидерландах для Менно становится невозможным; здесь земля горит у него под ногами. В начале 1543 г. он переселяется в восточную Фрисландию.