Последним шибанидским правителем Мавераннахра среднеазиатские источники обычно называют сына и преемника Абдуллы II, Абд ал-Мумина, который погиб в результате заговора эмиров в конце лета 1598 года после шести месяцев правления. Этим именем заканчивают правление Шибанидов в Мавераннахре и многие современные ученые. Между тем в «Тарих-и аламара-йи Аббаси» Искандара Мунши в качестве преемника Абд ал-Мумина назван еще Пир-Мухаммад-султан, «родственник Абдуллы и царевич из рода Джаиибека». Однако и его правление было недолгим; Пир-Мухаммад был побежден Баки-Мухаммадом, потомком Тукай-Тимура, сына Джучи, захвачен в плен и убит в конце 1007/июнь — июль 1599 года. Вследствие этого в известных справочниках Стэнли Лэн-Пуля (СПб., 1899) и К. Э. Босворта (М., 1971) история Шибанидов в Мавераннахре закапчивается не Абд ал-Мумином (1598 г.), а Пир-Мухаммадом, т. е. 1599 годом.

Вопросу о смене династии в Мавераннахре в конце XVI в. посвящена значительная литература на разных языках (В. В. Вельяминов-Зернов, Б. А. Ахмедов, A. Burton и др.).

Во владениях Шибанидов Мавераннахра в основу государственной жизни были положены степные традиции, согласно которым государство считалось собственностью всей царствующей фамилии, члены которой назывались султанами и одного из своей среды как главу рода провозглашали ханом. Государство было разделено на уделы, которые находились в управлении и владении султанов и отдельных знатных беков. Самарканд считался столичным городом. Но провозглашенный государем всех узбеков Мавераннахра султан не всегда переезжал в Самарканд, а продолжал жить в своем уделе, например, в Ташкенте (Барак-хан, правил в 1551–1556 гг.) и в особенности в Бухаре (Убайдулла-хан, Абдулла-хан II).

Государство Шибанидов, основанное Мухаммадом Шейбани-ханом в Мавераннахре, в мемуарах придворного литератора первых Шибанидов Зайн ад-Дина Васифи «Удивительные события» называется «узбекским государством» [Болдырев, 1989, с. 225]. Замечательно, что и Сефевид шах Тахмасп I (правил в Иране в 1524–1576 гг.) в беседе с турецким сановником Сейди Али Рейсом, в 1553–1557 гг. путешествовавшим по странам Азии и в 1556 г. побывавшем в Иране, называл государство Шибанидов в Мавераннахре «Узбекистаном» [The Travels; Кушева, 1963, с. 184–185]. Кочевые узбекские племена и роды Восточного Дешт-и Кипчака, переселившиеся вместе с Шибанидами, занимали господствующее положение в Мавераннахре как при Шибанидах, так и их политических преемниках — Аштарханидах (Джанидах). Очевидно поэтому потомок Бабура Великий Могол Аурангзеб (правил в Индии в 1658–1707 гг.) называл Мавераннахр, по свидетельству Ф. Бернье, «Узбекистаном», «Узбекией».

Однако в научной литературе за государством Шибанидов в Мавераннахре и их политических преемников — Аштарханидов — утвердилось название «Бухарское ханство». Оно, конечно, вполне понятно. Хотя столицей Шибанидов считался Самарканд, но деятельность самых могущественных и авторитетных ханов из этой династии (Убайдулла-хана, который с 1504 г. до своей смерти в 1539 г. пребывал в Бухаре и Абдулла-хана II, в мае 1557 г. захватившего Бухару, которая с тех пор и стала его столицей) были связаны с Бухарой, и постепенно уже во второй половине XVI в. значение столицы в Мавераннахре перешло к Бухаре. Деятельность ханов XVII в., происходивших из династии Аштарханидов, также была тесно связана с Бухарой.

Здесь кстати заметить, что с именем новой столицы узбекского ханства в Мавераннахре — Бухарой связаны также происхождение терминов «Великая» и «Малая Бухарин». Бухара стала хорошо известна России и Западной Европе именно с XVI в. — со времени Шибанидов. В XVII и XVIII вв. русские и по их примеру западные европейцы называли «бухарцами» всех купцов и выходцев из Мавераннахра, а их страну «Бухарией». Тот же термин был произвольно распространен и на Кашгарию (Восточный Туркестан), которую в противоположность территории узбекского ханства — «Великая Бухария» — стали называть «Малой Бухарией».

Термины «Великая» и «Малая Бухария» употреблялись в русской научной литературе еще в первой трети XIX века. Но в конце концов под влиянием трудов английских исследователей «Великая» и «Малая Бухария» были заменены в середине XIX в. терминами «Западный» и «Восточный Туркестан». При этом под «Восточным Туркестаном» в западноевропейской и русской научной литературе имелось в виду «Китайский Туркестан» (Синьцзян), а под «Западным Туркестаном» — по преимуществу владения туркмен и территорий трех существовавших тогда узбекских государств — Хивинского ханства, Кокандского ханства и Бухарского эмирата.

Хорезм, или Хива, — область в нижнем течении Аму-Дарьи. Хивинское ханство было создано в 1511 году совместной деятельностью двух братьев, Илбарса и Билбарса, сыновей Буреке-султана, потомка Шибанида Арабшаха. Эта ветвь династии Шибанидов была враждебна Шибанидам Мавераннахра, которые были потомками Ибрахима, брата Арабшаха. Сыновья Буреке-султана и их ближайшие родственники, по родовой вражде к потомкам Абу-л-Хайра, не принимали никакого участия в походах Мухаммада Шейбани и его ближайших родственников на Мавераннахр и Хорасан, по-прежнему оставались на территории Дешт-и Кипчака.

В 1510 г., после поражения и гибели Шейбани-хана под Мервом, Хорезм, который он завоевал еще в августе 1505 г., перешел во власть персидского шаха Исмаила. Местные суфийские шейхи, не желавшие примириться с господством в стране шиитов, обратились за помощью к остававшимся еще в Восточном Дешт-и Кипчаке Шибанидам, и в 1511 году султан Илбарс прибыл в Хорезм в сопровождении своего брата Билбарса (Байбарса) и небольшого числа кочевых узбеков. Братьям удалось подчинить сначала г. Везир, потом г. Ургенч, наконец и южную часть Хорезма и образовать здесь, в области нижнего течения Аму-Дарьи, самостоятельное ханство.

Образование и упорядочение нового ханства были достигнуты, как обычно, после долгой и кровавой борьбы. Оба брата лично возглавляли воинов в сражении, делили с ними тяготы и опасности. Но вот что здесь удивительно. Билбарс, который в народе более был известен под прозвищем Биликич (здесь — «Меченый»), когда еще был грудным ребенком, заболел и сделался калекою: у него высохли обе ноги ниже колен и он сидел на бедрах. Поэтому он не мог сидеть на коне и ездил на арбе. Устроив на тележке место для удобного размещения одного человека, он велел оковать железом ободья колес своей арбы. Запрягая в нее самых быстроногих аргамаков, он в сопровождении цепкоруких удальцов постоянно ездил в Абулхан и Мангышлак и устраивал там погромы. Он был очень меткий и искусный стрелок, отменный воин. Стоя на коленях в колеснице, в которой он, как казалось, будто лежал, Билбарс прямо несся вперед напролом, не обращая никакого внимания на обстрелы с правой и с левой сторон. Во время жаркого побоища, предводительствуя славными батырами, он всегда находился впереди. Наклонившись на переднюю сторону колесницы, он отдавал приказ своим джигитам: «Так держать! Туда! Вперед! Назад!». На арбе Билбарс сражался на равных со всадниками. Его боевая колесница, запряженная лучшими аргамаками и предельно облегченная, не отставала от конных бойцов [Абу-л-Гази, изд., т. 1, с. 194–202].

Вот именно так, сидя на коне и на арбе, приобретали свою империю азиатские кочевники средневековья.

Сначала столицей нового ханства был г. Ургенч, и государство Шибанидов в Хорезме, по установившейся издавна традиции, согласно которой страна обычно называется по столице, называлось «Ургенчским ханством»; по русской терминологии «Юргенское ханство»: образование «юргенский хан» употреблялось в русских грамотах еще в начале XVIII века [Веселовский, 1877, с. 161, примеч. 2]. С начала XVII столетия средоточием политической и духовной жизни делаются южные города страны и резиденцией хана и столицей государства становится г. Хива (Хивак). Так Ургенчское («Юргенское») ханство превратилось в «Хивинское ханство».