Осенью того же 1512 г. объединенное войско чагатаев, моголов и кызылбашей (сефевидов) во главе с Бабуром и Наджм-и Сани, военачальником иранского шаха Исмаила, вновь вторглось в Мавераннахр. В середине ноября 1512 г. под стенами крепости Гидждуван (около Бухары) разыгралось кровопролитное сражение за обладание Мавераннахром. Войско чагатаев, моголов и кызылбашей (сефевидов) было разгромлено; сам Наджм-и Сани убит, голова его отделена от тела и доставлена в Самарканд, а Бабур отступил в Хисар, затем в Кундзу. Результатом гидждуванской победы Шибанидов явилась полная ликвидация угрозы распространения сефевидский (кызылбашской) экспансии на Мавераннахр.
Бабур после поражения при Гидждуване навсегда покинул пределы родной страны и вернулся в Кабул. Отделившиеся от него по пути моголы разграбили Хисар, но были вытеснены оттуда узбеками во главе с Убайдуллой.
Во время одного из таких походов заболел и умер сын Шейбани-хана Мухаммад-Тимур; согласно данным шибанидской эпиграфики, он умер 17 марта 1514 г. в области Хутталан. Тело его отвезли в Самарканд и похоронили в медресе Шейбани-хана.
У Мухаммад-Тимур-султана было два сына: одного звали Абдул-шах, матерью его была Михр-Султан-ханым, дочь казахского хана Бурундук-султана, у него был сын по имени Мухаммад-Амин; второго сына Тимура звали Пулад-султан, которого Шейбани-хан назначил правителем Хорезма; осенью 1512 г. он принимал участие в гидждуванском сражении; согласно «Мусаххир ал-билад», он умер в 935/1528–1529 г. У этого Пулад-султана был сын, прозванный Кӧк-Бури-султан; от него не осталось потомства.
Кучкунджи-хан умер, по одним известиям, в 936/1529–1530 г., по другим — в 937/1530–1531 г., и дела ханства перешли к его сыну Абу Саиду. Когда и он переселился в загробный мир в 1533 году, на ханский трон взошел Убайдулла-султан, сын младшего брата Шейбани-хана Махмуд-султана, который умер в Кундузе в 910/1504 г. и был похоронен в Самарканде. Бухара с округой, объявленная Шейбани-ханом уделом Махмуд-султана еще в 1500 г. и вторично в 1502 г., после его смерти перешла к Убайдулле. Он получил хорошее образование, свободно владел арабским и персидским языками, на которых писал стихи и прозаические трактаты, равно как и на своем родном тюрки́. До нас дошел список его стихотворения на тюрки́ «Диван-и Убайди» (рукопись хранится в Лондоне, в Британском Музее), переписанный по его указанию знаменитым гератским каллиграфом Султан-Али Машхади. Перу Убайдуллы принадлежит тафсир на тюрки́ «Кашшаф-и фазаил» («Толкователь мудрости»), а в рукописном фонде ИВ Республики Узбекистан хранится список «Куллийат-и Убайди», содержащий стихи Убайдуллы на арабском, персидском и тюркском языках.
Убайдулла был страстным поклонником рукописной книжности и при его дворе была богатая библиотека, которая служила не только культурным центром, но в стенах которой первоклассные мастера-книжники создавали подлинные шедевры [Акимушкин, 1992, с. 14–23]. Заодно отметим здесь, что с 1512 г. при дворе Убайдуллы в Бухаре жил известный ученый Фазлаллах ибн Рузбихан Исфахани, который в 1514 г. написал для Убайдуллы книгу «Сулук ал-мулук» («Правила поведения государей»); автограф этого интересного во многих отношениях произведения хранится в Рукописном отделе ИВР РАН. Ибн Рузбихан утверждает, что Убайдулла с упорством занимался изучением «разного рода наук и знаний, соблюдая религиозные обязанности и царственное послушание. В Бухаре он читал у меня, бедняка, книгу «Хисн-и хасин»» [Ибн Рузбихан, с. 68].
А вот как характеризует Убайдуллу Мирза Хайдар Дуглат, который хорошо знал его. Старшая сестра Мирзы Хайдара, Хабиба-Султан-ханим, была замужем за Убайдулла-султаном, и Мирза Хайдар, когда ему было лет 7–8, некоторое время даже жил при дворе Убайдуллы в Бухаре. Убайдулла, пишет в своем «Тарих-и Рашиди» Мирза Хайдар, «был набожным мусульманином, богобоязненным и воздержанным. Все дела веры, страны, государства, войска и подданных он решал согласно закону шариата и не отступал от него ни на волос. В лесу храбрости он был отважным львом, а его ладонь была жемчужной раковиной в море щедрости. Его счастливая особа была украшена разными достоинствами. Он писал семью почерками, но лучше всего писал почерком насх. Он переписал несколько списков Корана и послал благословенным городам (в Мекку и Медину), да возвысит их Аллах. Он хорошо писал и насталиком. У него есть диван тюркских, арабских и персидских стихов. Он занимался музыкой и пением. И сейчас музыканты исполняют некоторые из его произведений. Одним словом, он был одаренным правителем, вобравшим в себя все похвальные качества. Бухара — его стольный город — была местом сбора ученых людей, и в течение его жизни достигла такой степени, что напоминал Герат времени Мирза Султан Хусайна» [Тарих-и Рашиди, пер., с. 357–358].
Из вышеизложенного материала о Шейбани-хане и Убайдулла-султане не должно, однако, создаваться впечатление, будто бы Шибаниды Мавераннахра сплошь отличались литературным талантом и другими высокими природными дарованиями. Конечно, нет. Были среди них и неграмотные султаны, и слабоумные царевичи, и жалкие пропойцы и т. д. У проф. А. А. Семенова есть статья, специально посвященная культурному уровню Шибанидов Мавераннахра [Семенов, 1956, с. 51–59]. Этой же темы касается и проф. А. Н. Болдырев в разных частях своей монографии [Болдырев, 1989].
По словам Хафиз-и Таныша, во время господства Убайдуллы, в пору его верховной власти Мавераннахр, в особенности Бухарский вилайет, обрел красоту и блеск. Именно при нем и его преемниках политическое первенство постепенно перешло от бывшей столицы Тимура и Шейбани-хана, Самарканда, к Бухаре.
Вскоре после смерти Убайдуллы в 1539 г. государство Шибанидов в Мавераннахре распалось. Абдулла I, сын Кучкунджи-хана, правил всего шесть месяцев в 1539–1540 гг., и наступила эпоха двоевластия: в Бухаре воцарился сын Убайдуллы — Абд ал-Азиз (правил в 1540–1550 гг.), а в Самарканде, столице Шибанидов, с правами старшего хана узбеков стал править Абд ал-Латиф (правил в 1540–1551 гг.), третий сын Кучкунджи-хана. Начались длительные междоусобные войны между шибанидскими удельными правителями.
Создавшейся политической ситуацией в стране выгодно воспользовался молодой энергичный и честолюбивый Абдулла II (Абдаллах), сын Искандер-султана, владетеля Кермине и Шахрисябза. В 1557 г. он захватил Бухару и там в 968/1560–1561 г. при содействии Ходжи Ислама провозгласил своего отца ханом всех узбеков Мавераннахра, чтобы править страной от его имени. В 1583 году, после смерти своего отца, Абдулла занимает ханский престол, остававшийся за ним до самой его смерти в начале 1598 года.
Все правление Абдулла-хана II прошло в борьбе за объединение отдельных уделов Шибанидов и за усиление в стране центральной власти. Особой непокорностью отличались сыновья Шибанида Барак-хана, Баба-султан и Дервиш-султан, властвовавшие более двух десятилетий в Ташкенте и степных пространствах вилайета Туркестан (Ясы). Но все же Абдулла-хану удалось объединить под своей властью не только владения Шибанидов в Мавераннахре, но также в Хорезме и Хорасане, а также создать сильную ханскую власть.
Ни один из последующих ханов Бухары не объединял под своей властью такого числа областей, как Абдулла И. Но сильная ханская власть и эти победы были достигнуты «морем» крови: физически истреблялись не только враждебные члены ханского рода, члены враждебных кочевых родов, до грудных младенцев включительно, но и народные массы.
Абдулла II одновременно вел активную внешнюю политику: он поддерживал, например, сибирского хана Кучума и старался наладить дружеские отношения с правителями Османской империи. В османских источниках, в частности, в «Тарих-и Саланики» Мустафы Саланики (ум. в 1599–1600 г.), рассказывается о несколькихчюсольствах Абдулла-хана II к турецкому султану, подробно перечисляются подарки хана султану, описывается церемония приема послов, а также передается краткое содержание послании хана к султану [Тарих-и Саланики, л. 163а–164а, 329а]. В частности, посольство, прибывшее из Бухары в январе 1594 года в Стамбул, ко двору Мурада III (правил в 1574–1595 гг.), известило султана и его окружение, что Абдулла-хан захватил Хорезм, а хивинский хан Хаджжим-султан, спасая свою душу, с несколькими приближенными подался к шаху кызылбашей Аббасу (правил в Иране в 1587–1629 гг.) и нашел убежище в, Казвине (л. 1636).