В середине декабря 1798 года французский генерал Ж.Э. Шампионнэ нанес поражение генералу Маку близ Чивита-Кастальяна (примерно в сорока километрах севернее Рима) и вновь занял Рим, а затем Гаэту и Пескару. После всех потерь, понесенных неаполитанской армией, у Мака под ружьем осталось всего 7000 человек. За две недели боев Мак умудрился потерять шесть седьмых состава вверенной ему армии. В этой ситуации Фердинанд IV приказал раздать оружие неаполитанским лаццарони (итал. lazzaroni – нищие, босяки) и зажечь в порту суда, которые могли бы пригодиться французам. Затем, 5 января (по григорианскому календарю) 1799 года, король с семьей и ближайшим окружением, прихватив королевскую казну, перешел на английское флагманское судно адмирала Г. Нельсона и отплыл с английской флотилией на Сицилию.
11 января 1799 года Мак и Шампионнэ подписали соглашение о капитуляции королевской армии. В соответствии с ним существенная часть территории Неаполя отходила Римской республике. Кроме того, Неаполь должен был выплатить французской армии контрибуцию в размере десяти миллионов франков. Вскоре, 4 февраля 1799 года, на месте королевства Неаполь была образована Партенопейская республика.
Однако повстанческое движение нарастало, и в конце февраля 1799 года Директория отозвала генерала Шампионнэ, передав командование генералу Э. Макдональду. Новый командующий начал переговоры с руководителями повстанцев. Но было слишком поздно. С наступлением весны 1799 года общая обстановка в Италии складывалась для Франции крайне неблагоприятно. В начале марта австрийские войска начали активные боевые действия в Швейцарии, а через месяц в Северной Италии был открыт второй фронт военных действий. Там против французов успешно сражались австрийские и русские отряды под общим командованием фельдмаршала А.В. Суворова. В такой ситуации держать значительный воинский контингент в королевстве Неаполь было бы непозволительной роскошью. В апреле 1799 года Макдональд получил приказ Директории готовиться к выступлению на север. Через месяц, в начале мая, основные силы французов покинули Неаполь. В городе остался небольшой французский гарнизон и правительство Партенопейской республики, поддержанное частью горожан. Неаполитанская же армия генерала Макдональда была разбита А.В. Суворовым в сражении при Треббии 6 – 8 июня 1799 года.
После ухода французов кардинал Фабрицио Диониджи Руффо высадился в Реджио, собрал вокруг себя армию (а точнее, разбойничьи шайки) роялистов, которую он назвал Святой ратью и которая при поддержке английского и русского флотов быстро захватила обширные территории в Калабрии и Апулии, а в июне 1799 года овладела Неаполем. Более 30 тысяч человек были брошены в тюрьмы, 7 тысяч изгнаны, 9 тысяч погибли от пыток и казней.
После взятия Неаполя Руффо и его союзники (англичане и русские) решили идти на Рим. 29 сентября 1799 года около 1000 человек под командованием лейтенанта флота П.И. Балабина первыми вошли в город. Республика пала, а вслед затем, летом 1800 года, вернулся в свою резиденцию папа Пий VII1806. К ноябрю 1799 года боевые действия в Италии прекратились до весны следующего года. После ряда побед Наполеона в Северной Италии 10 марта 1801 года был заключен мир в Фолиньо. Но Наполеон объявил этот мирный договор предварительным и потребовал право на оккупацию Тарентского залива, где планировалось создать базу для нового египетского похода. Окончательный мир был подписан 11 апреля 1801 года во Флоренции.
15 июля 1801 года Пий VII подписал с Наполеоном конкордат, по которому Рим признавал новую французскую власть, католицизм был объявлен религией большинства французов, однако свобода вероисповедания сохранялась.
В 1804 году папа приехал в Париж на ритуал коронации Наполеона. Однако не папа, а лично сам Наполеон водрузил императорскую корону на себя и корону императрицы на свою супругу Жозефину.
В 1805 году Пий VII вопреки воле Наполеона вернулся в Рим. С этого времени возросло напряжение между папой и императором, который считал папское государство своим леном и распоряжался церковным имуществом по своему усмотрению.
В 1808 году французские войска вновь заняли Вечный город. Декретом от 17 мая 1809 года Наполеон объявил, что Рим и все владения папы вообще отныне присоединяются к Французской империи. Папа осудил «грабителей наследия святого Петра» и вскоре (10 июня 1809 года) отлучил Наполеона от церкви. Кроме того, после неудачи в Асперн-Эсслингской битве (21 – 22 мая 1809 года) Наполеон узнал, что Пий VII и его кардиналы проповедуют, будто это поражение есть кара Божия корсиканскому тирану и притеснителю Церкви. Наполеон этого не забыл. 5 июля 1809 года французские военные власти вывезли папу в Савону, а затем в Фонтенбло под Парижем. Королем Рима был провозглашен, сразу же после своего рождения (20 марта 1811 года), Наполеон Франсуа Жозеф Шарль Бонапарт – сын Наполеона от его второго брака с Марией Луизой.
Ранее, 2 февраля 1810 года, последовал приказ императора о вывозе в Париж всего, что имело отношение к папской власти, в том числе и архивов Ватикана. Перемещение архивов (сначала в Реймс, а оттуда в Париж) было весьма трудоемким и дорогостоящим делом. Архивы инквизиции были вывезены вторым и третьем конвоем соответственно в апреле и июле 1810 года1807. Несколько документов ввиду их особой значимости транспортировались отдельно, в частности папская булла об отлучении Наполеона и папка с документами дела Галилея1808 (далее ПГ).
В январе 1811 года ПГ была передана министром по делам религий личному библиотекарю императора Антуану Александру Барбье. В сопроводительном документе отмечалось, что рукописные листы пронумерованы с 337-го по 556-й и что за листом номер 556 следуют пять исходно не пронумерованных листов, которым были присвоены номера с 557-го по 561-й1809.
12 марта 1811 года Барбье передал Наполеону докладную записку, в которой предлагал опубликовать все документы из ПГ с параллельным французским переводом. К записке библиотекарь приложил смету расходов на предстоящее издание из расчета, что тираж его составит 1000 экземпляров. По расчету Барбье, общая сумма расходов не должна была превысить 7000 франков.
По-видимому, император проект одобрил, во всяком случае, так утверждал Барбье в письме министру по делам религий от 16 октября 1812 года1810. (Наполеон, напомню, в эти дни начал отступление из Москвы.) Вначале были переведены 9 документов (25 листов ПГ): Summarium (конец мая – начало июня 1633 года); донос Лорини от 7 февраля 1615 года; письмо Галилея Кастелли от 21 декабря 1613 года (вариант, приобщенный Лорини к своему доносу в Римскую инквизицию); заключение консультанта инквизиции по поводу письма Галилея Кастелли; письмо пизанского архиепископа в Римскую инквизицию от 8 марта 1615 года; письмо главного инквизитора Пизы в Римскую инквизицию от 7 марта 1615 года; протокол допроса Т. Каччини в Римской инквизиции от 29 марта 1615 года; запрос инквизиторам Милана и Флоренции с просьбой допросить свидетелей, названных Каччини; письмо архиепископа Пизы в Римскую инквизицию от 28 марта 1615 года.
Однако на этом работа над переводом документов ПГ была прекращена. По мнению А. Фаваро, выявившего множество грубых ошибок в переводе, в Париже того времени просто не нашлось квалифицированного переводчика, знакомого с используемыми инквизицией аббревиатурами и порядком ведения записей. По свидетельству М. Марини, итальянский историк Карло Денина, проживавший в 1810 – 1814 годах в Париже, убедил Наполеона, что в ПГ нет ничего достойного публикации. Марини был в числе папских чиновников, которые сопровождали конвои с ватиканскими архивами и следили за их сохранностью.
После поражения в России и в войнах с шестой коалицией Наполеон под давлением своих маршалов вынужден был отречься от престола (апрель 1814 года). Союзники-победители сохранили за ним титул императора и отдали ему во владение остров Эльбу. В январе 1814 года, за три месяца до отречения, Наполеон приказал вывезти папу Пия VII в Савону, а позднее полностью его освободил. На Венском конгрессе (сентябрь 1814 – июнь 1815 года), собравшемся после падения Наполеона, кардинал Э. Консальви добился признания папы светским главой Папского государства и духовным главой всего католического мира.
