С 1891 года Макаров — главный инспектор морской артиллерии. Грамотный моряк и техник, он и тут ввел много нового. Он издал чертежи орудий, завел порядок в хранении, содержании и окраске снарядов, применил впервые стрельбу бездымным порохом (изобретение профессора Менделеева), изобрел бронебойные наконечники на снаряды, за что был назван американцами «победителем брони».

В этом же году Макаров был назначен командующим эскадрой Средиземного моря, которая состояла из 10 судов. С прибытием на эскадру Макарова жизнь оживилась, боевая подготовка поднялась, плавающие учения и смотры стали содержательнее и интереснее. Ввиду угрозы для России японо-китайской войны, эскадра Макарова перешла на Дальний Восток, где Макаров по просьбе старшего флагмана — адмирала Тыртова написал свои соображения о том, как надо приготовиться к бою и как его вести. Эти соображения были опубликованы как приказ командующего эскадрой Тихого океана от 25 апреля 1895 года.

Немного ранее этих соображений Макаров опубликовал свою большую работу «Разбор элементов, составляющих боевую силу судов», в которой выражал свои взгляды на технику военно-морского дела и оружие, на способы его использования.

После того как Япония временно наладила отношения с Россией и опасность войны миновала, Макаров съехал на берег для лечения и начал свою замечательную работу «Рассуждения по вопросам морской тактики», которая вышла в 1897 году. Она была переведена сразу на несколько иностранных языков и во многом до сих пор остается действующей. Эта книга вышла под девизом «Помни войну».

Это не учебник и не устав, а просто изложенные взгляды боевого талантливого адмирала по важнейшим вопросам морской тактики, соображения о боевых действиях и об использовании оружия в различной обстановке.

Говоря о приготовлениях к бою, Макаров считает необходимым «выбросить с корабля ненужные для боя предметы», «отдать приказания, какие люки, двери и пр. держать в военное время задраенными». «Организовать жизнь так, чтобы всякий человек, утомившийся ночью, имел возможность спокойно выспаться днем». «Для питания команде иметь в батареях воду в ведрах и кружки».

В 1898 году он прибывает на Балтийское море и выдвигает идею постройки мощного ледокольного судна для плавания в полярных льдах. Макаров явился тем человеком, чьим именем начинаются крупные ледокольные исследования далекого Севера.

По его проектам был построен прославившийся «Ермак». Под его командой впервые пошли сквозь льды не наугад, не по ветру, а с целью ломать лед и силой пробивать себе дорогу.

Макаров, наблюдавший беспрерывно за ходом работ, вносивший нужные изменения и добавления, до самого дня спуска «Ермака» на воду (29 сентября 1898 года) и пришедший на нем командиром в Кронштадт (4 марта 1899 года), был назван дедушкой ледокольного флота, так же как после русско-турецкой войны он был назван дедушкой минного флота.

Правы были единомышленники Макарова, верившие вместе с ним, что «…в близком будущем обновленная Россия развернет во всей своей мощи и неисчерпаемые силы ее народа, использует непочатые сокровища ее природных богатств и смелая мысль русского богатыря Макарова будет осуществлена».

«Будут сооружены ледоколы, способные проходить среди льдов ледовитого моря так же свободно, как проходит „Ермак“ по льдам Финского залива, которые до него были также непроходимы».

«Омывающий наши берега Ледовитый океан будет исследован вдоль и поперек русскими моряками, на русских ледоколах, на пользу науки и на славу России».

Макаров же водил «Ермак» и в два пробные плавания в Ледовитый океан, в которых был собран интереснейший материал, обработанный Макаровым в книге «„Ермак“ во льдах».

По окончании работ с ледоколом в 1899 году Макаров получил назначение на должность главного командира Кронштадтского порта, где он с усердием принялся наводить твердый воинский порядок.

У него на работе и на службе «…одно требовалось от всех — исполнение поручения вполне добросовестное… Делать как-нибудь, отзвонить и с колокольни долой, у Макарова не полагалось». «Другое требование — никогда не откладывать до завтра то, что можно сделать сегодня».

Понятно, что при сношениях с учреждениями, встретив дело, которое не двигается, он искренно выражал свое негодование и всыпал кому следует по заслугам.

Являясь противником установившихся рутинных порядков, прогрессивный адмирал первым стремился создать новые взаимоотношения офицеров с нижними чинами (матросами) и, в первую очередь, сам заботился о подчиненных ему людях, как старший товарищ, как заботливый отец и как начальник.

Один из его сослуживцев отмечает, что он всегда хорошо знал всех своих людей и ему было в точности известно, кто какую работу сумеет выполнить. Он во всех своих должностях относился к матросу по-человечески, заботился о добром питании матроса, о хорошей подгонке обмундирования, о просвещении матроса, о его здоровье, об удобстве и осмысленности жизни.

Иногда он при посещении кораблей лично брал пробу пищи с общего котла и, в случае ее плохого качества, предлагал «попробовать да побольше» этой пищи и всему офицерскому составу.

Он хлопотал об увеличении приварочных денег для матроса более чем вдвое, организовал обучение коков и хлебопеков на флотах.

Он устроил при большинстве казарм свои бани и прачечные, ввел взвешивание матросов в установленные сроки, дабы следить за состоянием здоровья, ввел статистику заболеваний в госпитале для изучения санитарных вопросов и т. д.

Ни разу Макаров не наказал зря своих подчиненных, сознавая, что палочной дисциплиной ничего не добьешься, что важно разъяснить и потребовать сознательного исполнения.

Неудивительно поэтому, что Макарова на всех морях, кораблях и соединениях матросы любили, уважали, называли своим, хорошим и т. д.

Будучи волевым и организованным, он четко работал по составленному распорядку дня, систематически занимался физкультурными упражнениями — делал обтирания, гимнастику, прогулки. Никогда не предавался, по образу и подобию некоторых сверстников своих дворянской крови, кутежам и пьянкам. Настойчиво до последних дней вел он свой дневник, состоявший из чистых листов бумаги большого формата, переплетенных в толстый том. На этих листах велась запись о случившемся и наклеивались в хронологическом порядке всевозможные документы, дающие, при перелистывании книги, указания о том, что произошло в данный день примечательного… вырезки из газет… письма исключительной важности, фотографии встреченных лиц, виды посещенных местностей, краткая заметка о разговоре, о прочитанной книге…

Он никогда не стыдился своего происхождения, не тяготился своей родней и поддерживал с ней самую задушевную связь. В тяжелые моменты (материально) он обращался к старшему брату за помощью, а в нормальных условиях сам помогал своим родным и теплыми письмами, и деньгами, и советами.

В служебных делах Макаров также был аккуратен, бережен и, самое главное, честен.

Видя нарастание угрозы войны на Востоке, Макаров писал: «Обстоятельства так сложились, что японцы в настоящее время считают Россию истинным врагом для естественного, по их мнению, развития страны…» Макаров всеми силами стремился на боевую работу, горел желанием подготовить флот и победить Японию на море. Но его и не собирались посылать.

«Меня не пошлют, — говорил он, — меня пошлют тогда, когда дела наши станут совсем плохи, а наше положение там незавидное».

На Востоке же корабли беспечно стояли на рейдах без всякой охраны и затемнения, без паров в котлах и даже некоторые без боевых снарядов.

Все это способствовало легкому неожиданному нападению японцев и особенно беспокоило Макарова.

Не имея никакого служебного к этому отношения, он все же решил написать управляющему морским министерством свое знаменитое письмо: «Из разговоров с людьми, вернувшимися недавно с Дальнего Востока, я понял, что флот предполагают держать не во внутреннем бассейне Порт-Артура, а в наружном рейде… Пребывание судов на открытом рейде дает неприятелю возможность производить ночные атаки. Никакая бдительность не может воспрепятствовать энергичному неприятелю в ночное время обрушиться на флот с большим числом миноносцев и даже паровых катеров…