Цепкая память Гаврушкевича сохранила слова, сказанные Зининым Бородину в аудитории, то есть при свидетелях: «Г. Бородин, поменьше занимайтесь романсами; на вас я возлагаю все свои надежды, чтоб приготовить заместителя своего, а вы думаете о музыке и двух зайцах». Решение о дальнейшей судьбе ученика было принято профессором заблаговременно.

Ни химия, ни романсы не помешали Бородину сдать на отлично анатомию, физиологию, общую патологию, фармакологию, фармацию, общую и специальную терапию, хирургию, окулистику, акушерство, судебную медицину, медицинскую полицию (гигиену), экзооптические болезни (то есть ветеринарную эпидемиологию) и окончить академию «с особенным отличием». 17 марта 1856 года новоиспеченный лекарь получил похвальный лист, которым его удостоила Конференция академии в знак «нынешнего и залог будущего особенного своего к Вам внимания, твердо надеясь, что Вы ревностию к службе, прилежанием к усовершенствованию и распространению Ваших познаний и благоразумным употреблением оных на пользу общую неуклонно стараться будете оправдать доброе ее о Вас мнение». Характер молодого человека уже вполне сложился — Бородин был ярко выраженным перфекционистом.

Одного-двух лучших выпускников направляли на три года в петербургские госпитали, а затем — за границу, чтобы по возвращении они преподавали в академии. Именно такая дорога открывалась перед Бородиным, но он-то хотел стать химиком. Выбор между химией и музыкой не обсуждался, выбирать предстояло между химией и медициной. Места на кафедре Зинина пока не предвиделось, и Бородин старался попасть в ординаторы. При распределении предпочтение отдавалось казеннокоштным студентам, он же был своекоштным.

В романе Николая Гавриловича Чернышевского «Что делать?» (1862–1863), который сразу же был запрещен, а тираж изъят, тем не менее читали его все, под именем Дмитрия Лопухова выведен физиолог Иван Михайлович Сеченов. По крайней мере студенты Сеченова были в этом совершенно уверены. Но если вынести за скобки истребление Сеченовым лягушек — чем Лопухов не Бородин?

«…Лопухов точно был такой студент, у которого голова набита книгами… и анатомическими препаратами: не набивши голову препаратами, нельзя быть профессором, а Лопухов рассчитывал на это… По денежным своим делам Лопухов принадлежал к тому очень малому меньшинству медицинских вольнослушающих, то есть не живущих на казенном содержании, студентов, которое не голодает и не холодает. Как и чем живет огромное большинство их — это богу, конечно, известно, а людям непостижимо. Но наш рассказ не хочет заниматься людьми, нуждающимися в съестном продовольствии… Лопухов положительно знал, что будет ординатором (врачом) в одном из петербургских военных госпиталей — это считается большим счастьем — и скоро получит кафедру в Академии. Практикой он не хотел заниматься. Это черта любопытная; в последние лет десять стала являться между некоторыми лучшими из медицинских студентов решимость не заниматься по окончании курса практикою, которая одна дает медику средства для достаточной жизни, и при первой возможности бросить медицину для какой-нибудь из ее вспомогательных наук — для физиологии, химии, чего-нибудь подобного… Видите ли, медицина находится теперь в таком младенчествующем состоянии, что нужно еще не лечить, а только подготовлять будущим врачам материалы для уменья лечить. И вот они, для пользы любимой науки, — они ужасные охотники бранить медицину, только посвящают все свои силы ее пользе, — они отказываются от богатства, даже от довольства, и сидят в гошпиталях, делая, видите ли, интересные для науки наблюдения, режут лягушек, вскрывают сотни трупов ежегодно и при первой возможности обзаводятся химическими лабораториями… Вот к этим-то людям принадлежали Лопухов и Кирсанов. Они должны были в том году кончить курс и объявили, что будут держать (или, как говорится в Академии: сдавать) экзамен прямо на степень доктора медицины; теперь они оба работали для докторских диссертаций и уничтожали громадное количество лягушек…»

Действительно, 25 марта 1856 года по рекомендации Зинина Бородин стал сверхштатным ординатором Второго военно-сухопутного (Николаевского) госпиталя, а 3 апреля того же года — ассистентом при кафедре общей патологии и общей терапии академии, возглавляемой Николаем Федоровичем Здекауером, где «заведовал техническими упражнениями студентов». Вскоре после этого семья перебралась в дом Климовых на Большом Сампсониевском проспекте, по другую сторону от академии. В том же году кузина Бородина Мари Готовцева вышла замуж за его друга Ивана Максимовича Сорокина, в будущем профессора судебной медицины и ученого секретаря академии. Осенью она умерла в родах, и внезапно овдовевший «Макея» поселился вместе с Бородиным и его семьей.

В госпитале молодому врачу доверили холерное отделение. Через десять дней службы он дополнительно принял две палаты Первого отделения с обязательством каждое утро присутствовать при перевязках в еще трех, которыми ведал Иван Михайлович Балинский, с утра до ночи занятый в психиатрическом отделении. Служба приносила неоднозначные впечатления. Раз пришлось вытаскивать кость из горла кучера чрезвычайно высокопоставленного лица. Во время операции щипцы сломались. Когда всё благополучно завершилось, кучер бухнулся молодому врачу в ноги. «Я же с трудом удержался от того, чтобы не ответить ему тем же самым, — вспоминал Бородин. — Подумайте только, что бы было, если бы я завязил обломок щипцов в горле такого пациента!»

В детской памяти Мити запечатлелся другой случай: «В первый год службы брата ординатором госпиталя пришлось однажды ему, как дежурному, вытаскивать занозы из спин прогнанных сквозь строй шести крепостных человек полковника В., которого эти люди за жестокое обращение с ними, заманив в конюшню, высекли там кнутами. С братом три раза делался обморок при виде болтающихся клочьями лоскутов кожи. У двух из наказанных виднелись даже кости». Троекратные обмороки у врача, повидавшего виды в академических клиниках!

Третий случай — знакомство осенью 1856 года с семнадцатилетним подпрапорщиком лейб-гвардейского Преображенского полка Модестом Петровичем Мусоргским. Композиторы, в будущем составившие гордость русской музыки, встречались то на дежурствах в госпитале, то на вечерах у его главного врача Корнилия Адриановича Попова. Бородин «фотографически» запомнил Мусоргского, «только что вылупившегося из яйца», то есть выпущенного в полк: «М. был в то время совсем мальчонком, очень изящным, точно нарисованным офицериком: мундирчик с иголочки, в обтяжку; ножки вывороченные, волоса приглажены, припомажены, ногти точно выточенные, руки выхоленные, совсем барские… Он сидел за фортепьянами и, вскидывая кокетливо ручками, играл весьма сладко, грациозно и пр. отрывки из Trovatore, Traviata и т. д.». Осенью 1856 года Мусоргский уже играл наизусть из «Трубадура» и «Травиаты» Верди, впервые поставленных в Италии в 1853-м! Значит, не только в одежде поспевал за последним писком моды. Он уже мог гордиться некоторой известностью: была напечатана его полька «Подпрапорщик». Вот только «мальчонок» еще лет шесть не подозревал, что доктор медицины Бородин тоже пишет (и печатает!) музыку…

Окончательно превратившись в химика, Александр Порфирьевич так и не перестал быть врачом. Сергей Петрович Боткин свидетельствовал о его глубоком знании медицины. К Бородину постоянно обращались за врачебной помощью, он никогда не отказывал, но в сложных случаях обязательно направлял к специалистам. В последние дни жизни Авдотьи Константиновны сын дежурил у ее постели и сам вел историю болезни — по всем правилам, лишь почерк выдавал его переживания. 1 февраля 1868 года Александр Порфирьевич вступил в Общество русских врачей и в 1886-м был избран в почетные члены. В 1874 году на музыкальном вечере у Стасова пришлось оказать помощь Ивану Сергеевичу Тургеневу: писатель успел выслушать игру Антона Рубинштейна, а когда пришел черед играть Кюи и Мусоргскому, с ним как нарочно случился жестокий приступ подагры. Когда же Бородин оказывался летом в деревне, крестьяне шли к нему лечиться, и, несмотря на все возражения, женщины в благодарность несли продукты.