Через полгода после окончания академии 23-летний Бородин выдержал экзамен на степень доктора медицины, которая давала право занимать должности VII класса (то есть надворного советника, в армии — подполковника) и претендовать на потомственное дворянство. Зинин по-прежнему во всем присматривал за учеником, включая его гардероб. Профессор был легок на подъем: родился в Нагорном Карабахе, учился в Саратове и Казани, научные интересы часто заставляли его путешествовать по России и за границей, добираясь до Лондона. Возможно, безвыездное житье Саши в Петербурге, под крылом «тетушки» его беспокоило. Саша действительно был тогда исключительным домоседом, как и вся его семья, не имевшая поместий, дач или близкой родни в других городах. Поездки с Федоровым в Царское Село да к Зинину на дачу, где тот наставлял студентов в ботанике и минералогии, — вот и все вылазки за город. Неудивительно, что Бородин по-прежнему оставался болезненным юношей.
Николай Николаевич предпринимал всё от него зависящее для расширения кругозора ученика. Минули год и три месяца службы того сверхкомплектным ординатором — и вот Бородин командирован на четыре месяца за границу. Цель поездки — осмотр химических лабораторий и приобретение химических приборов для alma mater, но главным образом — исполнение обязанностей секретаря и переводчика придворного окулиста Ивана Ивановича Кабата, старшего врача глазного отделения Второго сухопутного госпиталя. Тот направлялся в Брюссель на Первый международный офтальмологический конгресс, а из языков знал только латынь. Таким образом, длинный список зарубежных поездок Александра Порфирьевича начинается и завершается Бельгией. Именно там через четверть века его музыка будет безоговорочно принята и безгранично любима.
Кабат и Бородин проездом осмотрели Берлин, от Франкфурта спустились на пароходе по Рейну до Кёльна. Двадцатилетней разницы в возрасте совершенно не ощущалось. В Берлине вместе отделались от назойливой попутчицы, предполагаемой родственницы Бородина княгини Имеретинской, «ибо возиться с бабьем очень скучно». В Кёльне вместе «потерялись перед колоссальным мистическим зданием» собора, потом на мосту «шибко приволокнулись за двумя девчоночками, особенно Иван Иванович» (неужели Бородин и в этом случае служил переводчиком?). Из Кёльна путь лежал в Париж. Остановились в «Отель дю Лувр». И город, и отель, и кухня, и непривычное для петербуржца изобилие фруктов — всё привело Бородина в совершенный восторг. 15 августа он отправил «тетушке» подробнейшее письмо с эпиграфом из репертуара раешников: «Вот город Париж, как въедешь, угоришь». Настроение у него было превосходное. Правда, не удалось застать никого из химиков, пришлось ограничиться визитами к медицинским светилам и осмотром лаборатории Марселена Бертло, но это путешественника не слишком огорчило.
Из Парижа двинулись к главной цели. Программа была составлена с размахом — конгресс в Брюсселе закончился не ранее середины сентября. 15-го числа члены оргкомитета (редколлегия журнала «Анналы офтальмологии» в полном составе) и их дамы устроили для гостей вечер у ресторатора Дюбо на улице Пютри. Молодой врач-переводчик тоже получил приглашение. На обратном пути путешественники посетили Лондон, Вену, Прагу и Лейпциг.
Поездка словно окрылила Бородина, следующий год стал в научном отношении очень плодотворным. 5 марта 1858 года на заседании физико-математического разряда Санкт-Петербургской академии наук Александр Порфирьевич сделал сообщение «Исследование химического строения гидробензамида и амарина», тогда же напечатанное в издававшемся на французском языке бюллетене академии (мудрость Авдотьи Константиновны, учившей Сашу языкам, вовсю приносила плоды). 3 мая Бородин защитил диссертацию, разработав тему на стыке медицины и химии: «Об аналогии мышьяковой кислоты с фосфорною в химическом и токсикологическом отношениях». К этому времени только-только стали требовать от диссертантов оригинальных исследований взамен более или менее упорядоченного изложения существующих взглядов на предмет. Бородин и физик Петр Алексеевич Хлебников впервые в истории академии защищались на русском, а не на устрашившей бы слух древнего римлянина латыни, ради передачи современных понятий немилосердно дополненной русизмами, германизмами и галлицизмами. Активное участие в диспуте на защите принял Дмитрий Иванович Менделеев. 26 ноября Бородин снова выступил в Академии наук, на сей раз с сообщением «О действии йодистого этила на бензоиланилид», также напечатанным в бюллетене.
В Медико-хирургической академии тем временем происходили перемены. Как говорили, «пеликаны улетели»: ушел в отставку президент Пеликан, следом уволился его сын Евгений, профессор судебной медицины и токсиколог, кстати, занимавшийся в лаборатории Зинина. 24 января 1857 года президентом МХА стал 42-летний Петр Алексеевич Дубовицкий. Он добился подчинения академии непосредственно военному министру, минуя всяческие департаменты, и развил кипучую деятельность. Значительно увеличилось число изучаемых дисциплин, появилось восемь новых кафедр, в том числе кафедра психиатрии Балинского и кафедра гигиены. Кабат, прежде проводивший лишь практические занятия в госпитале, наконец-то получил кафедру и клинику глазных болезней. Для студентов резко уменьшили число переводных и триместровых экзаменов, что было гуманно, но пошло во вред дисциплине. 11оявился Институт врачей, снабжавший педагогическими кадрами и саму академию, и университеты. Возобновились строительство новых зданий, ремонт госпиталей и клиник, славившихся своими «ужасами».
Ближайшими помощниками Дубовицкого были вице-президент академии Иван Тимофеевич Глебов и — Зинин. Благодаря им решительный перевес в Конференции «русской партии» на некоторое время свел на нет партийную борьбу и разрешил ситуацию, когда для студентов «вражеских» кафедр систематически не находилось то трупов, то препаратов. Глебов перешел в Петербург из Московского университета, поэтому вскоре была приглашена преподавать целая плеяда тамошних выпускников — Боткин, Сеченов, Юнге. Дубовицкий наибольшее внимание уделял клиникам, Глебов и Зинин — изучению теоретических дисциплин. Зинин с 1852 по 1864 год был ученым секретарем академии и входил чуть ли не во все комиссии, бесконечно учреждаемые по любому поводу. Идею, что «нужно еще не лечить, а только подготовлять будущим врачам материалы для уменья лечить», Чернышевский, можно сказать, позаимствовал у Зинина — тот всячески отстаивал первенство естественных наук в медицинском образовании. Кафедра химии расширялась. Вернувшись из поездки с Кабатом, Бородин смог перейти к Зинину ассистентом и стал руководить практическими занятиями второкурсников. Через два года он уже руководил аналогичными занятиями в Институте врачей, читал там курс химии в приложении к физиологии и патологии и курс истории развития химических теорий. Яростно громил он дуалистическую электрохимическую теорию Йёнса Якоба Берцелиуса, устаревавшую на глазах, и страстно пропагандировал новую тогда идею Шарля Жерара о реакциях двойного разложения.
Летом 1858 года Бородин отправился во второе в своей жизни путешествие, на сей раз — на север Костромской губернии, в древний Солигалич. Там издавна существовал соляной промысел, в 1821 году отданный в вечное и потомственное владение купцам-старообрядцам Кокоревым. В 1823 году взамен старых истощенных колодцев владельцы начали сверлить новый артезианский и через девять лет достигли глубины в 101 сажень. Целебную силу минеральной воды быстро оценили местные жители. В 1839 году ее испробовал на себе 22-летний Василий Александрович Кокорев, будущий нефтепромышленник и миллионер. Будучи человеком предприимчивым, он уже через два года открыл в Солигаличе небольшую водолечебницу, а в 1858-м возвел новое здание, гораздо больше прежнего, и пожелал сделать подробное химическое исследование воды. По рекомендации Зинина был выбран Бородин.
Александр Порфирьевич выехал в Солигалич в мае. По железной дороге добрался до Москвы, оттуда двинулся на лошадях через Ярославль, Кострому, Галич и все лето провел на водах. Петербуржец впервые окунулся в мир старинных русских городов (хотя некоторые здания Солигалича, которые сегодня кажутся весьма старинными — например, деревянные торговые ряды с колоннадой на греческий манер, — тогда были вполне новыми).
