До конца мая продолжались экзамены, отчего требовалось являться, как положено, в мундире. Бородин был уже статский советник, его высокородие: «А какой я смешной в енаральской-то форме, «старичок» совсем. Ужасно старообразит этот костюм, частью сам по себе, частью потому, что мы не привыкли видеть его на молодых. Зато как я возложил на себя амуницию, от меня распускалось такое сияние во все стороны, что можно с меня писать картину преображенья, в роде Рафаелевской; сияет воротник, сияют обшлага, сияют 16 пуговиц, как звезды, сияют эполеты (убийственно!), как два солнца, сияет темляк, сияет околыш кэпи, одним словом «ваше сиятельство» — да и только». Не в чинах счастье, 32-летнему профессору-генералу уже хотелось выглядеть… чуточку помоложе.

Тем временем в Москве у брата Екатерины Сергеевны Алексея родилась дочь Елена. По такому торжественному случаю переводчица с английского Мария Ивановна Ловцова презентовала новоиспеченной тете только что вышедшую книгу Чарлза Веста «Уход за больными детьми». Мнительный, склонный к хандре Алексей Сергеевич был в семье «горемычнейшим». На тот момент он имел 800 рублей долга и опасное заболевание глаза, следовательно, был отправлен к зятю в Петербург. Бородин обегал с ним офтальмологов-«глазодеев», договорился об операции. У него самого разболелись зубы, вздулся флюс. Только к 3 июня медицинские хлопоты завершились. Родственники и Лина, в присутствии Алексея превращавшаяся в «кокетиптшу несообразную», пообедали пирогом с сигом и вязигой, и Бородин начал хлопотать об отпуске. Он явно вздохнул свободнее, ибо к посланию «трем Катеринам» — теще, жене и жене шурина, для удобства именуемой в семье «Кисой», — приложил стихотворный портрет всех троих. О любимой супруге сказано с особенным вдохновением:

Далее идут натуралистические подробности, достойные завсегдатая клиник МХА. Ночами Екатерину Сергеевну, случалось, мучили приступы кашля, отпускавшие лишь к шести-семи часам утра. От этого у нее развилась привычка менять день и ночь местами. Вопреки недомоганиям присутствие в доме Екатерины Сергеевны автоматически означало прокуренные комнаты и множество окурков на полу — привычку эту она явно приобрела еще до начала совместной жизни с некурящим мужем.

Наконец отпуск был получен, Бородин отбыл в Москву, а уже в пятницу 24 июня посадил в поезд Алексея, ехавшего в Петербург оперировать глаз, и Екатерину Сергеевну, у которой тоже что-то случилось с глазами. Вечером до ужина прогуливал по Тверскому бульвару оставшихся в Москве двух Катерин. Жара стояла тяжелая и душная. В субботу в шесть утра Александр Порфирьевич спасся от домашней духоты на Тверской бульвар, а в 10 часов укатил в Петровско-Разумовское — в Земледельческую и лесную академию, к профессору органической и агрономической химии Павлу Антоновичу Ильенкову. Пообедал, нагулялся и, говоря бородинским языком, «полупил» пить чай к «кузену-бабену» (Дмитрию Семеновичу Ступишину, двоюродному брату Екатерины Сергеевны). От него — к другому бабену-бабнику, Пановскому, с которым еще в прошлые приезды задушевно подружился. Вечером прогуливал по Тверскому бульвару Кису, совсем захлопотавшуюся с ребенком. Как видно, в Москве Александр Порфирьевич стал своим человеком, очаровав и «присвоив» родственников и знакомых жены.

В воскресенье Протопоповы лакомились клубникой. В понедельник… «Вы не можете себе представить, маленькая Точечка, до какой степени меня обрадовало Ваше милое письмо. Знаете ли, Зозо, что я почти всю ночку плохо спал и встал утрецом раным-рано; все думал об маленькой Точечке». Однажды Бородин записал на листке дату объяснения с Екатериной Сергеевной в Гейдельберге и окружил ее венком из нежных прозвищ, беспрестанно им изобретаемых. Читать их и трогательно, и грустно: словно в постоянных разлуках Бородин поддерживал в себе столь дорогое ему чувство, заполнял неизбежно росшую между ним и женой трещину, когда прибежищами их любви оставались лишь почтовая бумага да собственное воображение.

Неделя прошла в хождении с книгами то в парк Голи-цынской больницы — в компании обожавших Александра Порфирьевича окрестных собак, то в Нескучный сад. В умилении крошечной племянницей жены, в успокоении тещи — вековечной «страдалицы за всех отсутствующих». В пятницу пришла радостная весть: Алексея оперировали успешно, Екатерине Сергеевне операция не требуется. Помимо любвеобильных собак Бородина осаждали любезностями некая «глупая барыня» Наталья Сергеевна и — Пановский. Пред последним Бородин явился во всеоружии искусства десмургии (то бишь бинтования), ибо тот, невзирая на почтенные лета, изощрялся «прыгать на гнилом мосту в имении Шиловских, причем мост провалился и поглотил собою Николая Михайловича, или точнее его правую ногу. Делая медицинский осмотр, я пришел к крайнему удивлению, увидав у Старца такие здоровенные, мускулистые ноги, каким позавидовал бы каждый из нас. О Калиостро! Мне кажется, что Старец в самом деле черно-книжничает».

Сие было в воскресенье. Ко вторнику Бородин перебил в квартире тысячи мух и более-менее обуздал «протопоповизм», то есть безграничную мнительность тещи. Всю следующую неделю он то удирал от родственников и знакомых в Нескучный заниматься, то мчался в центр города вывести на прогулку умаявшуюся Кису. Во вторник 12 июля повез тещу в Останкино на дачу к Ступишиным. Собрав всех юных девиц, каких нашел в доме, статский советник повлек их в Петровско-Разумовское кататься на лодке в обществе лаборантов Ильенкова. Увидев столько незнакомых мужчин, девицы словно воды в рот набрали, зато потом по дороге домой щебетали без умолку. В среду отправились в великолепную запущенную усадьбу Свиблово с романтическими развалинами барского дома и одичалым парком. В четверг под вечер вернулись в Голицынскую больницу. В пятницу теща, то есть «Мама», варила варенье из дынных корок. Все шло отлично, если не считать разлуки с женой. «Мама», впрочем, ежеминутно окружала бледного и худого, на ее взгляд, зятя заботами: «Она иногда поднесет мне не вовремя в виде сюрприза: то дыньку, то ягодок, то простоквашки, то сливочек и пр. — а я вдруг откажусь: что де на ночь, или натощак, или перед обедом не след есть этого. Вообще, если бы я слушался Мамы — давно бы объелся и умер».

Химия и медицина то и дело мелькают в этих каникулярных письмах. О музыке за два месяца — ни слова. В июне разок заходил Кюи, но друзья не «мусикийствовали». Музы молчали, даже слезы у них иссякли.

Весь 1867 год прошел под знаком общественно значимых событий. 28 декабря в Петербурге открылся Первый съезд русских естествоиспытателей, а в полдень 3 января следующего года Бородин открыл третье и последнее заседание химической секции сообщением о производных валерианового альдегида. Вечером того же дня химическая секция единодушно «определила просить об учреждении Русского химического общества» — уже не «домашнего», как в Гейдельберге, а всероссийского. Видимо, с тех времен повелась традиция «химических обедов» вскладчину, на которые петербургские химики ежегодно собирались в последних числах декабря. Первым президентом Общества стал Зинин, устав написал Менделеев. В число отцов-основателей вошел и Бородин.

Занимаясь фундаментальными работами, он уже тогда стал обращать внимание на темы практические — вероятно, по инициативе врачей академии. Среди медиков шли жаркие дискуссии о пользе и вреде опийных препаратов — Бородин напечатал в «Протоколах общества русских врачей за 1867 год» работу «Исследования бухарского опия».