Подробно был осмотрен остров Иессо (Хоккайдо), тогда населённый айнами и не принадлежавший Японии, ряд мелких островов. Вдоль берега Иессо русские вышли к Лаперузову проливу, за которым виден был Сахалин. Японцы называли его Карафуто. Крузенштерн узнал и об островах Курильской гряды — Кунашир, Шикотан и Итуруп, открытых в 1792 году русским путешественником Лаксманом. Их тоже населяли айны.

Зайдя в Петропавловск, где высадились Резанов и Лангсдорф, «Надежда» вернулась для исследовательских работ к Курильским островам и Сахалину.

Весной 1804 года «Нева», нагруженная пушным товаром, отправилась к Ситхе. За зиму Баранов, помирившись с колошами, отстроил Ново-Архангельск заново. В нём появилось восемь зданий, о которых Лисянский написал: «По величине и по виду своему могут почтены быть красивыми и в самой Европе». Лисянский составил карту и описание группы Ситхинских островов, а кроме того, краткий словарь языков и диалектов Северо-Западной Америки.

На острове Крузе, названном именем русского адмирала, под командой которого Лисянский воевал когда-то, он совершил восхождение на гору Эджкомб. С вершины открылась удивительная картина восточной части Русской Америки. Лисянский с восторгом писал: «Стоя на вершине горы, мы видели себя окружёнными самыми величественными картинами, каковые токмо природа представить может. Бесчисленное множество островов и проливов до входа [в залив] Креста и самый материк, лежащий к северу, казалися под нашими ногами, горы же по другую сторону Ситхинского залива представлялись как бы лежащими на облаках, под нами носившихся».

   1 сентября «Нева» покинула Ситху, направившись в китайский порт Кантон. В нём или в каком-то другом китайском порту предстояла встреча с «Надеждой».

Тем временем Крузенштерн, доставив российского посла Николая Резанова в Японию, вернулся в Петропавловск-Камчатский, проведя по пути съёмку западного берега острова Хоккайдо, а затем — восточного, северного, западного берегов Сахалина. Им было нанесено на карту около тысячи вёрст береговой линии острова.

Но Крузенштерн, как и 18 лет назад ходивший в этих водах на двух шлюпах «Буссоль» и «Астролябия» Жан Франсуа Лаперуз, не смог установить островное положение Сахалина. Продвигаясь с севера по Сахалинскому заливу, он увидел, что тот резко сужается к югу и очень сильно уменьшается глубина. Рискуя оказаться на мели, Крузенштерн повернул «Надежду» назад, подтвердив вывод Лаперуза о соединении Сахалина с материком. Впрочем, он заметил в своём отчёте, что дальнейшее исследование этого района было бы «не бесполезным», поскольку «оставалось ещё неизведанное пространство, составляющее от 80 до 100 миль, а положение устья Амура не определено с достаточной достоверностью».

21 сентября Петропавловскую гавань покидает «Надежда», она берёт курс на Кантон, где по договорённости предстоит встреча с «Невой». Через два месяца «при крепком ветре и дожде» Крузенштерн вводит свой корабль в порт Макао. Тогда это была португальская колония на территории Китая. Совсем рядом — Кантон, где в устье реки Тигрис уже стоит «Нева», прибывшая на 17 дней раньше.

«Кантон стоит на реке Тигрисе, — писал Лисянский, — по внешнему виду он похож на большую деревню, а внутри представляет собой гостиный двор. Каждый дом служит купеческой лавкой, а улицы вообще могут быть названы рядами разных товаров и ремёсел. Улицы в нём узки, а ввиду большого количества народа, который их постоянно наполняет, проходить по ним очень трудно.

Находящаяся в городе набережная придаёт ему важный вид. На ней выстроены прекрасные здания, принадлежащие европейским купцам. Кроме европейских и американских кораблей, которые ежегодно вывозят отсюда до 30 000 тысяч разных товаров, вся Индия и морской берег до Малаккского пролива ведут с ним торговлю. Вследствие чрезвычайной многолюдности, здесь ни в чём не может быть остановки, хотя бы удвоилось упомянутое число приходящих кораблей...»

О китайцах Лисянский сообщал, что они «...очень понятливы и восприимчивы... Каждый из них в своём деле искусен и проворен. Нет вещи, которой они не в состоянии были скопировать с изумительной точностью... Кажется, их нежные руки для этого нарочно созданы... В обхождении китайцы чрезвычайно вежливы и приветливы. Повиновение же их беспредельно, так как у них на всё предписаны законы». Крузенштерн также подробно рассказывал о своих китайских впечатлениях, но он мог сравнить их с японскими, где, в отличие от Китая, сохранялась изоляция от иностранцев.

Описание плавания у Крузенштерна было более деловое и суховатое. Лисянский же старался не пропускать интересных подробностей. Например, однажды моряки поймали необыкновенного вида медузу. Она была похожа на голубой цветок с синим ободком вокруг беловатого холмика («пуговицы»). Размером не более 15 сантиметров, медуза имела множество ножек, усеянных маленькими бугорками, напоминавшими запонки.

Другое событие: пять кораблей на горизонте, по виду американских, настигли две большие вооружённые лодки «на гребле и под парусами». Корабли подняли флаги и стали беспорядочно группироваться. Лисянский подумал: не малаккские ли корсары атаковали корабли из Соединённых Штатов. Он решил, что лучше «Неве» приблизиться к «Надежде»: уж на два военных корабля пираты не отважатся напасть.

То один, то другой островок появлялся по курсу кораблей... то справа, то слева. Но они проходили мимо, исправляя по ходу неточности карты, встречающиеся довольно часто.

В частности, неправильно было указано местонахождение небольшого островка Кракатау, ставшего знаменитым после извержения одноимённого вулкана в 1883 году. Тогда была разрушена большая часть острова, на месте извержения образовалась впадина глубиной 28 метров, а от цунами на берегах Явы и Суматры погибло около 40 000 человек...

Когда «Нева» выходила из Зондского пролива, умер матрос Степан Коноплев, страдавший расстройством кишечника — диареей. Его лечили, но ничего не помогало, он катастрофически худел, превратившись буквально в мумию: кожа да кости. У западного мыса острова Ява по старинному обычаю тело матроса было опущено в морские глубины.

8 марта показался остров-атолл Кристмас (Рождество), открытый в 1777 году Дж. Куком. Безветрие долго не позволяло удалиться от острова. Именно около него внезапно исчезли жёлтые водяные змеи, достигавшие в длину четырёх метров; они сопровождали корабли от самых берегов Китая.

После возвращения из кругосветного плавания Иван Фёдорович Крузенштерн ещё почти 40 лет занимался научной и организационной работой в российском флоте. Этих лет ему хватило на то, чтобы обработать и обобщить материалы плавания, разработать проекты дальнейших исследований, поддержать новые экспедиции. Исполнял он и должностные обязанности — командовал кораблём «Благодать» в Кронштадте, был инспектором Морского кадетского корпуса, служил в русской дипломатической миссии в Лондоне (почти ежегодно ездил по Англии, о чём потом написал записки, до сего времени не опубликованные).

Весной 1815 года граф Румянцев вызвал Крузенштерна в Петербург для подготовки новой экспедиции — поиска северо-западного прохода в Атлантический океан. Во главе был поставлен молодой мореход Отто Коцебу, которого брал с собой в кругосветное плавание Крузенштерн. Экспедиция отправилась на судне «Рюрик» с подробной инструкцией Крузенштерна. А Иван Фёдорович был уволен Адмиралтейством в бесконечный отпуск для издания своих трудов.

Крузенштерн уехал в Эстонию и стал жить на мызе Асе, близ Ревеля. Планы были большие: кроме книги о путешествии в 3-х частях, он задумал издать Атлас Мирового океана с полным его гидрографическим описанием. Эту идею поддержал и Головнин, и генерал-гидрограф Сарычев, но холодно отнёсся к ней морской министр де Траверсе. Всё же он вынужден был смириться, когда Адмиралтейств-коллегия постановила издать «Гидрографию» Крузенштерна в 300-х экземплярах, но на публикацию Атласа так и не согласилась. Пришлось обращаться непосредственно к Александру I. Тем временем де Траверсе на посту министра сменил А.В. Моллер, и с разрешения императора были опубликованы 100 экземпляров Атласа. Крузенштерн, награждённый за Атлас орденом Св. Владимира 2-й степени, вернулся в состав Адмиралтейского департамента, где долго сотрудничал с Головниным и Беллинсгаузеном. Летом 1826 года после выхода в свет 2-й части Атласа Академия наук присвоила первому русскому кругосветному путешественнику звание ординарного академика. Через 10 лет Крузенштерну присуждается академическая Демидовская премия. Редкий случай в истории этой престижной для учёных России премии — Крузенштерн отказался от неё в пользу других соискателей.