Осажденные запросили у Шамиля разрешения оставить аул в виду невозможности его дальнейшей защиты, но получили решительный отказ и обещали биться до конца.

Упорная защита сопровождалась непрерывными вылазками. Но осажденные все больше испытывали нужду в пище и недостаток в оружии. Сверх того среди защитников Салта разразилась холера, вызванная тем, что от аула отвели воду, а в те источники, которые не удалось перекрыть, сваливали навоз и дохлую скотину.

Войска Воронцова исправно получали пополнение и все необходимое, включая говядину и водку, из заранее устроенных тыловых складов. Для этого специально были исправлены дороги, построены мосты и заняты удобные переправы. Хаджи-Мурад пытался помешать поставкам, регулярно нападая на колонны и транспорты, однако не в силах был их остановить.

Защитники Салта высмотрели, где были устроены пороховые склады Воронцова, и двое мюридов отважились сделать ночную вылазку. На пути им пришлось выдержать несколько стычек, один из мюридов погиб, но другой, смертельно раненный, все же сумел добраться до цели. Отбиваясь от караула, он бросился в пороховой погреб и взорвал его вместе с собой.

Но осадные работы не прекращались ни на день. Отвлекающими маневрами и демонстративными подкопами удалось отвлечь горцев и скрытно подвести минные галереи под основные крепостные сооружения. 8 сентября с помощью новшества гальванических батарей — были синхронно произведены грандиозные взрывы. Небо сделалось черным, а когда дым рассеялся, оказалось, что главная башня и стены вокруг нее почти полностью уничтожены.

Под массированным пушечным огнем Аргутинский бросил свои отряды на решительный штурм. За разрушенной стеной их встретили уцелевшие ярусы обороны.

Аргутинский был ранен в лицо, но продолжал руководить штурмом. Он велел устроить в уцелевших башнях свои батареи, чтобы громить аул уже прямой наводкой.

Еще несколько дней продолжались отчаянные схватки в лабиринтах салтинского монолита. Осыпаемые пулями и градом камней солдаты брали завал за завалом, саклю за саклей. Горцы запирались в последних укрытиях и не желали сдаваться. Тогда внутрь летели гранаты, которые горцы, если успевали, выбрасывали обратно.

Только 14 сентября последние уцелевшие защитники оставили превращенный в груду камней Салта. Однако на этом военные действия не прекратились: беззащитный аул подвергся полнейшему разрушению, пока не превратился в курган из камней посреди гигантского пепелища.

Отслужив панихиду по убитым, Воронцов обратился к войскам с торжественной речью. Поздравив войска с победой и отдав им должное за "неустрашимость в боях и в штыковом деле", главнокомандующий обрисовал общий ход операции и отметил мужество горцев, которые "дрались отчаянно", но последнее объяснил "страхом перед Шамилем". Потери он назвал не особенно великими, тем более что "славно умереть за веру, Царя и Отечество", а солдат объявил "достойными подданными великого государя", у которого обещал испросить для всех достойной награды.

Награды последовали весьма скоро: офицеры получали ордена и новые звания, а отряды — памятные знамена с надписью "За Салты".

Были захвачены и трофеи — несколько пушек и знамен Шамиля. Но главной добычей Воронцов считал найденные неподалеку месторождения каменного угля и торфа. Теперь Воронцов мог обеспечить зимними квартирами свои войска в Кази-Кумухе и Хаджал-махи, не отводя их в более теплые приморские гарнизоны. Тем самым утверждались позиции на кордонной линии у границ Имамата, затруднявшие Шамилю вторжения в подвластные Воронцову дагестанские владения.

Взятие Салта стало первой победой Воронцова над Шамилем. Но триумф наместника омрачался тем, что ни тот ни другой не принимали в битве непосредственного участия. А также огромными материальными потерями (было выпущено более 12 тысяч артиллерийских снарядов) и большим количеством жертв, делавшими победу весьма относительной.

Погибшие на войне — дело неизбежное. Но, к несчастью для Воронцова, среди убитых был и специальный посланник Генерального штаба граф У. Гейден, известный особым расположением к нему императора. В целом же штурм Салта стоил Воронцову 535 убитых и 1888 раненых.

Шамиль, в свою очередь, не считал Салта своим поражением. Хотя со стороны горцев потери тоже были немалые: только в Салта погибло более 500 человек, среди которых был и наиб Идрис Гергебильский.

Жертв со стороны Воронцова могло быть еще больше, если бы не присутствие на театре военных действий знаменитого хирурга Николая Пирогова.

К тому времени профессор госпитальной хирургии и прикладной анатомии Пирогов был мировой знаменитостью. Как особо одаренный "природный россиянин", он учился за казенный счет у лучших зарубежных анатомов и хирургов, которых затем и превзошел. Многочисленные опыты над животными, изучение распилов замороженных трупов, большой практический опыт одаренного хирурга сделали его недосягаемым авторитетом. А научные труды Пирогова по военно-полевой хирургии, его анатомические атласы, "Начала военно-полевой хирургии", "Курс прикладной анатомии человеческого тела" и многие другие стали классическими для многих поколений хирургов.

На Кавказе Пирогов не только спасал раненых, но и продолжал свои научные исследования, впервые в полевых условиях применив эфирный наркоз, гипсовые повязки и замену ампутаций резекциями.

Как истинный врач, Пирогов не делал различия между «своими» и «чужими», оказывая необходимую помощь всем, кто в ней нуждался, включая пленных горцев, найденных в руинах Салта. И даже когда еще продолжалась осада, Пирогов являлся в Салта, чтобы помочь тяжелораненым горцам. При операциях они отказывались от наркоза, считая его "шайтанским дурманом".

Ассистентами Пирогова были русские и горцы — местные лекари. Он многому научил их, но учился у них и сам.

Лекари Шамиля тоже не оставляли без помощи раненых солдат. Только операции они производили обычными кинжалами, лишь прокалив их над огнем, а вместо гипсовых повязок применяли вывернутые свежие шкуры баранов, тем же кинжалом зарезанных. Искусные руки и верный глаз горских хирургов творили чудеса: ампутации крайне редко кончались смертью пациентов. Одному пленному офицеру они даже вскрыли череп и вынули застрявшую там пулю, после чего офицер прожил еще много лет в полном здравии.

Наглядным олицетворением искусства горских врачей был сам Шамиль, множество почти смертельных ран которого были излечены без тяжелых последствий.

Пирогов вернулся в Петербург с большим багажом. Ученые восторгались блестящими результатами, его опытов с наркозом в боевых условиях. А обыватели толпились у анатомического театра, где был выставлен привезенный Пироговым необыкновенный трофей — череп убитого наиба Идриса. Правда, привез он его в совершенно иных целях — для изучения антропологического типа кавказских горцев. Однако до этого дело так и не дошло, и практические соображения отступили под напором небывалого интереса публики.