К сожалению, ответ императора Александра пришел скорее, чем ожидал Кутузов. В своем рескрипте он изъявлял фельдмаршалу неудовольствие. «Из донесения вашего, с кн. Волконским полученного, известился я о бывшем свидании вашем с французским генерал-адъютантом Лористоном, — писал Александр. — При самом отправлении вашем к вверенным вам армиям, из личных моих с вами объяснений, известно вам было твердое и настоятельное желание мое устраняться от всяких переговоров и клонящихся к миру сношений с неприятелем. Ныне же, после сего происшествия, должен с той же решимостью повторить вам, дабы сие принятое мною правило было во всем его пространстве строго и непоколебимо вами соблюдаемо… Все сведения, от меня к вам доходящие и все предначертания мои в указах на имя ваше изъясняемые, одним словом, все убеждает вас в твердой моей решимости, что в настоящее время никакие предложения неприятеля не побудят меня прервать брань и тем ослабить священную обязанность — отмстить за оскорбленное отечество».

Таким образом Кутузов побуждаем был к открытию военных действий против Наполеона. Сам Наполеон, не получая ответа на предложение Лористона, также начал 1 октября готовиться к выступлению из Москвы, стягивая по ней все свои разбросанные в окрестностях Москвы отряды и отправляя тяжести, а также больных и раненых солдат по Можайской дороге в Смоленск. Армия его, не смотря на потери при Бородине и во время стоянки в Москве, заключала в себе еще более 100 000 человек, но кавалерия его страдала недостатком лошадей; не хватало их и для артиллерии. Наполеон чувствовал невозможность отступления по разоренной Смоленской дороге и решил, обойдя левый фланг Кутузова, двинуться чрез Малоярославец к Калуге, чтобы отступать по местам, не тронутым войною, где он мог иметь продовольствие и фураж. Днем выступления из Москвы Наполеон назначил 7 октября, но уже накануне он неожиданно получил известие о начале наступательных действий со стороны Кутузова и о поражении Мюрата при Тарутине.

Фельдмаршал успел довести в Тарутине численность своей армии до 95 000 человек, но, верный своему плану, не хотел пробуждать Наполеона из его бездействия. Однако, в конце концов, он не мог устоять против всеобщих упреков в бездеятельности, в особенности когда узнал, что их разделяет сам государь. Поэтому он позволил генералу. Беннигсену напасть на Мюрата, который беспечно расположился на реке Чернишне, с 25 000 человек, пред Тарутинским лагерем. 6 октября Мюрат был внезапно атакован русскими войсками и совершенно разбит. Кутузов не преследовал неприятеля, чтобы не встретиться с Наполеоном, который мог поспешить на помощь своему авангарду, и возвратился в Тарутинский лагерь. Но Наполеон, узнав о поражении Мюрата, понял, что нельзя терять времени для отступления. Утром 7 октября французская армия двинулась из Москвы по старой Калужской дороге, сопровождаемая огромными обозами с награбленной добычей. В Москве Наполеон оставил на два дня корпус маршала Мортье, чтобы прикрыть свое отступление от русских отрядов, стоявших на севере, и в бессильной злобе на русских приказал ему, при окончательном очищении Москвы, взорвать Кремль и дом графа Растопчина, уцелевший от пожара. К счастию, это варварское повеление французам не удалось исполнить в точности: пострадала от взрыва лишь часть Кремлевской стены и некоторые Кремлевские здания; уцелел случайно и дом Растопчина.

Наполеон двинулся по старой Калужской дороге навстречу Кутузову, полагая, что русские будут преследовать Мюрата. Убедившись, что Кутузов возвратился в Тарутинский лагерь, Наполеон поспешил повернуть войска на новую Калужскую дорогу к Малоярославцу, надеясь занять его ранее русских. Счастие благоприятствовало ему в этом движении. Несмотря на то, что французы двигались очень медленно, стесняемые огромным количеством обозов, несмотря на то, что они окружены были сетью русских партизанских отрядов, передовые французские войска были уже в Боровске, в двух переходах от Малоярославца, когда об отступлении Наполеона узнал Кутузов. Известил его об этом Дохтуров, корпус которого выдвинут был по направлению к Боровску для наблюдения за новой Калужской дорогой. Французы так были уверены в возможности занять Малоярославец прежде прибытия русских, что не спешили походом, и даже, подойдя к городу, не ввели в него значительных сил. Между тем, Дохтуров, по приказанию фельдмаршала, уже спешил преградить французам дорогу. После трудного похода по проселочным дорогам и затруднительной переправы через реку Протву, на которой пришлось навести мосты, Дохтуров на рассвете 12 октября явился к Малоярославцу и тотчас же занял город, выбив французов из занятого ими квартала. Тогда и французы ввели в бой значительные силы. На улицах города началось кровопролитное сражение, продолжавшееся весь день; город переходил из рук в руки. В полдень приехал к Малоярославцу сам Наполеон, а вслед затем на помощь к Дохтурову явился из Тарутина и Кутузов со всей своей армией, сделав утомительный ночной поход. Наполеон увидел, что дальнейшее движение его в Калугу возможно будет только лишь после победы над Кутузовым, а между тем ночью Кутузов занял позади Малоярославца неприступную позицию, с твердой решимостью не пускать Наполеона далее. «Завтра, — доносил он в тот же день государю, — полагаю, должно быть генеральное сражение, без которого я ни под каким видом Наполеона в Калугу не пущу».

Но до сражения дело не дошло. Наполеон знал, что сражение, каков бы ни был его исход, будет пагубно для расстроенной французской армии, лишенной кавалерии, военных и продовольственных запасов и охваченной народной войной. Сильное впечатление на Наполеона произвел набег в ночь с 12 на 13 октября казачьих партий на Боровскую дорогу, при чем они захватили 11 французских партий и едва не взяли в плен самого Наполеона: он спасся лишь потому, что казаки, не заметив его присутствия, бросились грабить бочонки с золотом. После долгого раздумья, узнав, что и дорога на Медынь занята русскими войсками, он решился, наконец, отступать к Смоленску по знакомой, разоренной Можайской дороге. Между тем Кутузов приблизился к Медыни на случай, если бы французы решились пробиваться по Медынской дороге. Узнав о движении французов на Смоленскую дорогу чрез Можайск, Кутузов отправил для преследования Наполеона сильный отряд под начальством Милорадовича и казачьи полки Платова, а сам двинулся кратчайшим путем наперерез французам к Вязьме. С этого времени начался новый оборот войны, и французская армия, в бегстве своем из России, испытывала только ряд поражений, пока наконец она не подверглась почти полному уничтожению.

После боя при Малоярославце, жители Калуги, боясь нашествия врага, находившегося всего в 40 верстах, послали нарочных к Кутузову узнать о предстоящей им будущности. «Уверьте их, — отвечал фельдмаршал Калужскому городскому голове, — что я никак не ретируюсь, и что цель моя не в том состоит, чтобы выгнать неприятеля из пределов наших, но чтобы, призвав на помощь Всемогущего Бога, изрыть им могилу в недрах России». Уверенный в достижении своей цели, Кутузов и делал свои распоряжения о преследовании неприятеля.

Старый, испытанный в военном деле вождь, заставив неприятеля отступать по опустошенной дороге, нимало не сомневался в том, что французская армия, увеличивая свой бег по мере приближения к русской границе, на протяжении 800 верст, и испытывая всевозможные лишения, не имея впереди никакой точки опоры, должна будет погибнуть. Преследование французов русскими войсками должно было только увеличить беспорядок в их рядах, не давая им опомниться и остановиться для отдыха. Но, неутомимо преследуя французскую армию, русские войска также должны были бы испытывать лишения, нести потери больными и отсталыми, как и французы. Поэтому Кутузов преследовал французов только передовыми и легкими войсками, а сам с главными своими силами совершал фланговое движение, идя по кратчайшему пути на перерез Наполеону к Вязьме и Красному и прежде всего думая о продовольствии и здоровье войск. «Все это развалится и без меня», говорил он, когда генералы побуждали его к решительным действиям против французов, мало способных к упорному сопротивлению. бесполезные для главной цели Кутузова сражения и кровавые стычки не возбуждали его честолюбия, хотя и увенчивались победами: «за одного русского не возьму я и десяти французов», повторял он и с негодованием слушал крики английского генерала Вильсона, уверявшего, что «победа заменяет продовольствие», и готового жертвовать всеми русскими войсками для гибели Наполеона. И действительно, отступление Наполеона было так быстро, лишения войск русских, его преследовавших, были так велики, несмотря на всю предусмотрительность фельдмаршала, что чрез два месяца, по приходе в Вильну, в русской армии, насчитывавшей в своем составе при выходе из Тарутинского лагеря до 95 тысяч человек, оказалось всего 27 000, т. е. менее трети всего ее состава.