Оправданием союзников было противодействие нацизму, все ужасы которого стали известны только после войны.

Ученые, работавшие на стороне союзников, были убеждены, что работы по созданию атомной бомбы в Германии уже велись. Кроме того, заслуги Гейзенберга как ученого заставляли их думать, что немецкая программа продвинулась очень далеко. Такова ирония истории: и немцы, и союзники были убеждены, что Германия ушла далеко вперед. Союзники даже планировали похитить Гейзенберга или убить его, чтобы замедлить работу над немецкой ядерной программой.

После атомной бомбардировки Японии участники Манхэттенского проекта испытали удовлетворение: и бомба создана, и война позади. По-видимому, после капитуляции Германии в мае 1945-го немногие вспомнили о причинах, по которым присоединились к проекту. Таким исключением стал Джозеф Ротблат, который в конце 1944 года, когда поражение Германии стало очевидным, решил покинуть Лос-Аламос. Военным этот шаг показался подозрительным, и Ротблат даже столкнулся с определенными трудностями, пытаясь восстановиться на прежней должности в Ливерпульском университете. Этот ученый был одним из вдохновителей Пагуошского движения ученых, целью которого было ограничение использования ядерного оружия. За свою деятельность в 1995 году он был удостоен Нобелевской премии мира. Таким же исключением стали Джеймс Франк, Лео Сциллард и еще пятеро ученых из Чикаго, работавших на Манхэттенском проекте. За месяц до первых испытаний ядерного оружия они подготовили доклад, в котором напомнили об основных мотивах, побуждавших всех ученых принимать участие в проекте. Так как Германия была близка к поражению, авторы доклада предложили провести испытания в пустыне и пригласить наблюдателей из разных стран. Эти ученые, несомненно, не осознавали, что холодная война уже началась, и ядерное оружие было необходимо для дальнейшего противостояния.

По окончании войны Гейзенберг активно участвовал в восстановлении немецкой науки. Он совершил несколько важных открытий, однако так и не смог вновь достичь своего довоенного уровня. До середины 1950-х годов почти вся деятельность ученого была связана с научной политикой. Он написал сборник исторических заметок, в которых объяснил, почему участвовал в войне, а также стал автором нескольких книг по науке и философии.

Заключенные Фарм-холла в январе 1946 года вернулись в Германию и столкнулись с послевоенными проблемами: в стране не хватало еды и топлива, жилые дома и инфраструктура были разрушены, возникали перебои с подачей воды и электричества. В 1949 году американская, британская и французская оккупационные зоны были объединены в Федеративную Республику Германия, а советская зона стала называться Германской Демократической Республикой. В это время Гейзенбергу было 44 года. К нему поступали предложения о работе из университетов Великобритании и США, которые он отклонял. Вскоре после возвращения в Германию ученый написал жене:

«Я понимаю, что на несколько ближайших десятилетий Америка станет центром мировой науки, и условия для работы в Германии будут намного хуже, чем там… Со своей стороны, в ближайшие годы я хочу пытаться способствовать восстановлению немецкой науки, и если в это не будут слишком вмешиваться политики, мы сможем хотя бы отчасти достичь интеллектуальной активности 20-х годов».

Иными словами, Гейзенберг вновь проявил чувство долга, которое в прошлом заставило его остаться в Германии, несмотря на неблагоприятную политическую обстановку Ученый посвятил остаток жизни развитию немецкой науки и сыграл важную роль в ее восстановлении. Он писал книги и статьи о науке и философии, мемуары и исторические заметки, путешествовал и выступал на конференциях, среди которых следует отметить цикл лекций в Сент-Эндрюсском университете в Шотландии зимой 1955/1956 года, посвященный философским проблемам современной физики. По итогам этих лекций была написана книга «Физика и философия», интерес к которой не угасает и сегодня.

Великобритания выступала за скорейшее восстановление мирной жизни в Германии. Гёттинген благодаря богатым университетским и научным традициям казался британцам идеальным местом для перезапуска немецкой науки. В городе, помимо университета, в то время находилось примерно 30 институтов Общества кайзера Вильгельма, которое с 1911 года курировало все научные исследования в Германии. Эта организация была преобразована в Общество Макса Планка – сеть исследовательских институтов, предоставляющую средства на проведение передовых исследований в различных областях науки выдающимся ученым всех стран. Гейзенберг возглавил в Гёттингене Институт физики и астрофизики Общества Макса Планка, а в 1958 году перебрался в Мюнхен, где начал работу по развитию местного института.

В 1951 году было основано Немецкое научно-исследовательское общество, которое финансировало разработки и налаживало связи с промышленностью, университетами и техническими школами. Гейзенберг был избран членом руководящего комитета и президентом комиссии по ядерным исследованиям. Деятельность в этой области была достаточно ограниченной: союзники запретили в Германии все работы в сфере прикладной ядерной физики, а также исследования радиоактивных изотопов и эксперименты с элементарными частицами. Гейзенберг полагал, что ядерные реакторы и ускорители смогут подтолкнуть развитие немецкой физики, а она станет локомотивом всей экономики страны. Ему удалось убедить в этом канцлера Аденауэра (Гейзенберг в течение многих лет был его советником по научным вопросам). Запрет ядерных исследований был полностью снят в 1954 году. Двумя годами позже была создана Комиссия по атомной энергии.

С 1951 года физик возглавлял немецкую делегацию, участвовавшую в создании европейской лаборатории ядерной физики, на основе которой был образован современный ЦЕРН (Европейская организация по ядерным исследованиям). Штаб-квартира этой организации находится в Женеве. ЦЕРН располагает крупнейшим комплексом ускорителей для проведения исследований в области физики элементарных частиц. Гейзенберг отказался от предложения возглавить организацию, так как считал, что для него по-прежнему достаточно работы в Германии. Ученый рассматривал участие в научной политике Германии как возможность служить своей стране, поступая при этом в том же духе, что и Планк после Первой мировой войны.

Эта работа приносила ему удовлетворение, и Гейзенберг оставил ее лишь за несколько месяцев до своей смерти. Немецкое правительство назначило его президентом Фонда Александра фон Гумбольдта, учрежденного в 1953 году. Эта организация выдавала стипендии молодым иностранным ученым на время занятий в постдокторантуре в немецких центрах, что должно было стимулировать исследования и способствовать установлению научных связей с другими странами. Еще с 1920-х годов, когда Гейзенберг начал работать в Копенгагене, он был убежден в важности сотрудничества молодых ученых из разных стран. Наука может способствовать взаимопониманию в мире, и работа в Фонде фон Гумбольдта была для Гейзенберга одним из способов, позволявших достичь этого идеала.

Завершая краткий обзор деятельности Гейзенберга, расскажем о его расхождениях во взглядах с Аденауэром. Канцлер Германии поддерживал планы НАТО по передаче немецким войскам тактического ядерного оружия. В 1957 году был опубликован Гёттингенский манифест, подписанный группой из 18 физиков-ядерщиков, среди которых были шесть давних гостей Фарм-холла: Вальтер Герлах, Отто Ган, Вернер Гейзенберг, Макс фон Лауэ, Карл Фридрих фон Вайцзеккер и Карл Вирц. В манифесте говорилось, что за термином «тактическое оружие» скрывается атомная бомба, способная разрушить небольшой город. По мнению авторов манифеста, Германия находилась бы в большей безопасности, если бы не располагала никаким ядерным оружием. Манифест имел большой резонанс, и спустя несколько дней после его публикации ряд министров провели длительное совещание с некоторыми его авторами. Гейзенберг из-за проблем со здоровьем в этом совещании не участвовал. В конечном итоге немецкое правительство решило не передавать военным ядерное оружие. Это решение не подразумевало запрет на развертывание тактического ядерного оружия США на территории Германии и его перевозку транспортом немецкой армии. Тем не менее Гёттингенский манифест сыграл важную роль, так как помог настроить общество против ядерного оружия.