Балдуин проснулся и обнаружил, что город попал в руки врага. Он надеялся удержать Влахернский дворец и сумел отправить сообщение венецианским кораблям, возвращавшимся после неудачного штурма Дафнузии. Венецианцы приплыли к Золотому Рогу днем. Но греки подожгли причалы, на которые те собирались высадиться. Среди пламени, в общей сумятице, атака венецианцев была отбита. Балдуин и его свита бежали из Влахерна в Большой дворец и едва успели выйти в море на веслах и присоединиться к союзникам прежде, чем те прекратили атаковать. Венецианцы вместе со спасшимися франками и их императором уплыли на запад. Латинская империя Романьи пришла к своему концу.

Император Михаил расположился в деревне Метеоры, возле Тиатиры, приблизительно в двухстах милях к югу. Его сестра, Евлогия, находилась вместе с ним. Один из ее камергеров был как раз на византийском побережье, рядом с Константинополем, когда узнал новость о взятии Константинополя. Он поскакал во весь опор и доложил своей госпоже о случившемся на следующее утро. Император спал, когда сестра вошла к нему крича, что Константинополь теперь принадлежит ему. Едва проснувшись, он не мог поверить, и ей пришлось трясти его и повторять, что Господь дал ему Константинополь, пока он не понял, что произошло. Тогда Михаил Палеолог приготовился к поездке в свою новую столицу. На полпути, в Ахиросе, ему вручили знаки императорской власти, ранее принадлежавшие Балдуину. 4 августа Михаил пересек Мраморное море и торжественно въехал через Золотые Ворота, проехав по старой дороге для императорских шествий через весь город к собору Премудрости Господней, где и возблагодарил Бога. Через несколько дней он был торжественно коронован патриархом в этом же соборе, который был традиционным местом коронации византийских императоров.⁵²

Став владыкой Константинополя, Михаил Палеолог, называвший себя «вторым Константином», стремился укрепить свою власть над Грецией. Он все еще удерживал у себя в плену князя Ахейского и других сеньоров, которых пленил в битве при Пелагонии. Осенью 1261 г. он предложил отпустить Гильома Ахейского и его соратников в обмен на уступку трех больших крепостей на юго-востоке Пелопоннеса. Это были Монемвасия, расположенная на огромной скале, выступающей в море, с живописной бухтой у подножья — франки захватили всего пятнадцать лет назад; Мани, расположенная в горах за мысом Матапан; и Мистра, расположенная высоко в горах Тайгет, возвышающихся над Спартой и долиной реки Эврот. Гильом согласился, но условия должны были подтвердить другие правители франкской Греции. Ги, герцог Афинский, как старший из оставшихся в Греции сеньоров, созвал совет в Никли, позже известный как «Женский совет», поскольку главную роль на нем играли жены пленных сеньоров. Герцог Ги считал условия слишком опасными. Но княгиня Ахейская придерживалась иного мнения. Хоть она и была гречанкой, никто не мог заподозрить ее в измене, поскольку, будучи дочерью Михаила Эпирского, она ненавидела никейцев, захвативших Константинополь. Княгиня не доверяла Ги и хотела, чтобы муж вернулся домой; другие женщины с ней согласились. Предложение императора было принято. Князь Гильом вернулся в свои земли, получив византийский титул и поклявшись не поднимать оружие против императора, а три ключевые крепости были переданы византийским войскам.³³

Это был пик успеха Михаила Палеолога в Греции. Гильом вскоре был освобожден от своей клятвы Папой и благополучно отразил попытки византийцев расширить подвластные им земли. Не принял он также мирное предложение императора, в соответствии с которым наследник Михаила Андроник должен был жениться на старшей дочери князя и его наследнице. Прошли десятилетия, прежде чем византийцы смогли извлечь реальную пользу из своих крепостей на Пелопоннесе. Не большего успеха добился Михаил Палеолог в своих последующих нападениях на Эпир. Алексей Стратегопул, завоеватель Константинополя, был отправлен захватить Эпир осенью 1261 г. но попал там в окружение и был взят в плен с большей частью своих людей. Деспот Михаил правил своими землями до самой смерти, последовавшей десятью годами позже.⁵⁴

Поражение в Пелагонии повредило престижу короля Манфреда и лишило его нескольких умелых воинов; подобно всем католическим государям того времени, он был потрясен завоеванием Константинополя греками. Но на самом деле это не повлияло на его политическую линию. Ведь он отправил своему тестю довольно скудную помощь (в сравнении с территорией, которую получил в качестве приданого своей жены), и его потери были несерьезными. Кроме того, поражение ставило деспота Эпира в большую зависимость от его могущественного зятя, особенно учитывая, что его второй зять, Гильом Ахейский, вернувшись из плена, не был готов простить эпирцев за ту роль, которую они сыграли в Пелагонии. К концу 1259 г. войска Манфреда и его чиновники полностью контролировали Корфу и противолежащие крепости на материке, включая Дураццо, что вроде бы изначально не входило в приданое королевы Елены.⁵⁵ Кроме того, взятие Константинополя греками Манфред мог обратить себе на пользу. Папство было глубоко потрясено гибелью Латинской империи. Казалось, вряд ли Папа предпримет решительные действия против государя, который, казалось, может отомстить за потерю Константинополя. Манфред поспешил выступить как защитник свергнутого Латинского императора. Балдуин II во время своего бегства из захваченной столицы по пути остановился в Греции, чтобы принять бессмысленные почести от немногих оставшихся там франкских сеньоров, которые собрались, чтобы приветствовать его в Кадме, в Фивах и в афинском Акрополе. Затем он поплыл в Италию и высадился в Апулии. Манфред лично встретил Балдуина и принял его со всеми почестями, осыпав подарками и пообещав любую посильную помощь в возвращении его на престол. Он рассказал своему гостю о своих трениях с Папой и попросил о посредничестве. Манфред сказал, что готов сам атаковать Константинополь, оплатить все расходы для этого похода, а потом, если потребуется, отправиться в Святую Землю, если только Папа дарует ему свою благосклонность и мир или даже просто перемирие. На Балдуина произвела сильное впечатление искренность Манфреда, а также его богатство. Он пообещал сделать все что в его силах, чтобы помирить Манфреда с папством. Покинув двор Манфреда, Балдуин поехал к Папе в Витербо и передал ему послание сицилийского короля. Папа отказался на него отвечать. Тогда Балдуин отправился во Францию к королю Людовику Святому, но тот был также не в восторге от Манфреда, которого считал узурпатором и врагом Церкви.⁵⁶

То был обескураживающий ответ, но бывший император Константинополя на протяжении многих лет оставался верен своей дружбе с Манфредом, отчасти просто потому, что сицилийский король действительно был ему искренне симпатичен, отчасти потому, что никто больше не мог оказать ему реальную помощь; Манфред же решил, поскольку дела в Италии дали ему передышку, отправиться в поход на Константинополь. Он был уверен, что Рим не станет более враждовать с ним после того, как он окажет такую благородную услугу католикам. Тут Манфред жестоко ошибался в отношении папства.

Будь жив Папа Александр IV, когда пал Константинополь, просьбу императора Балдуина о мире между Манфредом и папством, быть может, не оставили бы без внимания. Александр был добродушным человеком, не приемлющим крайние меры. Он пытался сохранить за собой свободу действий в сицилийском вопросе, но не имел ни малейшего представления о том, что делать с этой свободой. В Риме Александр перестал чувствовать себя в безопасности, ему пришлось стать свидетелем того, как Манфред приобретает все больше власти над большей частью Италии и становится чуть ли не национальным героем на полуострове. Александр IV отлучил Манфреда от церкви и, хотя его беспокоила судьба Латинской империи Константинополя, отказался благословить латино-эпирский союз, потерпевший поражение в Пелагонии. Но все эти действия Александра ни к чему не привели. Впрочем, будучи человеком нерешительным, он, возможно, прислушался бы к просьбе императора Балдуина. Кардинал Октавиан, которым Александр восхищался и у которого часто спрашивал совета (хотя и не доверял ему полностью), был за мир с Гогенштауфенами и поддержал бы Балдуина. Но Папе Александру IV не пришлось принимать столь важное решение. Он умер в Витербо 25 мая 1261 г. Александр, с присущей ему нерешительностью, не назначил ни одного кардинала. На момент его кончины в коллегию кардиналов входили всего восемь человек. Они поспешили собраться, чтобы выбрать преемника, но никак не могли прийти к согласию. После трех месяцев пререканий кандидат, который набрал бы необходимые две трети голосов, так и не был найден. Тем не менее очень важно было найти Папу, поскольку на тот момент Церковь отчаянно нуждалась в руководящей руке. Наконец кто-то вспомнил о патриархе Иерусалимском. На момент смерти Александра он как раз был в Италии, улаживая кое-какие дела при папском дворе, и поразил всех своей честностью и энергичностью. Его кандидатура была выдвинута, и уже готовясь к возвращению в Святую Землю, 29 августа он с некоторым удивлением узнал, что единогласно избран на пост Папы. Шестью днями позже он был возведен на папский престол под именем Урбан IV.⁵⁷