Прошедшее сражение 10 мая показало, что чем ближе к нему, тем от него меньше вреда, следовательно, если бы кому случилось свалиться на абордаж, то и тогда можно ожидать вящего успеха. Пришед на картечный выстрел, начинать стрелять. Её ли неприятель под парусами, бить по мачтам, ежели же на якоре, бить по корпусу. Нападать двум с одной стороны, но не с обоих бортов; если случится дать место другому кораблю, то ни в каком случае не отходить далее картечного выстрела. С кем начато сражение, с тем и кончать или потоплением или покорением неприятельского корабля. Как по множеству непредвиденных случайностей невозможно сделать положительных наставлений на каждый я не распространяю их более; надеюсь, что каждый сын отечества почтится выполнить долг свой славным образом».
Сенявин, конечно, не был знаком с известным планом Нельсона перед Трафальгаром, но по своему направлению главного удара, нацеленности командиров на победу, без скованности их инициативы, ставя конкретные задачи каждому кораблю, приказ Сенявина ни в чём не уступал документу Нельсона. Боевой настрой флагмана передался командирам и всем экипажам.
Оставив для защиты Тенедоса несколько судов, Сенявин погнался за неприятелем, которого настиг утром 19 июня около Лемноса. Капудан-паша тотчас же отошёл к Афону, где построился в боевую линию. Турки первыми открыли огонь на большом расстоянии, но русские не отвечали, пока не сблизились на картечный выстрел. Началось Афонское сражение.
Сенявин во время сражения подвергался величайшей опасности: сигнальщику, подававшему ему рупору, оторвало руку, минуту спустя ядро разорвало его пополам; вслед за этим рядом с адмиралом убило ещё двух матросов. Сенявин остался невредим. Спокойно отдавая приказания, он вдохновлял своим примером подчинённых. К полудню турецкие флагманы были сбиты, остальные суда, сильно повреждённые, потеряли строй. Турки дрогнули и, пользуясь попутным ветром, стали отступать. Преследование разбитого противника прекратилось, но ночью корабль «Селафаил» нагнал и взял в плен корабль флагмана Бекир-Бея. Преследуемые линкор и два фрегата турки, ввиду безысходности, взорвали сами. Общее число потерь противника достигло почти 1000 человек убитыми и ранеными, а пленными 774 человека. Саид-Али потерял три корабля и пять фрегатов, при этом у Сенявина не было выведено из строя ни одного корабля. У русских потери составили 81 убитых и 170 раненых.
Убедившись, что остатки эскадры турок укрываются в Дарданеллах, Сенявин с эскадрой поспешил на помощь осаждённым в крепости Тенедос. Эскадра блокировала 30 тысячный турецкий десант, который капитулировал. С этого времени эскадра Сенявина стали полновластным хозяином в Эгейском море и Архипе лаге. Афонское сражение ещё полнее раскрыло флотоводческий талант Сенявина. Наградой адмиралу за победу в этом сражении был орден Святого Александра Невского.
Однако радость одержанной победы вскоре омрачилась слухами о заключении с Францией в 1807 году Тильзитского мира и о вероятном прекращении военных действий против французов и турок.
Сенявин долго не хотел верить этим слухам, пока не получил 23 августа 1807 года рескрипт Александpa I. В рескрипте Сенявину повелевалось не только прекратить военные действия, но и немедленно вернуть Ионические и Далматинские острова и Боко-де Которо — Франции, а Тенедос — Турции и как можно скорее возвращаться со всей эскадрой в Россию. Более того, он должен возвратить туркам все взятые у них суда и призы. Последнее было выше сил Дмитрия Николаевича, и он пренебрёг им, не находя возможным отдавать боевые трофеи. Сколько русских матросов полегло в сражениях за эти корабли и суда! Сенявин месяцами не получал из Петербурга положенное жалованье экипажам и деньги, чтобы кормить и содержать людей. Тогда шли в ход средства, полученные от продажи захваченных судов.
Подчиняясь царскому рескрипту, Сенявин попел эскадру на Корфу. Там уже вовсю хозяйничали французы. Погрузив войска, Сенявин спешил выйти в море, наступала пора осенних штормов в Атлантике, а почти все корабли сенявинской эскадры пообветшали, не хватало рангоута и добротных парусов, многие суда требовали срочного ремонта. Кроме того, Сенявин с тревогой ждал известий о разрыве, после Тильзита, отношений с Англией. Адмирал надеялся, что в Петербурге, хоть на время перехода эскадры на Балтику, не допустят открытого конфликта с англичанами.
16 сентября 1807 года эскадра покинула остров Корфу. «Трогательным было прощание жителей с россиянами. С балконов сыпались на солдат цветы, иногда печальное молчание прерывалось голосом признательности и благодарности. У пристани, когда солдаты садились на гребные суда, каждый прощался со своим знакомым, просили не забывать друг друга, обнимались и плакали».
Средиземное море эскадра миновала благополучно, но за Гибралтаром, в Атлантическом океане, она попала в полосу очень длительных, сильных штормов. Адмирал собирался, держась подальше от англичан, обогнуть Британские острова с запада на север и потом перезимовать в одном из портов Норвегии. Но штормы сделали этот план невозможным. Северные ветры не позволяли эскадре продвигаться вперёд, восточные отгоняли её далеко в море от берегов Пиренейского полуострова. Положение эскадры было крайне опасно.
27 октября ураганный шторм разметал корабли, гибель эскадры казалась неминуемой. На всех кораблях паруса висели клочьями, постоянно то с одного, то с другого судна адмиралу сигнализировали о повреждениях, которые нельзя было исправить в открытом море: корабль «Ярослав» дал знать, что не может держаться в открытом море и просил разрешения идти в ближайший порт; «Селафаил» сигнализировал, что имеет течь по 26 дюймов в час; «Ретвизан» поднял сигнал, что у него повреждён руль, что он не может следовать за эскадрой. На корабле «Рафаил», вспоминал В. Панафидин, «три обшивочные-доски прорвали болты, которыми были прижаты к кораблю; вода лилась рекою... Все помпы были в действии и едва могли отливать воду...».
Как только позволил ветер, Сенявин приказал идти в порт города Лиссабон. 30 октября, несмотря ни крепкий ветер и сильное волнение, эскадра благополучно вошла в реку Таго.
Португальский принц Жоан радушно встретил рус скую эскадру, помог, чем смог. Адмирал донёс Александру обо всём и сообщил, что корабли настолько ветхи, что раньше весны не смогут выйти в море. На следующий день английская эскадра блокировала Лиссабон и не пустила туда отставший шлюп «Шпицберген». Со стороны материка вошли в Лиссабон французы генерала Жюно. Португальский принц не захотел быть вас салом Бонапарта и отплыл с двором в Бразилию. Наполеону эта страна была нужна для удушения Англии континентальной блокадой. Поэтому ещё до прихода Жюно в Лиссабон он просил Александра через посла подчинить русскую эскадру Парижу, а заодно и приструнить.
«Было бы хорошо, если бы ваше величество уполномочили графа Толстого, посла в Париже, иметь власть над этой эскадрой, чтобы в случае необходимости можно было пустить их в ход, не ожидая прямых указаний из Петербурга. Это положило бы конец недоверию, которое иногда проявляют командиры к чувствам Франции».
Александр I не замедлил указать Сенявину:
«Признавая полезным для благоуспешности общего дела и для нанесения вящего вреда неприятелю, предоставить находящиеся вне России морские силы наши в распоряжение его величества императора французов, я повелеваю вам, согласно сему, учреждать все действия и движения вверенной начальству вашему эскадры, чиня неукоснительно точнейшие исполнения по всем предписаниям, какие от его величества императора Наполеона посылаемы вам будут».
Более того, осенью, когда французы под натиском десанта англичан отступали из Лиссабона, Сенявин получил инструкцию:
«В случае, когда эскадра, под начальством вашим состоящая, подвергнется нападению англичан, неприятель будет отражён и честь российского флота защитится; если же ваше превосходительство атакованы были бы гораздо превосходящими силами и нашлись в совершенной невозможности не только к сопротивлению, но и к защите, в таком случае император предоставляет благоразумию вашему решиться, буде не останется уже никаких других средств, сняв людей, корабли затопить или сжечь».
