Суворовские войска выходили к Генуэзскому заливу, Мальта упорно сопротивлялась. Король обеих Сицилий домогался у Павла всяческой помощи в установлении порядка и взятии Рима.

В конце июля миновала опасность нападения франко-испанского флота. Соединённая эскадра, приведя себя в порядок и пополнив запасы, покинула Ионические острова. Двое суток дрейфовали корабли при полном штиле в южном проливе между Корфу и Видо. Наконец ветер «пошёл» и корабли легли на курс к Мессине. В начале августа с салинга флагмана увидели клубившуюся шапку Этны. Корабли, лавируя при противных ветрах, бросили якоря на рейде Мессины. Наконец-то прибыл курьер от Суворова.

Командующий сообщал о недавних победах и просил:

«Милостивый государь мой, Фёдор Фёдорович!

Обратя теперь виды свои на Геную, выступил я теперь в поход. Мне надлежит осилить некоторыми крепостями, трудности, препоны отнимут у меня довольно времени, как и изготовление к горному походу».

Просьба Суворова была предельно ясна.

На следующий день Ушаков наставлял перед походом контр-адмирала Пустошкина. В подчинение ему выделялась эскадра из семи кораблей. Надлежало оказать содействие Суворову.

Ушаков повёл русско-турецкую эскадру в Палермо. Там ожидало подкрепление с Балтики. Предстоя ла первая встреча с Нельсоном. Царь требовал согласовать действия с англичанами.

На рейде стояла английская эскадра. Русские и турецкие корабли по сигналу флагмана становились на якорь.

При входе в Палермо адмиральскому флагу Ушакова салютовала семью залпами эскадра вице-адмирала Карцева. Неделю назад она прибыла из Кронштадта в его подчинение. На рейде находился «Фудроянт» под флагом Нельсона и другие британские корабли.

Первым на «Святой Павел» прибыл флаг-офицер Нельсона.

   — Контр-адмирал Нельсон передаёт искренние поздравления вашему превосходительству с благополучным прибытием.

Ушаков слегка наклонил голову.

   — Их превосходительство с нетерпением ждёт возможности завтра поутру лично засвидетельствовать своё уважение вашему высокопревосходительству.

Ещё до прихода в Палермо, из постоянной переписки с Нельсоном Ушаков имел твёрдое суждение о нём, не только как о моряке, но и как о человеке. Адмирал знал о тех делах, кои совершила английская эскадра в городе Неаполе, и суждение это укреплялось, а нынче и подтвердилось окончательно. Не в пользу Нельсона. Поэтому, когда на следующий день английский адмирал прибыл с визитом, Фёдор Фёдорович приблизительно предполагал, о чём и как будет идти разговор.

У трапа «Святого Павла» Нельсона и английского посланника Уильяма Гамильтона встречали командир корабля и флаг-офицер адмирала.

Худощавый, невысокого роста англичанин с чёрной повязкой, закрывающей правый глаз, и пустым рукавом, замкнутым за пояс, с любопытством оглядывался по сторонам.

В первые минуты, когда лейтенант Головачёв распахнул перед Нельсоном дверь и тот, обменявшись обычными любезностями с Ушаковым, быстро прошёл в угол каюты и стал боком к присутствующим, Фёдор Фёдорович проникся к нему состраданием. Однако по мере того как, не переставая улыбаться, Нельсон настойчиво, под разными предлогами отвергал помощь русской эскадры в овладении Мальтой, чувство это постепенно улетучивалось. Гортанным голосом, весьма резко, Нельсон произносил каждую фразу, подкрепляя её не менее энергичными движениями руки.

Нельсон довольно бесцеремонно отверг упрёки в насилиях над пленными в Неаполе, на что Ушаков ответил:

— На островах Ионических пленено российским флотом пять тыщ французов. Все они, за исключением пленённых эскадрой турецкой, отправлены в свои места. Повстанцев же мы миловали.

Ушаков встречался с Нельсоном ещё не раз, но такого накала беседы уже не принимали. Они и проходили во время деловых встреч с министрами короля, на официальных приёмах. Было окончательно решено, что соединённая русско-турецкая эскадра уйдёт в Неаполь, восстановит там порядок, высадит десант и двинется в Рим, чтобы помочь войскам короля освободить город от французов.

Но накануне выхода эскадры, 31 августа, в Палермо произошла кровавая драка между турецкими матросами, которые занимались грабежами на берегу, и местными жителями. Десятки людей были убиты... Турки взбунтовались, вместе с офицерами отказались участвовать в военных действиях и 1 сентября снялись с якоря и ушли в Константинополь. Эскадра Ушакова теперь уже не была союзной.

Англичане за спиной русских сговорились с французами в Риме о капитуляции, выпустили их с оружием и отправили в Геную, куда подходили войска Суворова. Но Ушаков получил повеление царя направить войска в Рим для помощи королю.

7 сентября русская эскадра вошла в Неаполитанский залив. На следующий день рано утром на берег свозили десант, пушки, амуницию. Для марша на Рим Ушаков выделил 820 офицеров, матросов и солдат под командой полковника Скипора.

17 сентября 1799 года отряд русских моряков выступил на Рим. Не прошло и двух дней, как Ушаков узнал о том. 30 сентября многолюдные улицы Рима впервые встречали и приветствовали русские войска. До стен Вечного города давно докатилась молва от Апконы и Бриндизи, Манфредонии и Неаполя: русские матросы благонравны и добропорядочны. Не только разбой не учиняют, но и, наоборот, щадят пленных, защищают невинных.

Впервые за многие годы римляне столь бурно выражали свой восторг иностранным войскам, глядя на стройную колонну русских моряков: «Виват, московито!» — неслось из открытых окон и с балконов. В голове отряда шли полковник Скипор и лейтенант Балабин. За их спинами в крепких руках шелестел, гордо рея на ветру, Андреевский стяг. По улицам и площадям древней столицы Италии гремела удалая русская песня, волной перекатывалась вдоль рядов ушаковских чудо-богатырей.

То было в уходящем году последнее радостное событие.

Накануне прихода в Мессину Ушаков получил императорский рескрипт: «Эскадрам забрать войска и следовать в черноморские порты». Эскадра перешла на Корфу, готовилась к возвращению в Севастополь.

Близились дни расставаний с республикой Семи островов. Благодарные жители по-разному выражали свои чувства к русским морякам и их адмиралу. На Кефалонии выбили медаль. С одной стороны был изображён Фёдор Фёдорович, а по ободу шла надпись: «Знаменитый почитаемый Фёдор Ушаков, главный русский флотоводец. 1800 г.», с другой — русские корабли и тоже надпись: «Кефалония всех Ионических островов спасителю». Жители острова Итаки также преподнесли медаль, но изобразили адмирала в образе Одиссея, который, по преданию, родился на Итаке. С Занте прислали серебряный позолоченный щит с изображением Семи конических островов.

Накануне ухода эскадры на «Святой Павел» прибыла депутация Корфу, с поклоном преподнесли шпагу, украшенную алмазами, и с надписью: «Корфу освободителю своему Ушакову». Растроганный Фёдор Фёдорович, принимая подарки, каждый раз просил о главном для него, чтобы после ухода эскадры граждане островов жили дружно, в спокойствии. Сенат Ионических островов выразил признательность за доброе управление островами:

«...Господин адмирал и кавалер Ушаков, освободитель и отец Соединённых Ионических островов, признает, что благоденствие оных зависит от точного наблюдения временной Конституции... и доказательством тому служит добрый порядок, умеренность и спокойствие, утверждённые на всех островах к общему удовольствию жителей и всерадостно восхищенных».

6 июля 1800 года крепостные стены Корфу были сплошь усеяны жителями острова.

Флагман поднял сигнал: «С якоря сниматься. Следовать за мной».

Буднично и до обиды заурядно встречал Севастополь свою эскадру после почти трёхлетней разлуки, как будто не было сражений и побед в Средиземноморье, а ведь все корабли возвратились целёхонькими. Главнокомандующий флотом, фаворит Павла I, фон Дезин благодушествовал в Николаеве, и Ушакову оставалось действовать по заведённому порядку, разоружать эскадру, приводить в порядок обшарпанные за долгие годы скитаний в чужеземных портах корабли, готовить отчёты по всем расходам и ждать своего часа. Всё решилось весной. В столице, по странной традиции, отправили на тот свет за конного царя Павла I, а новый властелин Александр I прислал командовать флотом слащавого француза маркиза де Траверсе. Адмирал Ушаков как боевой черноморский флагман в Петербурге никого не интересовал. О нём вспомнили год спустя и поручили командовать гребным флотом на Балтике, на замену Де Траверсе. Скрепя сердце Ушаков покидал Черноморский флот, становлению которого он отдал столько сил и энергии, победами которого прославил Россию. Гребной флот на Балтике давно потерял свою значимость и доживал последние годы. Новый император, Александр I, равнодушно, мимоходом, изредка вспоминал о флоте. Уже в преклонных годах Ушаков, хотя и недужил временами, изнывал от тоски по морю, но крепился. Служба в Петербурге тяготила манерами, необходимостью ловчить и приспосабливаться. А он не мог «изгибаться» и потакать начальству против совести. А тут вдруг услыхал на заседании Адмиралтейств-коллегии: «Посылка наших эскадр в Средиземное море стоила государству много, сделала государству блеску, а пользы никакой...»