Следующей весной русские войска после штурма заставили капитулировать крепость Ниеншанц в устье Невы. Утром 2 мая 1703 года Преображенский и Семёновский полки заняли крепость. Вечером, едва начались торжества по случаю победы, в палатку Шереметева вбежал поручик:

   — Ваша светлость, сторожевые посты доложили: на взморье неприятельская эскадра!

   — Передай немедля поднять на крепости шведский флаг, — ответил быстро фельдмаршал и бегом направился к Петру.

...Вице-адмирал Нумере, как обычно, едва сошёл лёд в Финском заливе, привёл эскадру к Ниеншанцу. Встречный ветер гнал воду в залив, значит, устье реки обмелело...

«Крепость должна иметь надёжную опору с моря, эти русские просочились уже в Ладожское озеро».

   — Господин вице-адмирал, в Ниеншанце всё в порядке, на крепости наши флаги, — доложил капитан.

Нумере довольно кивнул головой и ответил:

   — Передать на корабли — салютовать крепости и становиться на якоря.

Едва смолкли корабельные пушки, крепостная артиллерия Ниеншанца, как положено, приветствовала приход шведской эскадры.

На следующий день Нумере вызвал капитанов 10-пушечного галиота «Гедан» и 8-пушечной шнявы «Астрильд».

   — Наши суда, господа, с небольшой осадкой. Завтра снимайтесь с якоря и лавируйте к Ниеншанцу. Комендант крепости уведомит вас о необходимой помощи.

...Два дня лавировали, выбираясь против ветра, шведские галиот и шнява и только вечером 6 мая вошли в устье Невы и стали на якоря. Капитаны распорядились — истомлённым офицерам и матросам отдыхать. Сытный ужин, сдобренный доброй порцией вина, разморили уставших моряков, и вскоре ничего не подозревавшие шведы беспечно похрапывали в каютах и кубриках... Они и предположить не могли, что этого только и ждут за крепостными стенами Ниеншанца.

...Три дня Пётр пытался разгадать намерения шведов. Едва увидев, как два судна направились к устью Невы, он созвал военный совет.

   — Другому случаю не бывать, — начал он, поглядывая на Шереметева. — Надобно этих свейских попытаться полонить.

   — Ваше величество, — начал осторожно Шереметев, — для сего сведущие в морском деле поручики потребны...

   — Адмирал у нас есть, — лукаво ответил Пётр, кивнув на Головина, — а понеже иных на море знающих никого, кроме меня с Меншиковым, нет, нам и быть за тех поручиков...

Он тут же изложил дерзкий план. Два отборных отряда преображенцев и семёновцев за ночь скрытно подойдут к судам и возьмут их на абордаж.

   — Ты атакуешь галиот, который ближе к устью, — приказал Пётр Меншикову, — а я с другим отрядом пойду мористее, дабы отсечь путь шведам к берегу, и стану штурмовать шняву.

...Едва солнце скрылось за горизонтом, в светлые сумерки 7 мая к устью Невы на лодках направились два отряда преображенцев и семёновцев.

Вооружённые ружьями и гранатами гвардейцы незаметно подошли к шведам и сцепились с ними на абордаж. Пётр первым вскочил на палубу «Астрильда» и схватился с выбежавшим на палубу шведом. Один за другим прыгали на палубу через фальшборт солдаты. На выстрелы выскакивали из люков матросы и офицеры. На верхней палубе завязался жестокий бой. Схватка была короткой, но кровавой. Из 77 шведов на обоих кораблях погибло 64 человека.

В полдень 8 мая крепостные орудия приветствовали первые трофеи на Балтике возвращающихся победителей: впереди на «Астрильде» шёл Пётр, в кильватер ему — Меншиков на «Гедане».

Фельдмаршал Шереметев возложил знак ордена Андрея Первозванного на Петра, а адмирал Головин — на поручика Меншикова. Петру присвоили чин капитана-командора. Всем офицерам вручили золотые медали, а солдатам серебряные с надписью: «Небываемое — бывает».

Минула всего неделя, и 16 мая 1703 года на островке, в устье Невы, царь заложил крепость и церковь по имени святых апостолов Петра и Павла и основал новый город на берегах Финского залива — Санкт-Петербург. Для защиты города от неприятеля со стороны моря той же осенью на острове Котлин начали возводить по чертежам Петра крепость Кроншлот.

Исподволь, пока ещё незаметно для Европы, приходили победы над шведами. По приказу короля шведская эскадра адмирала Анкерштерна пять раз нападала на остров Котлин и крепость Кроншлот. Цель была одна — уничтожить русские суда и овладеть островом. Пять атак отбили русские моряки. Два крупных десанта сбросили в море. Однажды шведы едва унесли ноги, потеряв около 600 человек. Дважды русские галеры атаковали шведов и заставляли отступить.

Откуда в устье Невы появились русские военные суда? Ещё до похода из Нюхчи к Онежскому озеру Пётр основал первую верфь на реке Сяси, а затем на Ладоге и Волхове. Началось строительство верфи в Санкт-Петербурге. В Сяси талантливый мастер Фёдор Скляев спустил на воду 28-пушечный фрегат. У моря, наконец-то отвоевали Нарву. Шведы отчаянно сопротивлялись. У них была сила на море. Они крепко надеялись на помощь флота.

Весной 1704 года Карл повелел послать из Выборга морем подкрепление в Нарву, больше 1000 солдат. Эскадру повёл к устью Нарвы француз вице-адмирал де Пруа.

Приняв десант и запасы в Выборге, его эскадра в шестнадцать вымпелов в начале мая бросила якоря на рейде, неподалёку от устья Наровы. На борту 1200 солдат, порох и ядра, провизия. Их надо доставить по реке к крепости.

Осмотрев берега, де Пруа направил к берегу мелкосидящие шхуны. Едва шхуны вошли в устье Нарвы, с правого берега, из кустарника, загремела пушечная канонада, засвистели ядра, загудела картечь... Испуганные капитаны едва успели развернуться, показывая корму.

На этот раз шведы опоздали. Почти месяц назад по приказу царя обложил Нарву окольничий Пётр Апраксин, старший брат Фёдора Апраксина. Русские пушкари приловчились бить по судам на Ладоге, под Шлиссельбургом.

Вице-адмирал отстаивался на рейде, не решаясь рисковать кораблями. В конце мая Пётр привёл под Нарву 17 тысяч пехоты. Узнав о шведской эскадре, сразу поскакал к морю.

— Переправляй пушки на левый берег. Оседлаем устье, шведы не пройдут. Припасы из Питербурха будем теперь морем доставлять на галерах, — распорядился Апраксину.

На следующий день развернули батареи и войска, окопались на обоих берегах. Осмотрели укрепления, Пётр собрался уезжать к Нарве, но, как всякий моряк, бросил прощальный взгляд на водную гладь. А в это время с севера задул свежий ветерок, развело волну. Вдали от стоявшей на рейде эскадры вдруг отделились две шхуны.

«Так и есть. Видимо, они снялись с якоря, а противный ветер несёт их к берегу».

Пётр оглянулся на Апраксина:

   — Крикни солдат, пускай берут мушкеты и мигом в лодки садятся.

Между тем шхуны сдрейфовали к устью реки и приткнулись близко к берегу. На палубах суетились фигурки моряков, махали беспомощно руками. Солдаты в лодках тоже замешкались, не могли выгрести против ветра.

«До шхун рукой подать, а как их взять? Раз сели на мель, значит, фут пять-шесть глубины, не более».

   — Эх-ма, — крякнул Пётр и приказал подбежавшему рослому сержанту: — Бери солдат с мушкетами, долгих, себе под стать, и айда за мной!

Оторопевший Апраксин схватил поводья, а царь, ударив шпорами, направил лошадь к урезу воды.

Спустя полчаса всё было кончено. Схватка была короткой и без потерь с нашей стороны. В Подённой записи появилось сообщение о происшествии: «Мая, в 31 день о полудни, изволил Великий государь ходить с исправною, Преображенских солдат ротою, к Наровскому устью, получа ведомость, што шведского флота 2 штуки сорвало с якоря и снесло на мель по великому шторму. Сам Великий Государь в первых верхом и при нём некоторые солдаты бросились во всём платье в воду вброд и вплавь, тотчас взошли и овладели оными. На тех обеих шхунах взято в полон — 2 поручика, 1 шкипер, 1 аудитор, штурман, 25 матрос, 1 сержант, 75 человек солдат, флаг шведский, 100 мушкетов. Шведский вице-адмирал посылал корабли, отбили и корабли».

В кампанию 1709 года Пётр отплыл на вновь построенных в Воронеже бригантинах по Азовскому морю, изыскивал порты для флота. Но пришлось сойти на берег.