В декабре 1899 года Макарова назначили главным командиром Кронштадтского порта и военным губернатором Кронштадта.
С приходом главного командира порта, которому подчинялась эскадра, кронштадтское «болото» ожило. Вице-адмирал Макаров, он же военный губернатор, наперво уделяет внимание флоту и кораблям, офицерам и матросам. Он отвечает за подготовку и выучку эскадры, её боевую готовность. Сразу же он разрабатывает план мобилизации флота, предлагает держать корабли готовыми к войне. Каждый уходивший в дальнее плавание корабль в любую погоду он провожает лично. Отрываясь от «текучки» на берегу, часто внезапно посещает корабли на рейде. Первым делом идёт на матросский камбуз и снимает пробу щей. Когда щи скверные, тут же предлагает командиру и старшему ревизору съесть по полной тарелке...
Обычно уравновешенный, Макаров страшно гневался, когда узнавал от потерпевшего или другим путём, что матроса ударил офицер или боцман. Зимой командир порта нередко заглядывал в матросские казармы. Однажды в одной из казарм, как всегда, адмирал неспешно обходил в сопровождении офицера выстроившихся матросов.
Офицер кратко докладывал:
— А вот этот любит читать книжки и даже иногда пишет.
Адмирал удивлённо поманил матроса Шишмарева.
Матрос встревожился, мало ли что, хотя о «бороде», как прозвали матросы Макарова, плохого не слышал.
Узнав, что читает Шишмарев, адмирал посоветовал прочесть Станюковича, Короленко, Мамина-Сибиряка.
— Так ты ещё и сочиняешь? — улыбнулся Макаров. — Любопытно взглянуть, что и как пишешь. Есть при себе что-нибудь?
Шишмарев полез в сундучок, смущённо протянул две тетрадки.
Макаров спрятал их в боковой карман и пообещал прочесть и вернуть.
Минуло два месяца. Шишмарев ушёл в плавание, думая, что о нём позабыли. Вернувшись в Кронштадт, матрос получает пакет: «Матросу Шишмареву от вице-адмирала Макарова». В пакете тетрадка и записка. Макаров сообщал, что другую тетрадку со стихами оставил у себя, чтобы поместить в журнале «Море и его жизнь», приглашал Шишмарева навестить его в свободное время, хотел потолковать с ним о его будущем. Впоследствии Шишмарев стал литератором.
Макарова, как военного губернатора, беспокоит положение в заведениях на берегу. Он добивается улучшения положения рабочих пароходного завода, которых уволили без пенсии, предоставления им отпуска, что было немыслимо в те времена. Для рабочих создали клубы для отдыха, где вечерами бывал и сам адмирал. Нередко посещал он гимназию, реальное училище, садился за свободную парту, внимал ответу ученика или пояснению учителя. Часто видели его в Морском инженерном училище, Минном офицерском классе, фельдшерской школе.
Много внимания уделял Макаров благоустройству Кронштадта, где на улицах оборудовали даже по тому времени редкое газовое освещение.
В вопросах служебных отношений адмирал не шёл ни на какие компромиссы, не уступая никому, даже великим князьям. Не переносил хамелеонов, подлиз и самоуправство. «Самодуры не создают дисциплины, а только развращают людей, — неоднократно повторял Степан Осипович. — Весь мой дисциплинарный устав укладывается в одну фразу: «не только за страх, но и за совесть».
Ещё до назначения в Кронштадт Макаров в кругу приятелей откровенничал:
— Мне бы надлежало быть в Порт-Артуре, командовать Дальневосточной эскадрой. Боюсь, что этого не миновать, только случится сие, когда дела наши там будут совсем плохи. Наш флот и без того слабее японского, — говорил он, — а с устройством военного порта в Порт-Артуре наши морские силы разбиты надвое и между ними находится неприятель».
Он вырос и служил на Дальнем Востоке и знает не понаслышке положение дел на Тихоокеанской эскадре, где служил раньше.
Своей тревогой он делится не только с друзьями, следуя своему принципу «Помни войну!», в секретной записке от 22 февраля 1900 года докладывает морскому министру Авелану: «Неприятель будет брать Порт-Артур открытой силой, а не долговременной осадой... Вследствие этого вся сухопутная оборона состоит из орудий небольших калибров, и нет ни одной пушки на сухопутной обороне, которая могла бы отвечать на огонь больших осадных орудий (неприятель может подвести большие осадные орудия и безнаказанно расстреливать наши укрепления)...
Я подробно указывал на важное значение Порт-Артура для нашего флота, причём высказал, что Порт-Артур по отдалённости своей должен быть настолько укреплён, чтоб представлять вполне самостоятельную единицу, что японский флот имеет перед нами стратегические преимущества...
В случае войны между Россией и Японией, Япония употребит все свои средства, чтобы выиграть дело. Война эта будет для Японии первая с европейской нацией, от неё будет зависеть всё будущее положение Японии. Это будет война за обладание портом Артур, к которому они подступят с потребною для сего силою, и мы должны быть готовы к должному отпору с сухого пути». И кончает доклад пророческим: «Падение Порт-Артура будет страшным ударом для нашего положения на Дальнем Востоке, флот, лишившись своего главного опорного пункта, останется лишь при одном Владивостоке, будет крайне стеснён в своих операциях... Чтобы этого не случилось, Порт-Артур должен быть непреступным и снабжённым провизией, порохом и углём в таком количестве, чтобы выдержать продолжительную осаду, пока не прибудет подкрепление...»
Увы, военный министр Куропаткин, как и все генералы до сих пор, равнодушен к тревоге моряков, о чём говорит его резолюция на записке: «Читал, не имея сил и средств на Западе, мы не можем, особо расходоваться на Порт-Артур уже в настоящее время. Куропаткин».
Минуло три года, и Макаров опять в секретной записке выказывает свои опасения. «Нужно иметь на Дальнем Востоке флот значительно более сильный, чем у Японии, и быть готовыми к военным действиям во всякую минуту. Разрыв последует со стороны Японии, а не с нашей... Успех Японии возможен лишь при условии недостаточности нашего флота, если же наш флот будет в состоянии командовать морем, то Япония будет совершенно бессильна что-нибудь сделать».
Обстановка на Дальнем Востоке обострилась, и в январе 1904 года Япония ультимативно давила на Россию, видя свой перевес в силах.
Макаров, зная коварство японцев, пристально следил за событиями и, узнав, что Япония разорвала дипломатические отношения с Россией, предупредил вечером 26 января 1904 года морского министра:
«Если мы не поставим теперь же во внутренний бассейн флот, то мы принуждены будем сделать это после первой же ночной атаки, дорого заплатив за ошибку».
В Порт-Артуре командующий эскадрой не раз докладывал наместнику царя, внебрачному сыну Александра II, адмиралу Е. Алексееву, о необходимости повысить боевую готовность, но своенравный и надменный наместник неизменно отказывал и говорил: «Преждевременно». Ночью 27 января японцы без объявления войны вероломно атаковали стоявшую на внешнем рейде Порт-Артура русскую эскадру и вывели из строя 3 броненосца. Одновременно 6 японских крейсеров и 8 миноносцев вломились в нейтральный порт Чемульпо, блокировали стоявший там крейсер «Варяг» и канонерскую лодку «Кореец». Русским кораблям предложили ультиматум — сдаться в плен. Оба корабля подняли пары и двинулись в атаку на японцев.
После трёхчасового неравного боя «Варяг» нанёс тяжёлые повреждения крейсеру «Такашихо», но огонь японской эскадры вывел из строя все орудия крейсера. Командир «Варяга», капитан 1-го ранга Руднев, предпочёл затопить крейсер, но не сдавать врагу, а канлодку «Кореец» взорвал.
1 февраля морской министр Авелан сообщил Макарову, что он назначен командующим флотом на Тихом океане. Сразу же Макаров начал готовиться к отъезду, не ожидая поступления официального приказа. За два-три дня создал свой штаб из дельных офицеров. Пригласил бывшего командира «Ермака» капдва М. Васильева, минного офицера К. Шульца с «Витязя», полковника Генштаба А. Агапеева. Для ремонта повреждённых кораблей в Порт-Артуре с Макаровым отправилась группа опытных мастеров с Обуховского и Балтийского заводов.
