По состоянию корпусов, ПТ-5, ПТ-6 и ПТ-8 были отбракованы, но дополнительно мобилизован только ПТ-12 (65 л.с.). Таким образом, всего восемь теплоходов были переоборудованы в сторожевые катера: С-1, С-2, С-3, С-4, С-7, С-Э, С-10 и С-12. Все они с содержанием по штату №04/941 вошли в Дивизион сторожевых катеров, состоявший из двух отрядов (Березинский и Днепропетровский).
Здесь необходимо отметить, что в Пинской военной флотилии на 22 июня 1941 г. были два сторожевых катера типа "А", входившие в 1 -ю группу (Дивизион бронекатеров) Передового отряда. Это были катера специальной постройки, дымозавесчики, обозначавшиеся С-1 и С-2 (7,97 т; 15,6x3,0x0,6 м; дизель 100 л.с.; 15 км/ч; 1 х7,62-мм пулемет). Создалась ситуация, когда появилось две пары катеров с одинаковыми наименованиями - С-1 и С-2. Поэтому, при каждом упоминании в оперативных документах мобилизованных катеров, обязательно добавляется - "тип Опыт". Кроме того, зачастую сторожевые катера именовались "СК", что создавало дополнительную возможность перепутать их со сторожевыми кораблями, а перевод пяти бронекатеров в марте 1941 г. в сторожевые катера, и, затем, 12 апреля 1941 г. обратно в бронекатера, выглядит просто как "контрольный выстрел". Даже начальник штаба флотилии, капитан 2-го ранга Г.И. Брахтман, в 1942 г. в своем отчете называет БКА №53 несуществующим "СКА С-5".
Эскизный проект канонерской лодки переоборудованной из пассажирского катера типа "Опыт" (по схеме АОЦВМА. Ф.2.Д.10255)
Переоборудование теплоходов в сторожевые катера, несмотря на их сравнительно малый тоннаж, заняло много времени. Три сторожевых катера были сданы 22-26 июля 1941 г. заводом им. И.В. Сталина, еще три - к 10 августа 1941 г. Днепропетровскими судоремонтными мастерскими. На время переоборудования личный состав Дивизиона сторожевых катеров (250 человек) был передан в стрелковый батальон Управления тыла флотилии. Большой срок работ объясняется как количеством сторожевых катеров, так и большой трудоемкостью. Вместо остекленной ходовой рубки, ставилась бронированная (7-мм) боевая рубка; позади нее, на площадке демонтированного кормового пассажирского салона, устанавливались один или два зенитных 7,62-мм пулемета М-1 (воспоминания о том, что это были две "комплексированные" установки М-4, видится мемуарным преувеличением. Брахтман пишет только об одном пулемете М-1). В оконечностях монтировались кубические подбашенные бронированные рубки (7-мм) для двух артиллерийских установок 40-К (три СКА) или двух установок 41 -К (три СКА, в том числе С-1). Для вооружения катеров были использованы шесть носовых башен 40-К, переданных в 1940 г. в мобилизационный резерв Пинской военной флотилии после модернизации мониторов серии СБ-37, шесть башен 41-К от недостроенных на "Ленинской кузнице" мониторов серии СБ-57 и четыре пушки 21-К (два СКА, в том числе С-7).
Башни 41 -К и 40-К устанавливались силами эвакуированного в Днепропетровск завода им. И.В. Сталина, пушки 21-К - в местных Днепропетровских судоремонтных мастерских.
Первое упоминание о сторожевых катерах типа "Опыт" относится к 27 июля 1941 г., когда С-1, С-2, С-3 вышли из Киева на Березину для усиления Березинского отряда речных кораблей, куда и прибыли благополучно 30 июля 1941 г., образовав отряд сторожевых катеров под командованием капитан-лейтенанта Л.Д. Анастасьева. Причем, в сообщении по этому поводу штаба ПВФ в Главный морской штаб, подчеркивается - "резервы усиления кораблями исчерпаны".
Ничего примечательного калибром 45-мм на Березине сделать было нельзя. Деятельность сторожевых катеров в основном сводилась к дозорам и разведке. Следующее упоминание о сторожевых катерах фиксируется 18 августа 1941 г., когда тройка Ju-87 в районе Горвапь атаковала сторожевые катера С-2 и С-3. От попадания бомбы на С-3 взорвался носовой погреб, один человек был убит, семеро ранено, но сторожевой катер остался на плаву и, по образному выражению Брахтмана, "с загнутым, как у гондолы" носом, своим ходом ушел на ремонт в Киев. После ремонта С-3 действовал на фланге Киевского укрепрайона и по приказу командования был подорван командой 18 сентября 1941 г. при оставлении Киева частями 37-й армии.
Сторожевые катера С-1 и С-2 до сентября действовали в Березинском отряде речных кораблей, взаимодействовавшем с 3-й армией Центрального фронта. После отхода 3-й и 5-й армий за Днепр, нахождение Березинского отряда на верхнем Днепре потеряло всякий смысл. Было принято решение: Березинскому отряду прорываться вниз по Днепру к Киеву. Прорыв кораблей, получивший название "Второй Окуниновский", состоялся в ночь с 30 на 31 августа 1941 г. Сторожевые катера, по плану, должны были идти головными в третьей группе кораблей, вместе с плавбазой "Ударник" и не имевшей хода, потому шедшей на буксире, канлодкой "Трудовой". Фактически, из-за отстранения от прорыва канлодки "Каганович" и БКА N953, были сформированы две группы прорыва. Сторожевые катера оказались во второй.
СКА С-1 шел на прорыв седьмым. Вторая группа была разгромлена выше Домантово. Обстоятельства гибели С-1 известны из наградных листов Пинской военной флотилии (это говорит о том, что, несмотря на гибель сторожевого катера, команда достойно проявила себя в бою, и большая ее часть добралась до Киева) и послевоенных воспоминаний. Группа встретила у Домантово более сильное противодействие, река уже была освещена горящим сторожевым кораблем "Техник". Первой в колонне загорелась плавбаза "Ударник", затем С-1 получил попадание бронебойного снаряда в машинное отделение. По приказу командира отряда сторожевых катеров капитан-лейтенанта Анастасьева, БКА №204 покинул колонну и предпринял безуспешную попытку буксировать поврежденный и не имевший хода С-1, продолжавший вести огонь. Вскоре С-1 получил попадания в кормовую, а затем и в носовую башни. В результате возникшего пожара начали рваться снаряды, и С-1 притонул у правого берега на 1066 км Днепра. Часть команды успел перевезти на левый берег БКА N9204, еще шесть человек (в том числе командир СКА лейтенант Г.Н. Цыганков, покинувший катер последним) сумели укрыться в камышах у правого берега, а под утро переправились на левый. Но три моряка сторожевого катера были взяты в плен у Домантово артиллеристами 198-го истребительного противотанкового дивизиона (Pz. Jgt.Abt.198). На допросе пленные показали, что их корабль (в немецкой транслитерации названный "S.K.1") - это бывший речной теплоход из Днепропетровска.
С-2 шел на прорыв замыкающим (да еще и тринадцатым), получил повреждения, но все же, дошел до Киева.
Не участвовавшие в прикрытии переправ С-4 и С-9, находившиеся в Киеве, были 28 августа 1941 г. включены в состав Черниговского отряда речных кораблей Пинской военной флотилии и 3 сентября ушли в составе отряда вверх по Десне, к Чернигову. Приход кораблей в район Чернигова для пресечения попыток переправы противника оказался запоздалым - 260-я пехотная дивизия еще 30 августа беспрепятственно переправились через Десну и захватила плацдарм на ее левом берегу, у села Вибли, в 12 км восточнее Чернигова. Немецкий плацдарм расширялся: 8 сентября противником были атакованы железнодорожный и шоссейный мосты через Десну, их пришлось взорвать. В ночь на 9-е Чернигов был оставлен советскими войсками. Тяжелее всех пришлось 45-й и 62-й стрелковым дивизиям: отходя с арьергардными боями на юг по правому берегу Десны, к полудню 9 сентября они оказались прижатыми к берегу в излучине Десны у села Шестовицы, в 15 км южнее Чернигова. В штаб 31-го стрелкового корпуса смог пробиться политрук из 62-й стрелковой дивизии, доложивший о сложившейся обстановке. Командующий 5-й армии, генерал-майор танковых войск М.И. Потапов, приказал выдвинуть в район Шестовиц все переправочные средства и корабли Черниговского отряда для оказания помощи окруженным. Утром 10 сентября к Шестовицам вышли СКА С-4, С-9 и БКА №41. В 5 км ниже по течению, у села Слабино, встал на огневую позицию монитор "Смоленск" - предполагалось, что залпы его гаубиц не только остановят преследование, но и будут служить ориентиром для переправы выходивших к реке подразделений. К этому времени окруженные находились в отчаянном положении - прорваться или обойти Шестовицы им не удалось. На прибрежном лугу были подорваны орудия, сожжены трактора и автомашины. Красноармейцы, на подручных средствах и даже вплавь, пытались переправляться на левый берег Десны. Сторожевые катера и БКА №41 попали под пулеметный огонь, на бронекатере вышел из строя двигатель, и С-4, взяв его на буксир, начал уходить вниз по реке. Бронекатер при этом продолжал вести огонь из двух ДШК по огневым точкам противника. С-9 смог подойти вплотную к берегу, и на его палубу уже начали погружать тяжелораненых, когда отчаявшаяся спастись толпа красноармейцев бросилась на борт. Перегруженный, осевший сторожевой катер безуспешно пытался отчалить, когда из Шестовиц по нему открыла огонь 37-мм пушка. Несколько попаданий в машинное отделение и рубку привели к пожару, и С-9 сгорел на мелководье недалеко от правого берега.
