С марта 1801 года в Российской империи правил новый царь — Александр I. Разбираясь с «хозяйством», он поручил Военному министерству определить порядок использования Черноморского казачьего Войска. Видимо, ведомственная принадлежность членов Государственной Военной Коллегии решила судьбу черноморцев в пользу сухопутной службы. Возможно, составляй проект адмиралы Морского ведомства — судьба была бы иной.

11 ноября 1802 года военный министр Вязмитинов направил царю на утверждение проект «Положения о Черноморском казачьем Войске». В нем, надо сказать, честно описывалось прошлое и будущее Войска.

«Войско сие, существовавшее под именем Запорожских казаков, получило настоящее бытие свое в начале последней с турками войны, покойным Генерал-Фельдмаршалом князем Потемкиным из рассеяного состояния приведено в соединение и названо — Войском Верных Черноморских Казаков.

…Ныне существующий внутренний сего Войска воинский распорядок основан будучи на правилах прежнего Запорожского Войска… Службу справляют они конно, пеше и на судах… Имеют легкую артиллерию в 20-ти орудиях в 3-фунтовых состоящую, которой действуют… и на лодках. Обыкновенная их беспрепятственная внутренняя служба состоит… при флотилии и переправе через Еникольское гирло… на что употребляется до 3429 человек. Всего же способных к службе: офицеров имеющих армейские чины — 100. Есаулов, сотников и хорунжих — 285. Казаков и канониров — 15 094 человек».

Нет сомнений в том, что среди них немало было ветеранов измаильского штурма и морских сражений в западной части Черного моря. Однако, когда члены Государственной Военной Коллегии составили, говоря современным языком, мобилизационный план Черноморского Войска на случай войны, только последний, 12-й пункт предусматривал развертывание их военно-морских сил на случай конфликта с Турцией.

«Пункт 12. Когда в случае открытой войны Войско… как скоро они будут посажены на суда, пойдут от берегов в море… и для разъездов около своих берегов». Александр I это «Положение», ставшее первым шагом черноморцев на сушу, утвердил.

Последующие события для России имели больше сухопутное значение. Казаки-черноморцы воевали с армией Наполеона в составе сухопутной армии. Некому и незачем было выходить в море. Да и грозные ранее казачьи лодки — сгнили и пошли на дрова. Лишь седые деды, звеня серебряными медалями, рассказывали внучатам о схватках с кораблями Гассан-Паши под Очаковом, Измаилом. О том, как свистит ветер в снастях парусов и как гремят корабельные пушки…

Правда, весной и осенью 1809 года флотилия черноморских казаков участвовала в неудачных штурмах турецкой крепости Браилов. Но с 1810 года казачьи лодки гребной флотилии прекратили крейсерство в северо-восточной части Черного моря и в лимане Кубани. Лишь в русско-турецкую войну 1828–1829 годов черноморские казаки чуть-чуть тряхнули стариной. 1-й пеший полк черноморских казаков был посажен на суда и разбил турецкий флот под тем же Браиловым, заслужив еще одно почетное знамя. Это была последняя награда, полученная казаками за морское сражение.

С моря они еще дважды (в 1807 и в 1828 гг.) осаждали и защищали Анапу, бывшую тогда турецкой крепостью. В ночь на 20 мая 1828 года казаками взяты на абордаж у стен Анапы три турецких корабля.

Но, конечно, о флотилиях в сто судов с собственным брейд-вымпелом никто и не мечтал. Так, береговая служба, береговая охрана от контрабандистов — вот функции черноморцев в те годы. О плаваниях через все Черное море, как ходили деды, теперь только вспоминали.

Окончательно «иссушил» флотский дух в Черноморском казачьем Войске император Николай I. В 1842 году он утвердил новое «Положение о Черноморском казачьем Войске», представленное военным министром графом Клейнмихелем.

Внук Екатерины Великой утвердил границы земель черноморцев между восточным берегом Азовского и частью Черного моря. Разделив Войско на три округа: Таманский, Екатеринодарский и Ейский. «Столицей» Войска стал город на Кубани — Екатеринодар. Морских команд и вооруженных морских судов в боевом расписании Войска, согласно этому «Положению», не предусматривалось вообще. Офицерские чины казаков-черноморцев уравнивались с общеармейскими. Вооружение: пистолеты, шашки, кинжалы и форма одежды — по образцу конных полков.

Так, еще до Восточной (Крымской) войны на Черном море, повлекшей за собой полное исчезновение русского военного флота с этого моря на 15 лет, казаки-черноморцы окончательно пересели со скамьи гребцов боевых флотилий в седла боевых коней, к концу XIX века окончательно превратившись в кавалерию Кубанского казачьего Войска.

Обобщив имеющиеся архивные и библиографические источники, можно подвести итоги боевой истории Черноморского Войска. За сравнительно короткий период — с 1789 по 1792 год — моряки-казаки Черноморского казачьего Войска приняли участие не менее чем в десяти крупных морских боях и десантных операциях: у Кинбурнской Косы, у Очакова, у Измаила, у Браилова, у Белграда, остров Березань… Потопили и сожгли 222 турецких судна различного типа. Захватили более шести турецких знамен.

В этих же боях и плаваниях казаки потеряли 21 лодку. Приблизительные потери казаков в боевых действиях на море и побережье составили: убитых офицеров — 9 (умер от ран кошевой атаман-адмирал Сидор Белый), рядовых казаков — 243, раненых — 564. Попало в плен минимум 235 казаков — их судьба неизвестна.

Казакам Черноморского Войска не жаловали чинов адмиралов и офицеров флота. Их награждали чинами армейских офицеров. Но по роду их боевой деятельности можно решительно отнести к категории адмиралов гребных флотилий: первого Кошевого Атамана войска — Сидора Игнатьевича Белого, его преемника — атамана Захария Чепегу — кавалера ордена Святого Георгия 3-го класса и дважды награжденного золотым оружием князем Потемкиным и самой императрицей (он стал первым кавалером в истории Войска). Войсковым Судьей, а фактически — адмиралом гребной флотилии, был и Антон Андреевич Головатый. За штурм Измаила новыми офицерскими чинами были пожалованы 500 казаков-черноморцев. Вспомнить всех невозможно, назовем лишь наиболее известные имена. Логин Мещанский, Ломак Легкоступ, Колпак, Иван Высо-чин, Андрей Белый, Тимковский, Иван Сухин, Левко Малый, Моний Гулик, Сутыка, Котляревский — вошли в историю, как командиры групп казачьих лодок в морских сражениях и дальних походах. Так что по квалификации они офицерам русского регулярного Черноморского флота как минимум не уступали. За участие в морских операциях, наравне с регулярным Черноморским флотом, казачья флотилия получила брейд-вымпел, три знамени от князя Потемкина, знамя и почетные серебряные трубы от Екатерины II. В отличие от донских казаков, получивших памятные золотые и серебряные медали за пеший штурм Измаила, черноморцы были награждены за бой с турецким флотом. Получили одно знамя за победу на море и от Николая 1.

Запорожцы, имея многовековые морские традиции, дольше донцов сохраняли свой суверенитет на море, и потому часть их послужила для формирования еще одного морского казачьего Войска — Азовского.

Первая попытка образовать у берегов Азовского моря отдельное, морское казачье Войско была предпринята еще в январе 1737 года донскими казаками. Из Черкасска были отправлены для расселения у города-порта Азова семьи донцов. Казаки, неоднократно бравшие и терявшие этот городок, щедро поливавшие окрестные берега своей кровью, полноправно считали его своим. Тем более мастерства мореплавания им было не занимать. Но время было, что называется, не то. Сидя на российском престоле, отчаянно борясь за колонии на востоке, протестанты вовсе не одобряли выход к морю своих самых сильных противников из православных — казаков. И Азовского казачьего Войска из донцов в XVIII веке не случилось.