Трудно сказать, относился ли этот знак уважения всегда к гробнице Тимура. Еще прежде такое же уважение оказывали расположенной приблизительно в той же местности, в цитадели, гробнице Нур ад-дина Басира; по словам биографа шейха, самаркандский шейх ал-ислам Абд ал-Мелик и другие ученые и благочестивые люди всегда проходили перед мазаром пешком и даже снимали обувь. Иное чувство к могиле Тимура испытывали, конечно, находившиеся в Самарканде пленники; Шиль-дбергер рассказывает, что в «храме», где был похоронен Тимур, по ночам раздавались стоны, прекратившиеся только тогда, когда уведенных Тимуром пленных отпустили на родину.
Несогласное с правилами ислама убранство мавзолея было удалено только после занятия Самарканда Шахрухом, что произошло в мае 1409 г. По рассказу Ибн Арабшаха, Шахрух посетил могилу своего отца, вновь совершил траурные обряды, утвердил приставленных к мавзолею чтецов Корана, сторожей и служителей, но велел убрать и передать в казну находившиеся при гробнице предметы одежды, утвари и вооружения.
С событиями 1409 г. и следующих лет связана, по всей вероятности, еще другая перемена, о которой говорит Шереф ад-дин, не определяя точно времени. Тимур, всегда питавший искреннюю любовь к потомкам пророка, будто бы выражал желание, чтобы его похоронили у подножия гробницы сейида Береке; поэтому «через некоторое время» гроб с телом сейида перенесли из Андхоя в Самарканд и похоронили в «куполообразной постройке, воздвигнутой Тимуром, смежной с суфой упомянутой ханаки»; Тимура положили, согласно его желанию, у ног сейида; в ту же куполообразную постройку перенесли прах Мухаммед-Султана и похоронили рядом с Тимуром.
К сожалению, кроме Шереф ад-дина (и писавших с его слов), ни один автор не упоминает ни о перенесении праха сейида из Андхоя в Самарканд, ни о перенесении праха Тимура и его внука из одного здания в другое. Трудно допустить, чтобы и то и другое могло произойти до 1409 г. Во-первых, слова Ибн Арабшаха ясно показывают, что обстановка мавзолея между 1405 и 1409 гг. оставалась без изменения; во-вторых, Самарканд в это время принадлежал Халилю, Андхой - Шахруху; отношения между этими владетелями были настолько враждебны, что перенесение тела сейида из Андхоя в Самарканд в эти годы едва ли вообще было возможно. Труд Абд ар-Раззака, всецело основанный на труде Хафиз-и Абру, дает не вполне правильное представление о событиях; как при жизни Тимура в первоначальной редакции Зафар-наме была обойдена молчанием ссора между Тимуром и Мираншахом, так придворный историк Шахруха, очевидно по желанию своего государя, в своем рассказе о борьбе Шахруха с Халилем и другими родственниками многое смягчает, о многом умалчивает совсем. Договор 1405 г. истолкован в смысле подчинения Халиля верховной власти Шахруха; упоминается о том, что Халиль обязался выдать Шахруху деньги, принадлежавшие сыновьям Шахруха Улугбеку и Ибрахиму и находившиеся в Самарканде, и что Шахрух отправил за этими деньгами своих посланцев, но умалчивается о результате посольства, о котором рассказывает один из его участников, историк фасих; деньги не только не были выданы, но послы были вынуждены спасаться бегством; им пришлось скакать день и ночь, чтобы успеть переправиться через Аму-Дарью и вернуться к своему государю. В феврале 1406 г., во время битвы между Халилем и Пир-Мухаммедом, Улугбек и его опекун Шах-Мелик, несмотря на существовавшее между Шахрухом и Халилем соглашение, находились в войске Пир-Мухеммеда, причем из рукописи Ог.159 видно, что между Шахрухом и Пир-Мухаммедом действительно существовал союз. В той же рукописи приводятся написанные несколько раньше письма Шахруха к Мираншаху, где Шахрух требовал, чтобы Халиль уступил Самарканд Пир-Мухаммеду и удалился в удел, назначенный ему при Тимуре, именно «в область Байлакана, Берда, Грузию, Армению и Тифлис до пределов Трапезунта».
Как строгий блюститель шариата, Шахрух не мог не очистить мавзолея Тимура от языческого убранства; но очень вероятно, что в Самарканде его распоряжение вызвало некоторое неудовольствие, особенно среди военного сословия. Перенесение тела сейида из Андхоя, может быть, имело целью успокоить недовольных; было известно, что сейид пользовался при Тимуре большим уважением. Можно, однако, сомневаться в том, действительно ли Тимур желал быть похороненным рядом с сейидом или это желание было только приписано ему Шахрухом. Сейид умер зимой 1403/04 г. в Карабаге, и тогда же было приказано отправить его тело в Андхой, где находился его удел и где жили его родственники. Если бы это погребение считалось только временным, то для сейида, вероятно, строился бы мавзолей в Шахрисябзе; но об этом нет никаких сведений.
Известия о личности сейида Береке и о степени его влияния на Тимура довольно скудны. Противоречивы известия о его происхождении; по словам Ибн Арабшаха, он, по некоторым известиям, происходил из Египта, по другим - из Медины, по другим - из Мекки; Тимур по его просьбе подарил ему Андхой, причислявшийся к вакфам священных городов (Мекки и Медины), и эта местность еще при Ибн Арабшахе считалась собственностью потомков Береке. По словам Шереф ад-дина, сейид впервые выступил в 1370 г., незадолго до победы Тимура над Хусейном. Береке принадлежал к меккским шерифам и прибыл в Хорасан по делам вакфов священных городов; Хусейн не только ничего не дал ему, но даже не оказал ему должного уважения; тогда он обратился к Тимуру и принес ему барабан и знамя; Тимур исполнил все его желания и передал в его распоряжение все суммы вакфов; о том, что эти вакфы находились в Андхое, Шереф ад-дин не упоминает. В противоположность рассказу Шереф ад-дина, по которому Береке только при Тимуре прибыл в Хорасан из Мекки, автор Кандии причисляет «сейида эмира Береке» к «андхойским сейидам», будто бы происходившим «от брака ходжи Юсуфа андхойского и дочери имама Хасана, сына Али».
Шереф ад-дин уверяет, что сейид всюду сопровождал Тимура; впоследствии они были похоронены в одном мавзолее, причем лицо Тимура было обращено в сторону сейида. В рассказах об отдельных событиях царствования Тимура имя сейида, однако, встречается редко. В 1383 г. он вместе с другими представителями духовенства увещевал Тимура, когда тот слишком предавался горю после смерти сестры и не хотел заниматься государственными делами; в 1391 г. он произнес молитву перед битвой с Тохтамышем; в 1392 г. он неудачно выступал посредником между Тимуром и мазандеранскими сейидами. В конце 1403 г., незадолго до своей смерти, он прибыл к Тимуру в Карабаг; Тимур вышел из своего шатра, чтобы его встретить; оплакивая Мухуммед-Султана, сейид снял с головы чалму и начал рыдать; Тимур обнял его, и оба вместе долго плакали. Битву с Тохтамышем Ибн Арабшах переносит на берег Сыр-Дарьи (в действительности она произошла к западу от Урала) и приписывает сейиду в этой битве более яркую роль. Войско Тимура было уже близко к поражению, когда явился сейид, ободрил Тимура, сошел с коня, набрал горсть мелких камней, снова сел на коня и бросил камни в лицо врагам с громким криком: «Ягы качты» (по-турецки: враг бежал). Тимур и все его воины повторили тот же крик, бросились на врагов, и войско Тохтамыша было разбито. Ибн Арабшах приводит изречение Тимура, будто бы объясняющего все свои успехи молитвой шейха Шемс ад-дина Кулаля, заботой шейха Зейн ад-дина Хавафи и благословением, исходившим от сейида Береке.
Из слов Шереф ад-дина можно вывести заключение, что строившийся в 1404 г. мавзолей, «смежный с суфой ханаки», до прибытия в Самарканд тела сейида Береке стоял пустым; прежде всего там похоронили сейида, потом у ног его положили Тимура, наконец, перенесли в то же здание тело Мухаммед-Султана. Трудно согласить это со словами того же автора, что в 1404 г. строилось «куполообразное здание для погребения» Мухаммед-Султана и что тело Тимура еще в феврале 1405 г. было положено «в куполообразное здание для погребения»; трудно допустить, что речь идет о двух различных зданиях. Гораздо правдоподобнее, что тело Тимура при Халиле покоилось в мавзолее, построенном для Мухаммед-Султана, и что только перенесением в Самарканд тела сейида были созданы новые условия, не имевшиеся в виду при постройке 1404 г. Как ни велико было уважение Тимура к сейидам и шейхам, известия о мавзолеях в Шахрисябзе и сохранившиеся до сих пор мавзолеи тимуровской эпохи в Самарканде показывают, что считалось совершенно достаточным строить мавзолеи для членов царствующего рода рядом с могилами святых; этим похороненному в мавзолее было обеспечено покровительство святого и в то же время давался простор для той полуязыческой пышности, которой был окружен гроб Тимура до 1409 г. и которая едва ли была бы возможна непосредственно над гробом мусульманского святого. По мере укрепления в Средней Азии идеи шариата, старались установить более тесную связь между сейидами и представителями светской власти; в XIX в., как известно, бухарские эмиры и хивинские ханы даже насильно брали себе жен из потомков пророка, чтобы их потомки могли присоединить к своим титулам титул «сейид». В XV в. до этого еще не доходило; но уже в XV и XVI вв. государи находили нужным переносить в мавзолеи своих предков тела сейидов. Этим, вероятно, объясняется факт, что и в Шахрисябзе прах отца Тимура, как мы видели, лежит в одном мавзолее с прахом нескольких сейидов.