Как известно, надежды сокрушить восстание уже в день открытия X съезда РКП(б) не оправдались. Понеся большие потери, карательные войска отступили на исходные рубежи. Одна из основных причин этой неудачи крылась в настроениях красноармейцев, которых бросали на лед Финского залива для штурма крепости. Дело дошло до прямого неповиновения красноармейцев, их выступлений в поддержку Кронштадта. В полосе наступления Южной группы отказался подчиниться приказу штурмовать крепость 561-й полк. На северном участке с большим трудом удалось заставить наступать отряд петроградских курсантов, считавшийся самой боеспособной частью войск Северной группы.
Волнения в воинских частях усиливались. Красноармейцы отказывались идти на штурм Кронштадта, звучали призывы "бить коммунистов". Власти боялись, что восстание перекинется на весь Балтийский флот. Было принято решение приступить к отправке "ненадежных" моряков для прохождения службы в других акваториях страны, подальше от Кронштадта. До 12 марта на Черное море было отправлено 6 эшелонов с моряками балтийских экипажей, представлявших собой, по мнению командования, "нежелательный элемент". Были приняты меры и на случай, если вдруг по пути следования эшелонов на юг ехавшие в них моряки поднимут мятеж. С этой целью усиливалась охрана железных дорог, вокзалов, для чего были подтянуты дополнительные воинские части и несколько бронепоездов.
Чтобы заставить воинские части наступать, командованию пришлось прибегать к угрозам. Срочно создается мощный репрессивный механизм, призванный переломить настроения красноармейцев (полевые выездные сессии рев-воентрибунала, чрезвычайные революционные тройки, осведомители в [каждой воинской части). Ненадежные части разоружаются и отправляются в тыл, а те, кого посчитали зачинщиками, расстреливаются. Приговоры к высшей мере наказания "за отказ от выполнения боевого задания", "за дезертирство" следовали один за другим. Их приводили в исполнение немедленно, поясняя, что так делается ввиду "особых условий, сложившихся в городе Кронштадте, и для поддержания революционного порядка". Расстреливали публично. Красноармейцы, производившие экзекуции, расписывались или ставили крестики в актах о расстреле, тем самым как бы скрепляя себя кровью с людьми, вынесшими приговор.
Подтягивались на исходные позиции считавшиеся наиболее надежными части. С 10 марта в районе станции Лигово сосредоточивалась 27-я Омская стрелковая дивизия[8], вызванная с Западного фронта. Она имела хорошую боевую подготовку и с успехом сражалась на польском фронте. Но по прибытии ее в 235-м Невельском, 236-м Оршанском и 237-м Минском полках 79-й бригады началось брожение. Красноармейцы заявили, что они не будут штурмовать Кронштадт. Эти части удалось разоружить, начались аресты.
Процедура расправы была предельно упрощена: после короткого допроса обвиняемому сразу же выносили приговор. Только 14 марта постановлением чрезвычайной тройки был приговорен к расстрелу 41 красноармеец 237-го Минского полка. 15 марта та же участь постигла 33 красноармейцев Невельского полка. Приговоры зачитывались "всем ротам и командирам".
В ночь на 16 марта после интенсивного артиллерийского обстрела крепости начался новый ее штурм. Когда стало ясно, что дальнейшее сопротивление бесполезно и, кроме дополнительных жертв, ни к чему не приведет, по предложению штаба обороны крепости защитники ее решили уходить из Кронштадта. Запросили правительство Финляндии, может ли оно принять гарнизон крепости. После получения положительного ответа начался отход к финскому берегу. В Финляндию успели перейти около 8 тысяч человек. Финляндскую границу перешли почти все члены кронштадтского ВРК и штаба обороны.
К утру 18 марта крепость оказалась в руках красноармейцев. Власти скрыли количество погибших, пропавших без вести и раненых красноармейцев. Нет обобщающих сведений и о числе жертв среди защитников Кронштадта. Многие из погибших на балтийском льду даже не были преданы земле. С таянием льда возникла опасность заражения акватории Финского залива. В конце марта в Сестрорецке на встрече представителей Финляндии и советской России решался вопрос об уборке трупов, оставшихся в Финском заливе после боев.
Началась расправа над гарнизоном Кронштадта. Само пребывание в крепости во время восстания считалось преступлением. Все матросы и красноармейцы прошли через военный трибунал. На каждого составлялся протокол допроса. Обязательным был вопрос об участии в восстании. Специальная запись в протоколе фиксировала, где арестован подследственный. Почти отсутствуют в протоколах отметки, что кто-то из них захвачен с оружием в руках. Пленных среди осужденных не было, так как их расстреливали на месте. Под страхом наказания запрещалось даже оказывать помощь раненым матросам, которые после штурма оставались на балтийском льду и улицах Кронштадта.
Прошло несколько десятков открытых судебных процессов. Особенно жестоко расправлялись с моряками линкоров "Севастополь" и "Петропавловск". 20 марта слушалось дело по обвинению 13 человек с линкора "Севастополь" в мятеже и вооруженном восстании. Всех обвиняемых приговорили к расстрелу. Один из самых крупных открытых процессов над моряками восставших линкоров состоялся 1–2 апреля. Перед ревтрибуналом предстали 64 человека. 23 из них приговорили к расстрелу, остальных — к пятнадцати и двадцати годам тюрьмы. 20 марта на заседании чрезвычайной тройки слушалось дело по обвинению 167 моряков линкора "Петропавловск". Всех приговорили к расстрелу. На следующий день по постановлению чрезвычайной тройки было расстреляно 32 моряка с "Петропавловска" и 39 — с "Севастополя", а 24 марта по постановлению тройки расстреляли еще 27 моряков.
В ходе следствия от каждого арестованного требовали прежде всего назвать "сообщников". После ареста от них тоже требовали ответа на тот же вопрос. Таким образом ускорялось движение репрессивного маховика. Между тем подавляющее большинство представших перед судом не принимали участия в обороне крепости. Путем массового террора власти стремились раз и навсегда покончить с возможностью повторения антибольшевистских выступлений.
К лету 1921 года только президиумом Петроградской губчека, коллегией Особого отдела охраны финляндской границы Республики, чрезвычайной тройкой кронштадтского Особого отделения Особого отдела охраны финляндской границы и реввоентрибуналом Петроградского военного округа к высшей мере наказания были приговорены 2103 человека и к различным срокам наказания 6459 человек. 1464 человека хотя и были освобождены, обвинения с них сняты не были.
С особым пристрастием карательные органы преследовали тех, кто во время кронштадтских событий вышел из РКП(б). Людей, "состав преступления" которых заключался только в сдаче партийных билетов, безоговорочно относили к разряду врагов и судили, хотя некоторые из них являлись участниками революции 1917 года. Были арестованы члены Временного бюро кронштадтской организации РКП. Им не простили призыва к кронштадтским коммунистам поддержать действия ВРК. По приговору чрезвычайной тройки шестерых членов Временного бюро приговорили к расстрелу, а те кронштадтские коммунисты, которые были лишь ознакомлены с текстом "Воззвания Временного "Бюро" до его опубликования в "Известиях ВРК", получили по пять лет принудительных работ.
Осужденных было так много, что вопросом о создании новых концентрационных лагерей специально занималось Политбюро ЦК РКП(б). Расширение мест заключения было вызвано не только событиями в Кронштадте, но и общим ростом числа арестованных по обвинению в контрреволюционной деятельности, а также пленных военнослужащих белых армий.
С весны 1922 года началось массовое выселение жителей Кронштадта. 1 февраля приступила к работе эвакуационная комиссия. До 1 апреля 1923 года она зарегистрировала 2756 человек, из них "кронмятежников" и членов их семей — 2048, не связанных своей деятельностью с крепостью — 516 человек. Первая партия в 315 человек была выслана уже в марте 1922 года. Всего же было выслано 2514 человек, из которых 1963 как "кронмятежники" и члены их семей, 388 человек, не связанных с крепостью.
