Во всех епархиях продолжали открываться закрытые ранее приходы (с января по ноябрь 1944 года было открыто более 200 церквей); рукополагались пресвитеры и диаконы. Мысль Патриарха Сергия о возобновлении духовного образования в России была наконец осуществлена. В Москве открылись Богословский институт и Богословско–пастырские курсы.

С 21 по 23 ноября 1944 года в здании Московской Патриархии заседал Собор епископов, главной целью которого была подготовка Поместного Собора. С отчетным докладом выступил Патриарший Местоблюститель. В этом докладе он сформулировал основные принципы церковного управления, которыми руководствовался сам во все время своего служения: "Церковное управление твердо дотоле, доколе мы остерегаемся переступать через рубеж правил церковных, коль скоро переступим однажды по какому-нибудь произвольному рассуждению, то уже трудно будет определить, где предел, далее которого нельзя идти". Митрополит Алексий сделал также доклад о патриотической деятельности Русской Православной Церкви. Архиепископ Саратовский Григорий (Чуков) посвятил свой доклад проекту "Положения об управлении Русской Православной Церковью". С сообщением о состоянии подготовки к открытию духовных школ выступил назначенный ректором Православного Богословского Института протоиерей Т. Д. Попов. Отчет о деятельности редакции "Журнала Московской Патриархии" сделал ее ответственный секретарь протоиерей А. П. Смирнов. Собор заслушал также доклад управляющего делами Московской Патриархии протоиерея Н. Ф. Колчицкого о порядке избрания и чине настолования Патриарха. Архиерейский Собор утвердил программу предстоящего Поместного Собора.

24 ноября состоялась встреча между Председателем Совета по делам Русской Православной Церкви при Совнаркоме Г. Г. Карповым и членами Архиерейского Собора. Выступая на этой встрече, Карпов сказал: "Те явления, которые сейчас происходят в жизни Церкви, во взаимоотношениях между Церковью и государством, не представляют чего-то случайного, неожиданного, не носят временного характера, не являются тактическим маневром, как пытаются представить это дело некоторые недоброжелатели, или как это иногда выражается в обывательских рассуждениях. Эти мероприятия вытекают из той тенденции, которая наметилась еще до войны и которая получила свое развитие во время войны. Эти мероприятия… носят характер одобрения той позиции, которую Церковь заняла в отношении Советского государства в последнее десятилетие перед войной и в особенности во время войны". Слова Г. Г. Карпова не были обманом, они выражали основной принцип новой религиозной политики государственной власти, которая продолжалась около 15 лет после войны. Изменение этой политики произошло уже при новом государственном руководстве. 18 лет после кончины Патриарха Тихона Престол Московских Первосвятителей оставался вдовствующим. От кончины его преемника Патриарха Сергия до созыва нового Поместного избирательного Собора прошло всего 8 месяцев.

Поместный Собор открылся 31 января 1945 года в храме Воскресения в Сокольниках. В деяниях Собора участвовало 47 епископов, и среди них митрополиты: Алексий, Николай, Иоанн, Вениамин (Федченков) - митрополит Северной Америки и Аляски, 87 клириков, 38 мирян.

Собор 1945 года далеко превзошел Собор 1917 — 1918 годов по авторитетности и числу гостей от братских Православных Церквей. На Собор в Москву пожаловали: Александрийский Патриарх Христофор, Антиохийский Патриарх Александр III, Грузинский Католикос–Патриарх Каллистрат, представители Вселенского Патриарха — митрополит Фиатирский Германос, Иерусалимского — митрополит Севастийский Афинагор; делегация Сербской Церкви во главе с митрополитом Скоплянским Иосифом, делегация Румынской Церкви во главе с епископом Аржешским Иосифом.

После торжественного молебна Собор открыл его Председатель -Местоблюститель Патриаршего Престола митрополит Алексий. "По величию собрания и по составу собравшихся, — сказал он, — это поистине Вселенский Собор, ибо здесь, можно сказать, вся Православная Святая Соборная Апостольская Церковь. Но мы смиренно ограничиваем свои полномочия и будем обсуждать и решать дела лишь своей Русской Православной Церкви".

Главными задачами Собора Местоблюститель назвал утверждение "Положения об управлении Русской Православной Церковью" и избрание Патриарха. С приветствиями к членам Собора обратились Патриарх–Католикос Каллистрат, почетные гости из-за рубежа. С докладом о патриотической деятельности Церкви во время Великой Отечественной войны выступил митрополит Алексий. Доклад архиепископа Псковского Григория (Чукова) был посвящен проекту "Положения об управлении Русской Православной Церковью", основные идеи которого сформулировал блаженнопочивший Патриарх Сергий. В прениях по докладу выступили епископ Кировоградский Сергий (Ларин), ректор Богословского Института — профессор протоиерей Т. Д. Попов, профессор Г. П. Георгиевский.

Краткое "Положение", единогласно утвержденное Собором, заменило развернутые определения Собора 1917/18 годов, касавшиеся отдельных инстанций церковной власти. Новое "Положение" резко подчеркивало иерархический строй церковного управления, возвышая в сравнении с "Определениями" предыдущего Собора полномочия Патриарха, епархиальных архиереев и настоятелей приходов. Сроки созыва Поместных и Архиерейских Соборов "Положением" не регламентировались. Созыв Поместного и Архиерейского Соборов предоставлялся Патриарху или Синоду под председательством Местоблюстителя. По Положению Собора 1945 года Местоблюститель Патриаршего Престола не избирался, а им становился после кончины Патриарха старший по хиротонии постоянный член Синода. По 24 статье "Положения" епархиальный архиерей назначался указом Патриарха, само же избрание, о котором "Положение" умалчивает, совершалось на практике Синодом. Вместо епархиального собрания и епархиального совета, предусмотренных "Определениями" Поместного Собора 1917–1918 годов, по "Положению" при епархиальном архиерее мог состоять епархиальный совет "там, где таковой будет архиереем образован", — иными словами, учреждение его предоставлялось усмотрению архиерея. В "Положении" ничего не говорится о благочиннических собраниях и о благочиннических советах, упразднялась и введенная на предыдущем Поместном Соборе выборность благочинных. Настоятель прихода, по "Положению", должен был стоять во главе приходского собрания, являясь председателем и приходского собрания, и приходского совета. Назначался он архиереем и был ответственным перед ним. На настоятеля возлагалось попечение не только о религиозно–нравственной жизни общины, но и о ее хозяйственной деятельности, ответственность за правомерный расход приходских средств.

Второе и последнее заседание Поместного Собора состоялось 2 февраля. На нем управляющий делами Московской Патриархии протоиерей Н. Ф. Колчицкий огласил телеграмму от Патриарха Константинопольского Вениамина: "Радостно приветствую начало деяний Священного Избирательного Собора. Великая Церковь Христова благословляет, желает полного успеха. Да совершит Господь Бог святое дело Собора для блага и славы сестры — Российской Церкви". Протоиерей А. К. Станиславский выступил с приветствием от лица членов предыдущего Поместного Собора.

Важнейшим деянием второго заседания Собора явилось избрание Патриарха. Архиереи, облачившись в мантии, один за другим, начиная от младшего по хиротонии, подавали от себя и от лица клириков и мирян своих епархий голос за кандидата на Патриарший Престол. Митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий единогласно был избран Патриархом Московским и всея Руси. После пения "Тебе Бога хвалим" и возглашения многолетия избраннику Собора старший по хиротонии архиерей — архиепископ Астраханский Филипп (Ставицкий) сказал: "Теперь по древнерусскому православному обычаю прими от нас, дорогой избранник, наш земной поклон с горячим молитвенным пожеланием долгие годы украшать Христову Церковь, нести великий и ответственный подвиг свой бодро, мужественно, с верой в воздаяние…"