В декабре 1936 года VII Чрезвычайный Съезд Советов издал новую Конституцию СССР, провозгласившую политические и гражданские свободы, в том числе свободу совести, предоставившую равные права всем гражданам, включая "служителей культа". Конституция породила в умах многих людей надежды на прекращение практики незаконных репрессий, на широкую демократизацию общества.

На деле, однако, издание новой Конституции явилось прологом к неслыханному разгулу террора, получившему по имени наркома внутренних дел название "ежовщины"; жертвой репрессий пали миллионы людей, принадлежавших к самым разным общественным слоям носители разных мировоззрений: политические и государственные деятели, военачальники, дипломаты, ученые, литераторы, рядовые крестьяне, рабочие и служащие. Террор 1937 года, который с затуханием продолжался в 1938–39 годы, залил страну кровью.

Новый чудовищный удар нанесен был в эти страшные годы по Русской Православной Церкви.

Пятилетний план "Союза воинствующих безбожников", поставившего своей целью искоренение религий в нашей стране, провалился. Перепись 1937 года, в которую включен был и вопрос о религиозных убеждениях, обнаружила, что 2/3 сельского населения, составлявшего тогда большинство, и 1/3 городского продолжают считать себя верующими. После переписи "Союз воинствующих безбожников", насчитывавший более 5 миллионов членов, был подвергнут чистке, в результате которой из него вышла половина его членов, многие из которых были незаконно репрессированы, отправлены в лагеря и расстреляны.

Для "преодоления религии" выбран был иной метод, считавшийся более надежным, чем пропаганда, — метод репрессий. В одном только 1937 году было закрыто более 8 тысяч церквей. Предлогом для закрытия могло послужить все что угодно, например, то обстоятельство, что на расстоянии менее 1 км от храма находится школа, а чаще всего — арест священнослужителей или кого-либо из членов приходского совета — "двадцатки". Достаточно было обвинения против одного из членов "двадцатки", чтобы общину объявить распущенной.

В 1937 году аресты охватили большую часть духовенства, на этот раз они не миновали и обновленцев. Арестованным, как это принято было тогда, предъявляли самые вздорные, фантастические обвинения: в заговорах, шпионаже, саботаже, терроре. Архиепископа Смоленского Серафима (Остроумова) обвинили в том, что он возглавил банду контрреволюционеров. Подобные обвинения предъявлены были митрополиту Нижегородскому Феофану (Тулякову), епископу Орловскому Иннокентию (Никифорову). Арестованных епископов чаще всего расстреливали. Так, в 1936–39 годах погибли митрополиты Серафим (Чичагов), Серафим (Мещеряков), Константин (Дьяков), Серафим (Александров), Евгений (Зернов), архиепископ Питирим (Крылов), епископы Варфоломей (Ремов), Никон (Гурлевский), Никон (Лебедев). В 1938 году в застенках НКВД скончался митрополит Анатолий (Грисюк). Погибли и отделившиеся от Заместителя Местоблюстителя архиереи: митрополит Иосиф (Петровых), архиепископ Димитрий (Любимов), епископ Дамаскин (Цедрик).

В 1937 году были расстреляны протопресвитеры Николай Арсеньев и Александр Хотовицкий — в прошлом настоятель и ключарь храма Христа Спасителя в Москве. В лагерях погибли выдающийся богослов и философ священник Павел Флоренский, крупнейший русский патролог профессор Московской духовной академии И. В. Попов, широко известный издатель "Религиозно–нравственной библиотеки" профессор М. А. Новоселов и тысячи менее известных священнослужителей и церковных деятелей.

Подавляющее большинство из тех священнослужителей, которые остались в живых, находились в тюрьмах, лагерях и ссылке. Церковная организация была разгромлена.

В 1939 году из архиереев на своих кафедрах оставались Глава Церкви — митрополит Московский Сергий, митрополит Ленинградский Алексий (Симанский), архиепископ Петергофский Николай (Ярушевич), управляющий Новгородской и Псковской епархиями, и архиепископ Дмитровский Сергий (Воскресенский).

Несколько архиереев совершали богослужения как настоятели храмов. Так, епископ Астраханский Андрей (Комаров), уволенный в апреле 1939 года на покой, в октябре того же года был назначен на место приходского священника в город Куйбышев. Вся церковная жизнь Куйбышевской епархии сосредоточена была тогда вокруг одной этой церкви.

К 1939 году во всей России осталось лишь около 100 соборных и приходских храмов. На Украине сохранилось 3% из числа дореволюционных приходов. Во всей Киевской епархии в 1940 году оставалось два прихода с тремя священниками, одним диаконом и двумя псаломщиками, в то время как в 1917 году епархия насчитывала 1710 церквей, 23 монастыря, 1435 священников, 277 диаконов, 1410 псаломщиков, 5193 монашествующих.

В сентябре 1939 года нападением Германии на Польшу началась вторая мировая война. После разгрома Польши потенциальный противник вышел на границы нашего государства. Над страной нависла грозная военная опасность, которая побуждала к единению, к преодолению вражды и ненависти. В последние предвоенные месяцы давление на Русскую Православную Церковь ослабло, волна репрессий утихла.

После возвращения отторгнутых от России в гражданскую войну территорий — Западной Украины вместе с принадлежавшей до 1918 года Австро–Венгрии Галицией, Западной Белоруссии, Бессарабии, Эстонии, Латвии и Литвы — число приходов, находившихся в юрисдикции Московского Патриархата, многократно увеличилось. К началу Великой Отечественной войны Русская Церковь имела около 4,5 тысяч приходов и 88 монастырей с более, чем 5000 насельников — почти все на Западе страны. Экзархом Украины и Белоруссии в 1940 году был назначен перемещенный на Волынскую кафедру архиепископ Николай (Ярушевич), возведенный впоследствии, в марте 1941 года в сан митрополита Киевского. В марте 1941 года экзархом Латвии и Эстонии стал ближайший помощник Местоблюстителя — митрополит Сергий (Воскресенский), переведенный после смерти митрополита Елевферия на Виленскую кафедру.

22 июня 1941 года, в день всех святых в земле Российской просиявших, Германия напала на Советский Союз. Началась Великая Отечественная война. Во второй раз за XX век Германия вступила в смертельную борьбу с Россией, обернувшуюся для нас новой национальной катастрофой. Но в отличие от 1914 года нашей стране противостояла теперь не Империя Гогенцоллернов, которая принадлежала все-таки христианской Европе, а разбойничий Третий рейх, поправший все Божии и человеческие законы, провозгласивший расизм своей официальной идеологией, стремившийся к истреблению одних и порабощению других народов. Вожди нацистской партии открыто отвергали христианские нравственные ценности и предпринимали мракобесные опыты по возрождению древнегерманского языческого культа.

В своих пропагандистских обращениях к русскому народу гитлеровцы, спекулируя на печальных страницах в советской истории, пытались предстать в облике защитников религии. Но эта демагогия не ввела в заблуждение Местоблюстителя Патриаршего Престола.

Митрополит Сергий в первый же день войны написал и собственноручно отпечатал на машинке "Послание пастырям и пасомым Христовой Православной Церкви", в котором призвал православный русский народ на защиту Отечества: "Фашиствующие разбойники напали на нашу Родину. Попирая всякие договоры и обещания, они внезапно обрушились на нас, и вот кровь мирных граждан уже орошает родную землю. Повторяются времена Батыя, немецких рыцарей, Карла Шведского, Наполеона. Жалкие потомки врагов православного христианства хотят еще раз попытаться поставить народ наш на колени перед неправдой. Но не первый раз приходится русскому народу выдерживать такие испытания. С Божией помощью и на сей раз он развеет в прах фашистскую вражескую силу… Вспомним святых вождей русского народа Александра Невского, Димитрия Донского, полагавших свои души за народ и Родину. Да и не только вожди это делали. Вспомним неисчислимые тысячи простых православных воинов… Православная наша Церковь всегда разделяла судьбу народа. Вместе с ним она испытания несла и утешалась его успехами. Не оставит она народа своего и теперь. Благословляет она небесным благословением и предстоящий всенародный подвиг… Если кому, то именно нам нужно помнить заповедь Христову: "Больше сея любве никтоже имать, да кто душу свою положит за други своя…" (Ин. 14, 13). Нам, пастырям Церкви, в то время, когда Отечество призывает всех на подвиги, недостойно будет лишь молчаливо посматривать на то, что кругом делается, малодушного не ободрить, огорченного не утешить, колеблющемуся не напомнить о долге и о воле Божией. А если сверх того молчаливость пастыря, его некасательство к переживаемому паствой объяснится еще и лукавыми соображениями на счет возможных выгод на той стороне границы, то это будет прямая измена Родине и своему пастырскому долгу, поскольку Церкви нужен пастырь, несущий свою службу истинно "ради Иисуса, а не ради хлеба куса", как выражался святитель Димитрий Ростовский. Положим же души свои вместе с нашей паствой… Церковь благословляет всех православных на защиту священных границ нашей Родины. Господь нам дарует победу".