В речи на Архиерейском Соборе 1943 года митрополит Сергий, вспоминая начало войны, говорил: "О том, какую позицию должна занять наша Церковь во время войны, нам не приходилось задумываться, потому что прежде чем мы успели определить как-нибудь свое положение, оно уже определилось, — фашисты напали на нашу страну, ее опустошали, уводили в плен наших соотечественников, всячески их там мучили, грабили".
12 октября митрополит Сергий написал завещание, в котором на случай своей смерти передавал полномочия Местоблюстителя митрополиту Ленинградскому Алексию (Симанскому). Через неделю после составления Завещания, когда фронт приблизился к сердцу России и над Москвой нависла опасность, Патриархия была эвакуирована в Ульяновск, бывший Симбирск. Она разместилась в маленьком доме на окраине города. Рядом с Главой Русской Церкви находились Управляющий делами Московской Патриархии протоиерей Николай Колчицкий и келейник Местоблюстителя иеродиакон Иоанн (Разумов) (позже митрополит).
Окраина тихого провинциального города стала в годы войны духовным центром России. Сюда, в Ульяновск, к Предстоятелю Русской Церкви приезжали оставшийся в Москве экзарх Украины, митрополит Киевский и Галицкий Николай, архиепископы Можайский Сергий (Гришин) и Куйбышевский Андрей (Комаров), другие архиереи.
В Первосвятительских посланиях к пастве, которые митрополит Сергий рассылал из Ульяновска по церквам России, он обличал оккупантов за их злодеяния, за пролитие невинной крови, за осквернение и разорение религиозных и национальных святынь. Предстоятель Русской Церкви призывал жителей областей, захваченных врагом, к мужеству и терпению.
24 ноября митрополит Сергий обратился из Ульяновска вместе с митрополитом Киевским и Галицким Николаем, архиепископами Куйбышевским Андреем, Можайским Сергием и архиепископом Ульяновским Иоанном с новым посланием к пастве, в котором развенчал лицемерие нацистской пропаганды: "Гитлеровский молох продолжает вещать миру будто бы он поднял меч "на защиту религии" и "спасение" якобы поруганной веры. Но всему миру ведомо, что это исчадие ада старается лживой личиной благочестия только прикрывать свои злодеяния. Во всех порабощенных им странах он творит гнусные надругательства над свободой совести, издевается над святынями, бомбами разрушает храмы Божии, бросает в тюрьмы и казнит христианских пастырей, гноит в тюрьмах верующих, восставших против его безумной гордыни, против его замыслов утвердить свою сатанинскую власть над всей землей. Православные, бежавшие из фашистского плена, поведали нам о глумлении фашистов над храмами… Всему миру ясно, что фашистские изверги являются сатанинскими врагами веры и христианства. Фашистам с их убеждениями и деяниями, конечно, совсем не по пути за Христом и за христианской культурой. Вот почему прогрессивное человечество объявило Гитлеру священную борьбу за христианскую цивилизацию, за свободу совести и веру… У русских людей, у всех, кому дорога наша Отчизна, сейчас одна цель — во что бы то ни стало одолеть врага".
В пасхальном послании, составленном 2 апреля 1942 года, Первосвятитель раскрыл антихристианскую закваску нацистской идеологии: "Праздник Пасхи празднуем мы, а небо над нами все еще покрыто тучами. Но тьма не победит света, хоть бы на время и заслоняла его. Тем более не победить фашистам, возымевшим дерзость вместо Креста Христова признать своим знаменем языческую свастику. Не забудем слов — "Сим победиши". Не свастика, а Крест призван возглавить христианскую нашу культуру, наше христианское "жительство". В фашистской Германии утверждают, что христианство не удалось и для будущего мирового прогресса не годится. Значит, Германия, предназначенная владеть миром будущего, должна забыть Христа и идти новым путем. За эти безумные слова да поразит праведный Судия и Гитлера и всех соумышленников его".
В 1942 году Московская Патриархия выпустила книгу "Правда о религии в России" предисловие к которой написано Главой Русской Церкви. В нем говорится: "Эта книга есть ответ прежде всего на "крестовый поход фашистов, предпринятый ими якобы ради "освобождения" нашего народа и нашей Православной Церкви от большевиков". Линия поведения нашей Русской Церкви в отношении фашистского "крестового похода" определяется просто. Фашистский "крестовый поход" уже разразился над нашей страною, уже заливает ее кровью, оскверняет наши святыни, разрушает исторические памятники, изощряется в злодеяниях над безоружным населением…
Ясно, что мы, представители Русской Церкви, даже и на мгновение не можем допустить мысли о возможности принять из рук врага какие-либо льготы или выгоды… Ясно, что Церковь раз и навсегда должна соединить свою судьбу с судьбою паствы на жизнь и на смерть. И это она делает не из лукавого расчета, что победа обеспечена за нашей страной, а во исполнение лежащего на ней долга, как мать, видящая смысл жизни в спасении ее детей".
С патриотическими посланиями к пастве обращались ближайшие сподвижники Местоблюстителя: митрополиты Алексий и Николай. Все страшные дни блокады Митрополит Ленинградский оставался со своей паствой в голодном и холодном городе на Неве.
В начале войны в Ленинграде оставалось 5 действующих православных церквей: Никольский Морской собор, Князь–Владимирский и Преображенский соборы и две кладбищенские церкви. Храмы города были переполнены молящимися и причастниками. Даже в будние дни подавались горы записок о здравии и о упокоении. Температура в храмах опускалась часто ниже нуля. Певчие пели в пальто, в валенках, от голода едва держались на ногах. Из-за несмолкаемого обстрела, от взрывов бомб окна в храмах нередко бывали выбиты воздушной волной, и по церквам гулял морозный ветер. Митрополит Алексий жил при Никольском соборе и служил в нем каждое воскресенье, часто без диакона.
Своими проповедями и посланиями он вливал в души исстрадавшихся питерцев мужество и надежду. В вербное воскресенье в ленинградских церквях было прочитано его архипастырское обращение, в котором он призвал верующих самоотверженно помогать воинам честной работой в тылу: "Победа достигается силой не одного оружия, а силой всеобщего подъема и могучей веры в победу, упованием на Бога, венчающего торжеством оружие правды, "спасающего" нас "от малодушия и от бури" (Пс. 54, 8). И само воинство наше сильно не одною численностью и мощью оружия, в него переливается и зажигает сердца воинов тот дух единения и воодушевления, которым живет теперь весь русский народ".
По всей стране в православных храмах служились молебны о даровании победы. Ежедневно за богослужением возносилась молитва "О еже подати силу неослабну, непреобориму и победительну, крепость же и мужество с храбростью воинству нашему на сокрушение врагов и супостат наших и всех хитрообразных их наветов…"
В приходах проводился сбор средств на нужды обороны, на подарки бойцам, на содержание раненых в госпиталях и сирот в детских домах. 30 декабря 1942 года митрополит Сергий обратился к пастве с призывом собрать средства на сооружение колонны имени Димитрия Донского. В ответ на призыв Первоиерарха в Московском Богоявленском соборе духовенством и мирянами собрано было более 400 тысяч рублей. Вся церковная Москва собрала свыше 2 миллионов рублей, в блокадном голодном Ленинграде православные собрали один миллион рублей на нужды армии; в Куйбышеве стариками и женщинами было пожертвовано 650 тысяч. В Тобольске один из жертвователей принес 12 тысяч рублей и пожелал остаться неизвестным. Житель села Чебаркуль Челябинской области Михаил Александрович Водолаев написал в Патриархию: "Я престарелый, бездетный, всей душой присоединяюсь к призыву митрополита Сергия и вношу 1000 рублей из своих трудовых сбережений, с молитвой о скорейшем изгнании врага из священных пределов нашей земли". Заштатный священник Калининской епархии Михаил Михайлович Колоколов пожертвовал на танковую колонну священнический крест, 4 серебряные ризы с икон, серебряную ложку и все свои облигации. Всего на танковую колонну собрано было более 8 миллионов рублей. В Новосибирске православные клирики и миряне отдали 110 тыс на строительство самолетов Сибирской эскадрильи "За Родину". В один ленинградский храм неизвестные богомольцы принесли пакет и положили его у иконы святителя Николая. В пакете оказалось 150 золотых десятирублевых монет царской чеканки. Всего за войну по приходам собрано было более 200 миллионов рублей на нужды фронта. Кроме денег, верующие собирали также теплые вещи для солдат: валенки, рукавицы, телогрейки.
