Война стоила нашей Родине гибели 25 миллионов ее сынов и дочерей, среди которых были миллионы православных. Русская Церковь потеряла прекрасные храмы, разрушенные артиллерийскими обстрелами, взорванные бомбами; уцелевшие церкви на освобожденных территориях были опустошены, разграблены; святыни осквернены. Уничтожена была вековая святыня русского народа — Успенский собор Киево–Печерской Лавры. Экзарх Украины митрополит Николай писал: "Нельзя без пронизывающей все внутреннее существо скорби смотреть на груду развалин, высящихся на месте взорванной немцами… Великой Лаврской Церкви, или Успенского собора, созданного в XII веке гением бессмертных строителей… Перед взрывом собора немцы вывозили ценности в крытых грузовиках… Так называемая "Верхняя Лавра" разрушена немцами полностью. Кроме Успенского собора их рукой ограблены и разбиты церкви: Больничная Никольская, Трапезная и все 33 монастырских корпуса".
Особенно страшным разрушениям подверглись храмы в окрестностях Ленинграда. Митрополит Алексий, посетив их после освобождения, писал: "Прекрасный Петергофский собор стоит с разобранными куполами, с которых немцы содрали золотые листы, с разбитыми стенами, зияющими окнами. Говорят, они простреливали из пистолетов иконы в Петергофском соборе. Другие церкви представляют еще более удручающее зрелище. Разбита церковь бывшего Серафимо–Дивеевского подворья, совершенно разрушена кладбищенская церковь в Старом Петергофе. Там собрались, спасаясь от бомбежки, верующие… Теперь как памятник позорного фашистского злодейства лежит на земле огромная груда красных кирпичей, напоенных кровью русских жертв германского зверства". Под сводами разрушенной Троицкой церкви в старом Петергофе погибло свыше 2 тысяч человек.
Немцы взорвали великолепный Воскресенский собор Ново–Иерусалимского монастыря под Москвой. Жители занятых территорий рассказывали, как оккупанты врывались в православные храмы, сбивая замки, в шапках, с сигаретами в зубах и с собаками на поводу; как стреляли в иконостасы, грабили и оскверняли иконы. Во Ржеве перед отступлением немцы согнали всех оставшихся в живых горожан в Покровскую церковь, закрыли храм на засов и заминировали его, чтобы взорвать. Красная Армия, захватив город, освободила ожидавших смерти жителей. Один из них диакон Ф. Тихомиров рассказывал посетившему город митрополиту Николаю о том, что двое суток несчастные оставались без еды и питья, в нестерпимой жажде слизывали грязный снег, падавший в храм через разбитые стекла. Когда митрополит спросил у диакона, как они жили при немцах, тот ответил: "Сначала я вел счет побоям плеткой и каблуками, которым я подвергался за то, что не мог по старости выполнять назначаемой мне тяжелой работы, насчитал 30 избиений, а потом и счет потерял". Священника этого храма Андрея Попова немцы расстреляли 13 сентября 1942 года на глазах у диакона на паперти. На оккупированных территориях сжигали деревни, убивали стариков, юношей и девушек увозили в Германию для рабского труда на военных заводах.
Архиепископ Красноярский Лука (Войно–Ясенецкий), совершавший в войну одновременно и архиерейское служение и служение врача–хирурга (он был начальником госпиталя в Красноярске), писал тогда: "Германский народ, более тысячи лет считавшийся христианским народом,… явил всему миру, народам — братьям во Христе и народам нехристианским неслыханно страшное лицо варвара, топчущего ногами Святое Евангелие, вторично распинающего Христа".
Целью войны для Гитлера и его приспешников было расчленение нашей страны и порабощение славянских народов. Поэтому в случае победы Германии Православной Церкви, высшей национальной святыни русского народа, грозило жестокое гонение. Но фашистские идеологи прикрывали свою разбойничью войну именем Бога, называли ее крестовым походом. В пропагандистских целях оккупационные власти выдавали разрешения на открытие церквей. Так, в Киевской епархии в 1942 году было открыто 8 монастырей и 318 храмов, в которых служило 434 священника. Но в проведении религиозной политики оккупационные власти исполняли коварное указание Гитлера: "Мы должны избегать, чтобы одна Церковь удовлетворяла религиозные нужды больших районов, и каждая деревня должна быть превращена в независимую секту. Если некоторые деревни в результате захотят практиковать черную магию, как это делают негры или индейцы, мы не должны ничего делать, чтобы воспрепятствовать им. Коротко говоря, наша политика на широких просторах должна заключаться в поощрении любой и каждой формы разъединения и раскола".
В Прибалтике оккупационные власти разрешили митрополиту Сергию (Воскресенскому) сохранить каноническую, но не административную связь с Патриархией, заключавшуюся практически лишь в возношении имени Местоблюстителя за богослужением. Это сделано было из расчета впоследствии, в случае победоносного для Германии окончания войны с большим удобством выселить всех православных из Прибалтики в глубину России.
В Белоруссии оккупационные власти пытались сколотить автокефальную Белорусскую Церковь. Находившемуся на покое в Жировицком монастыре архиепископу Пантелеймону (Рожновскому), который был сторонником сохранения канонического единства с Московской Патриархией и находился в оппозиции к митрополиту Варшавскому Дионисию (Валединекому), немецкие власти предложили возглавить автокефальную Белорусскую Церковь, потребовав от него не вступать в сношения ни с Москвой, ни с Варшавой. Возглавив Белорусскую Церковь в сане митрополита Минского и Белорусского, Пантелеймон не пошел на разрыв с Предстоятелем Русской Церкви. Поэтому под давлением оккупационных властей, а также из-за интриг сепаратистски настроенного духовенства вынужден был практически отойти от дел. Вскоре он скончался. После него Белорусскую автокефальную митрополию возглавил Филофей (Нарко).
На Украине викарный епископ Владимиро–Волынский Поликарп (Сикорский), в прошлом петлюровский чиновник, опираясь на поддержку оккупационных властей и коллаборационного "землячества Украины", обосновавшегося за пределами Украины — в Польше, объявил себя архиепископом, потом митрополитом Луцким и заодно главой автокефальной Украинской Церкви. Его поддержали епископы Геннадий (Шиприкевич), Мстислав (Скрыпник) - украинские националисты прогерманской ориентации. С оккупационным режимом тесно сотрудничал и возглавивший в 20–е годы Лубенский раскол епископ Феофил Булдовский, который именовал себя "митрополитом".
Большая часть украинской паствы занятых областей находилась, однако, под окормлением так называемой автономной Церкви Украины, которая не порывала канонической связи с Патриархией, хотя автономия ее и не была признана Главой Русской Православной Церкви митрополитом Сергием и Экзархом Украины митрополитом Киевским Николаем Ярушевичем. Во главе этой группировки стоял митрополит Волынский и Житомирский Алексий (Громадский), 8 мая 1943 года убитый националистами, близкими к Поликарпу Сикорскому. В том; же году "самостийниками" и сторонниками Поликарпа Сикорского убит был еще один архиерей автономной Церкви — епископ Владимиро–Волынский Мануил (Тарновский).
Каноническое общение с Патриархией сохранили на оккупированной Украине скончавшийся 1 ноября 1942 года на покое в схиме в Киево–Печерской Лавре схиархиепископ Антоний (князь Абашидзе), епископы Полтавский Вениамин (Новицкий), Ковельский Иоанн (Лавриенко), Луцкий Иов (Кресович). Большая часть духовенства Украинской Автономной Церкви была настроена патриотически; многие священники даже оказывали помощь партизанам.
Оккупационный режим поддерживал автокефалистов во главе с Поликарпом (Сикорским). Священников, не желавших подчиняться ему, обвиняли в связях с Красной Москвой, чинили им препятствия в совершении богослужений. Генерал–комиссар Днепропетровска приказал арестовывать священников, не желавших подчиняться ставленнику Поликарпа "профашистскому" епископу Геннадию (Шиприкевичу). Когда клирики стали выходить из юрисдикции Поликарпа (Сикорского), генерал–губернатор Кох издал приказ, запрещавший православным священнослужителям менять юрисдикцию. Митрополит Киевский Николай в своих архипастырских посланиях Украинской пастве обличал похитителя церковной власти епископа Поликарпа Сикорского, предостерегал пастырей от общения с ним, призывал их хранить верность Матери–Церкви и Родине.
