28 марта 1942 года с посланием к "архипастырям, пастырям и пасомым в областях Украины, пока еще занятых гитлеровскими войсками", обратился митрополит Сергий. В послании говорится: "…С переходом западных областей Украины и Белоруссии в состав России епископ Поликарп остался на службе у нас, то есть фактически отказался от польской автокефалии и признал Московскую Патриархию своим законным священноначалием. Если все это сделано епископом Поликарпом неискренно, только для вида, с целью укрыться от церковного суда и от наказания за принадлежность к польской автокефалии, вина епископа Поликарпа усугубляется, а равно и следующее ему наказание, "яко солгавшему и обманувшему Церковь Божию" (13 Апостольское правило). За все время службы у нас епископ Поликарп не предъявлял мне никаких обвинений, которые оправдали бы его канонический разрыв со мною. И только теперь, когда преступный разрыв уже совершился и я указал на эту преступность, епископ Поликарп заговорил о моем самозванстве, в которое, думается, и сам в душе не верит. Значит, отказ епископа Поликарпа от подчинения Патриархии и мне, как ничем канонически не оправдываемый, является прямым нарушением 15 правила Двукратного Собора и угрожает осужденному "лишением всякого священства". Тожу же взысканию подлежит епископ Поликарп и за самозванное присвоение себе не принадлежащего ему звания архиепископа Луцкого и звания главы Украинской Церкви и за злостное вторжение в области, ему не подчиненные, и за связанный со всем этим целый клубок канонических нарушений… Особую злостность задуманного предприятия составляет то, что его исполнители вторгаются на Украину намеренно вслед за немцами; пока те будут неистовствовать над невооруженными людьми и громить хозяйственную и культурную жизнь украинцев, они будут громить вековой церковный строй, насаждая автокефалию. По 8 правилу святого Григория Неокессариского изменники христианства, участвовавшие вместе с варварами в ограблении христианских селений, в случае покаяния не принимаются даже в разряд кающихся впредь до особого о них суждения на Соборе… За все вышеизложенное епископ Поликарп по совокупности подлежит… лишению сана и монашества с исключением из духовного звания… По действующим у нас правилам обвиняемый в преступлениях, угрожающих таким наказанием, должен быть в виде предсудебной меры запрещен в священнослужении… О таковом запрещении епископа Поликарпа я и объявляю настоящим своим посланием".
Собор архиереев, съехавшихся 28 марта в Ульяновск, своим "Определением" признал заключение Местоблюстителя канонически правильным и утвердил его, объявив: "Если (чего мы не желаем) епископ Поликарп, "впадая в суд диаволь" пренебрежет запрещением, признать епископа Поликарпа лишившим себя сана и монашества и всякого духовного звания с самого момента им запрещения".
22 сентября 1942 года митрополит Сергий запретил священнослужение митрополиту Литовскому Сергию (Воскресенскому), который вместе с другими православными епископами оккупированной Прибалтики поздравлял Гитлера с военными успехами. Поведение митрополита Сергия (Воскресенского) объяснялось, очевидно, не его приверженностью фашизму, а политическим расчетом, стремлением сохранить легальную церковную организацию. По словам очевидца, митрополит Сергий (Воскресенский) говорил близким ему людям: "Не таких обманывали…, а этих колбасников обмануть нетрудно". Перед отступлением немецких войск из Прибалтики он начал готовить приходы к неизбежным переменам, но 30 апреля 1944 года был убит на дороге в своем автомобиле.
В декабре 1942 года, после решительного перелома на фронтах второй мировой войны, митрополит Сергий от лица Русской Православной Церкви обратился к румынским пастырям и православному румынскому народу, втянутому в войну с единоверной Россией, с призывом отречься от пагубного союза с Германией: "Неужели и теперь, когда война склоняется к концу, явно плачевному для Гитлера, Румыния все еще будет нести тяжкое бремя подневольного союза с Гитлером и продолжать воевать с русским народом, с которым румыны связаны узами христианского братства?"
Грозная опасность, нависшая над самим существованием нашего государства, необходимость всенародного единения для победы над врагом, патриотическая позиция Русской Церкви побудили Советское правительство к изменению религиозной политики. Начали открываться приходы, закрытые в 30–е годы; многие из оставшихся в живых священнослужителей были осюбождены из лагерей и смогли возобновить служение в храмах. Возобновились архиерейские хиротонии. В 1942 году были хиротонисаны предварительно постриженные в монахи вдовые протоиереи: Сергий Городцев (в монашестве и епископстве Варфоломей), Владимир Градусов (в монашестве Димитрий), Николай Чуков (епископ Григорий). В советской печати практически прекратилась антирелигиозная полемика. Журналы, издаваемые "Союзом воинствующих безбожников", перестали выходить за недостатком бумаги, и даже сам Союз прекратил свое существование без его официального роспуска. Были закрыты и некоторые антирелигиозные музеи. Свидетельством признания патриотических заслуг духовенства со стороны Правительства явилось назначение митрополита Киевского Николая членом Чрезвычайной Государственной Комиссии по установлению и расследованию злодеяний немецко–фашистских захватчиков и их сообщников.
31 августа 1943 года Глава Русской Церкви митрополит Сергий возвратился из Ульяновска в Москву, от которой к тому времени фронт откатился далеко на Запад. Вскоре в столицу прибыл и митрополит Ленинградский Алексий. 4 сентября митрополиты Сергий, Алексий и Николай были приглашены в Кремль для встречи с Председателем Совнаркома И. В. Сталиным. Состоялась беседа, в которой принял участие и заместитель Главы Правительства В. М. Молотов. Беседу начал Молотов. Он сказал, что Правительство хочет знать нужды Церкви. В одной из современных публикаций воспроизводится описание этой беседы, сделанное А. Э. Красновым–Левитиным, который о содержании ее мог узнать со слов митрополита Николая. "Митрополит (Сергий — В. Ц.) заговорил спокойно, слегка заикаясь, деловым тоном человека, привыкшего говорить о серьезных вещах с самыми высокопоставленными людьми. Когда Сталин был семинаристом, митрополит Сергий был уже в сане епископа, ректором Петербургской духовной академии. Митрополит указал на необходимость широкого открытия храмов, количество которых совершенно не удовлетворяет религиозные потребности народа. Он также заявил о необходимости созыва Собора и выборов Патриарха. Наконец, он заявил о необходимости широкого открытия духовных учебных заведений, так как у Церкви отсутствуют кадры священнослужителей. Здесь Сталин неожиданно прервал молчание: "А почему у вас нет кадров?" — спросил он, вынув изо рта трубку и в упор глядя на своих собеседников. Алексий и Николай смутились…, всем было известно, что кадры "перебиты" в лагерях. Но митрополит Сергий не смутился. Старик ответил: "Кадров у нас нет по разным причинам. Одна из них: мы готовим священника, а он становится Маршалом Советского Союза". Довольная усмешка тронула уста диктатора. Он сказал: "Да, да, как же. Я семинарист. Слышал тогда и о Вас". Затем он стал вспоминать семинарские годы… Сказал, что мать его до самой смерти сожалела, что он не стал священником. Разговор диктатора с митрополитом принял непринужденный характер. Затем после чаепития началась деловая беседа, затянувшаяся до трех часов ночи. В ней, помимо Сталина и Молотова, участвовали также технические эксперты. Беседу эту можно назвать в полном смысле этого слова исторической… В тот момент, после десятилетий террора, направленного против Церкви, новый порядок являлся, несомненно, прогрессивным шагом, так как означал возможность легального существования Православной Церкви. В конце беседы престарелый, больной митрополит был страшно утомлен… Сталин, взяв митрополита под руку, осторожно, как настоящий иподиакон, свел его по лестнице вниз и сказал ему на прощание следующую фразу: "Владыко! Это все, что я могу в настоящее время для Вас сделать". И с этими словами простился с иерархами.
