Архиерейский Собор состоялся 4 дня спустя после беседы в Кремле — 8 сентября 1943 года. В деяниях Собора, проходившего в здании Патриархии, участвовало 19 архиереев: митрополиты Сергий, Алексий и Николай, архиепископы — Горьковский Сергий (Гришин), Красноярский Лука (Войно Ясенецкий), Рязанский Алексий (Сергеев), Казанский Андрей (Комаров), Ярославский Иоанн (Соколов), Уфимский Стефан (Проценко), Саратовский Григорий (Чуков), Куйбышевский Алексий (Галицын), Можайский Варфоломей (Городцев), Калининский Василий (Ратмиров), Сарагульский Иоанн (Братолюбов), епископы Калужский Питирим (Свиридов), Кировский Вениамин (Тихоницкий), Ростовский Елевферий (Воронцов), Моло товский Александр (Толстопятое) и Ульяновский Димитрий (Градусов). Некоторые из них доставлены были в Москву из лагерей и ссылок.

Митрополит Сергий выступил на Соборе с докладом о патриотическом служении Церкви в Великую Отечественную войну. Первоочередным делом Собора было избрание Патриарха. Слово взял митрополит Алексий: "Уже давно среди нас, епископов, — сказал он, — зрел вопрос о том, что необходимо довершить строительство церковное настоящим возглавлением Православной Русской Церкви — Святейшим Патриархом. Владыка митрополит Сергий в течение 17 лет фактически несет обязанности Патриарха. Я думаю, что этот вопрос бесконечно облегчается для нас тем, что у нас имеется уже носитель Патриарших полномочий, поэтому я полагаю, что никто из нас, епископов, не мыслит себе другого кандидата, кроме того, который положил столько трудов для Церкви в звании Патриаршего Местоблюстителя". Предложение было встречено единодушным одобрением.

В ответ на свое избрание митрополит Сергий сказал: "Это избрание меня Патриархом будет продолжением того служения, которое пало на меня много лет назад, но теперь оно делается более ответственным, потому что сопровождается такой необычайной почетностью, которая требует и необычайного исполнения этого служения. Я благодарю за то, что вы остановились на мне и вручаете мне продолжение служения в новом звании. Прошу у всех молитв и всяческого содействия".

Собор архиереев избрал Священный Синод Русской Православной Церкви, членами которого стали митрополиты Ленинградский Алексий и Киевский Николай, архиепископы Куйбышевский Алексий, Горьковский Сергий, Красноярский Лука, Ярославский Иоанн. Собор вынес также постановление с осуждением коллаборационистов: "Всякий виновный в измене общецерковному делу и перешедший на сторону фашизма, как противник Креста Господня, да числится отлученным, а епископ или клирик — лишенным сана".

19 сентября состоялась интронизация Патриарха в кафедральном Богоявленском соборе.

В слове, произнесенном на торжестве интронизации, архиепископ Саратовский Григорий сказал: "Радовалась Русская Православная Церковь, когда 26 лет назад на пустовавший со времени Петра Великого Патриарший Престол был избран святитель Тихон. Засияла тогда наша Церковь полнотой своей жизни. Но недолго судил Господь Святителю Тихону править Русской Церковью: скоро взял его к Себе Господь. И снова не стало Патриарха, и снова осиротела Русская Церковь. Но Господь незримо хранит Свою Церковь: не стало на Патриаршей кафедре Патриарха, но преемственно стали управлять ею Местоблюстители Патриаршего Престола. И в сознании всех верующих русских людей Православная Русская Церковь по–прежнему осталась Патриаршей. Не пошли русские православные люди за обновленцами, григорианами, иосифлянами, автокефалистами и другими самочинными собраниями, которые возглавили властолюбивые епископы и их приспешники, но пошли туда, где правил Православной Церковью Местоблюститель Престола Патриарха Тихона — сначала митрополит Петр, а потом до последних дней Блаженнейший митрополит Сергий. Тяжелый крест выпал на долю митрополита Сергия, скорбен был его путь, которым пришлось идти ему — второму Местоблюстителю: и епископы не все признавали его, и в народе враги Церкви старались возбудить против него злые слухи. Но он — глубоко убежденный православный канонист — твердо отмежевался от всякой нелояльной в отношении государства работы, на которую толкали его некоторые из собратий–епископов. Он помнил слова Христа: "Воздадите кесарево кесарю, а Божье Богу…" Горько было Блаженнейшему Сергию переживать эти испытания, тяжело ему было слышать укоризны со стороны непонимавших характера его деятельности, обвинения в пассивности, якобы в бездействии. Но он глубоко верил, что Церковью правит Господь… Наступила Великая Отечественная война со всеми ее ужасами. Блаженнейший Сергий сразу, в первый же день объявления войны, призвал всех верующих русских людей к самоотверженной борьбе с вероломным и жестоким врагом… Красуйся же и радуйся, Православная Русская Церковь! Ты получила мудрого, твердого и любвеобильного Архипастыря и Отца, усердного и проникновенного молитвенника и великого патриота".

В самый день избрания Патриарх Сергий обратился к пастве с посланием, в котором сосредоточил внимание на нестроениях, омрачавших церковную жизнь: "Теперь же у нас требоисправление сделалось главным делом. Ради него собственно и приглашается священник, а это влечет за собой коренную перемену в отношении к служению священника. Ищут часто не духовного отца, а хорошего чтеца или певца. Неудивительно, если таким путем в среду пастырей проходят лица совсем без пастырского призвания. Был же, говорят, в Средней Азии случай, когда уполномоченные прихода пригласили на пасхальную службу человека, не стеснявшегося заявлять, что он ни во что не верует. Едва ли нужно прибавлять, что под прикрытием хорошего чтения или пения в священство проникают и совсем никем не рукоположенные люди или рукоположенные какими-нибудь безблагодатными раскольниками".

После избрания Патриарха сделаны были дальнейшие шаги на пути нормализации взаимоотношений между Православной Церковью и Советским Правительством. 8 октября 1943 года был образован Совет по делам Русской Православной Церкви при Совнаркоме СССР. В его компетенцию входило содействие в установлении связей между Правительством и Московской Патриархией. Председателем Совета стал Г. Г. Карпов.

Важнейшей заботой Патриарха было замещение архиерейских кафедр, большинство из которых вдовствовало.

В течение одного года состоялось несколько архиерейских хиротоний. Так были посвящены во епископа Пензенского — Кирилл (Поспелов), во епископа Дмитровского — Иларий (Ильин), во епископа Нежинского — Борис (Вик). На кафедры назначались также архиереи, освобожденные из мест лишения свободы, возвращавшиеся из ссылок. Так, на Астраханскую кафедру в декабре 1943 г. был поставлен вернувшийся на свободу один из старейших по хиротонии иерархов — архиепископ Филипп (Ставицкий), на Ставропольскую — архиепископ Антоний (Романовский).

Крайне сложным делом было устроение канонически нормальной церковной жизни в областях, пострадавших от оккупации, где при немцах образовывались расколы и самочинные отделения и где часть духовенства скомпрометировала себя сотрудничеством с врагом. Особая заслуга в налаживании церковной жизни на освобожденных территориях принадлежит новому экзарху Украины — митрополиту Киевскому Иоанну (Соколову), который сменил переведенного из Киева на Крутицкую кафедру митрополита Николая. По всей стране открывались новые приходы, а священников катастрофически не хватало.

Для подготовки кандидатов священства по поручению Патриарха Сергия архиепископ Саратовский Григорий (Чуков) разработал проект восстановления духовного образования в России. Планировалось в ближайшее время в Москве открыть Православный Богословский Институт, а в епархиальных городах — Богословско–пастырские курсы.

В сентябре 1943 года возобновилось издание "Журнала Московской Патриархии". Редактором журнала стал сам Патриарх, а в редакционную комиссию вошли митрополиты — Московский Алексий, Киевский Николай и архиепископ Горьковский Сергий (Гришин). Ответственным секретарем редакции был назначен настоятель московского святителя Николая в Кузнецах протоиерей А. П. Смирнов.